PEAKS AB 3.0新版本詳解：從頭測(cè)序從抗體到蛋白

瀏覽次數(shù)：933　發(fā)布日期：2023-8-4　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負(fù)

PEAKS AB 3.0新版本橫空出世！算法全面升級(jí)從頭測(cè)序功能，從抗體測(cè)序飛躍到任意蛋白測(cè)序，整合Intact Mass數(shù)據(jù)驗(yàn)證測(cè)序結(jié)果。在從頭測(cè)序數(shù)據(jù)中提供糖基化位點(diǎn)的全景表征。
PEAKS AB使用液相質(zhì)譜(LC-MS/MS)多酶聯(lián)合酶解的數(shù)據(jù)集中提供蛋白水平的從頭測(cè)序自動(dòng)化方案。從高置信的從頭序列標(biāo)簽開始，使用de Brujin加權(quán)算法組裝完整的蛋白質(zhì)序列。

新功能

在PEAKS AB 3.0中，提供了全新的功能提高測(cè)序準(zhǔn)確性和結(jié)果呈現(xiàn)，包括:

非抗體蛋白的序列組裝
深度的聚糖全景分析
手工編輯和查找同源序列
先進(jìn)的完整分子量解卷積分析
支持ZenoTOF儀器的數(shù)據(jù)

深度的聚糖全景分析
在PEAKS AB 3.0中引入的一個(gè)新功能是Glycan Profiling工具。該工具對(duì)抗體重鏈和/或輕鏈中鑒定的N-糖基化位點(diǎn)進(jìn)行深入的聚糖分析。除了精確的糖肽映射到組裝的抗體序列之外，基于酶的聚糖譜學(xué)分析顯示了在選定的糖基化位點(diǎn)上每個(gè)聚糖的組成和相對(duì)豐度。在每個(gè)糖肽譜中提供了聚糖組成和結(jié)構(gòu)注釋，并基于與N-鏈接糖基化數(shù)據(jù)庫匹配聚糖片段離子。

非抗體蛋白從頭測(cè)序組裝
在PEAKS AB 3.0中，除抗體外的其他蛋白樣品也可以測(cè)序。勾選“使用參考序列(提供一個(gè)或兩個(gè)FASTA序列)”后的方框，將目標(biāo)序列添加到下面的白色方框中。
在蛋白測(cè)序中，de novo標(biāo)簽用于組裝未知序列，而提供的參考序列，可用于填補(bǔ)測(cè)序的缺失部分。

手工編輯和查找同源序列
序列驗(yàn)證和手工編輯是任何蛋白質(zhì)測(cè)序項(xiàng)目的重要步驟。測(cè)序錯(cuò)誤可能是由于同源蛋白的背景污染或低覆蓋率和數(shù)據(jù)質(zhì)量不好引起的。通過選擇3個(gè)或更多的氨基酸，用戶現(xiàn)在可以選擇“查找同源序列”來顯示任何可以映射到該區(qū)域的多肽序列可以用于替換。

顯示的備選多肽序列根據(jù)每個(gè)氨基酸的局部置信度評(píng)分進(jìn)行顏色編碼，以便快速評(píng)估多肽序列的結(jié)果質(zhì)量。通過選擇待編輯的氨基酸，然后更改為修改后的序列，點(diǎn)擊“確認(rèn)更改”將編輯參考序列。在第二輪序列組裝后，從peptide mapping視圖中點(diǎn)擊“apply”，應(yīng)用這些更改將生成一個(gè)新的測(cè)序結(jié)果節(jié)點(diǎn)。

優(yōu)化的完整分子量解卷積分析

PEAKS AB 3.0先進(jìn)的解卷積算法可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化、高效和準(zhǔn)確的完整分子量分析。對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行完整分子量的檢測(cè)，以驗(yàn)證序列組裝的正確性以及判斷任意修飾的個(gè)數(shù)，如N端焦谷谷氨酸(Gln->Pyro-Glu)，C端賴氨酸截?cái)?1 * Lys-Trunc)和N-鏈接糖基化(如1 * A2G0F)，如下圖所示。

強(qiáng)化亮氨酸和異亮氨酸三重水平的區(qū)分
EThCD或EAD碎片從異亮氨酸的-C2H5 (-29 Da)和亮氨酸的-C3H7 (-43 Da)的特征性丟失中產(chǎn)生標(biāo)志性的w-ion。PEAKS AB利用這些特征碎片的信息，再加上酶切特異性和同源抗體序列分析，優(yōu)化了Ile/Leu的區(qū)分。在3.0版本中，PEAKS AB加入了對(duì)EAD數(shù)據(jù)的支持，擴(kuò)充了w-ion的產(chǎn)生來源。