全基因組DNA甲基化分析揭示DNMT1在斑馬魚模型聽覺系統(tǒng)發(fā)育中的作用
聽力障礙通常與內(nèi)耳發(fā)育不全或損傷有關(guān)，是影響生活質(zhì)量的嚴(yán)重健康問(wèn)題。因此研究聽覺器官發(fā)生過(guò)程中的關(guān)鍵基因?qū)τ谔剿髀犃p傷的潛在策略至關(guān)重要。斑馬魚模型在理解內(nèi)耳發(fā)育不良和相關(guān)疾病的分子遺傳學(xué)原理方面得到了越來(lái)越多的應(yīng)用，內(nèi)耳發(fā)育包括遺傳遺傳機(jī)制和表觀遺傳機(jī)制。
2022年03月29日，復(fù)旦大學(xué)附屬眼耳鼻喉科醫(yī)院何英姿團(tuán)隊(duì)和皖南醫(yī)學(xué)院弋磯山醫(yī)院劉少峰團(tuán)隊(duì)合作在《Cell Prolif》雜志發(fā)表題為“Dnmt1 is required for the development of auditory organs via cell cycle arrest and Fgf signalling”的研究論文，該研究以斑馬魚為實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ停ㄟ^(guò)RNA測(cè)序（RNA-seq）、原位雜交（ISH）、全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（WGBS）和免疫組化等方法揭示了DNMT1（DNA methyltransferase 1 ，DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1）在聽覺系統(tǒng)發(fā)育中的重要作用。
標(biāo)題：Dnmt1 is required for the development of auditory organs via cell cycle arrest and Fgf signalling Dnmt1通過(guò)細(xì)胞周期阻滯和Fgf信號(hào)調(diào)控聽覺器官發(fā)育
時(shí)間：2022-03-29
期刊：Cell Proliferation
影響因子：IF 8.755
技術(shù)平臺(tái)：WGBS、RNA-seq、ISH 等
研究摘要
本研究以斑馬魚為實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ停接慏NA甲基轉(zhuǎn)移酶1 (DNMT1)在聽覺系統(tǒng)發(fā)育中的作用。用嗎啉寡核苷酸(mololino oligonucleotide)誘導(dǎo)Dnmt1缺失，利用RNA-seq、ISH、WGBS和免疫組化等方法研究其形態(tài)學(xué)改變和機(jī)制。結(jié)果表明，在斑馬魚發(fā)育中的后側(cè)線（posterior lateral line，pLL）系統(tǒng)中，Dnmt1下調(diào)誘導(dǎo)神經(jīng)丘（neuromasts）數(shù)量減少，并抑制原基細(xì)胞增殖。ISH結(jié)果表明，F(xiàn)gf信號(hào)通路被抑制，趨化因子成員cxcr4b、cxcr7b和cxcl12a表達(dá)受到干擾，而lef1表達(dá)在抑制Dnmt1后增加。此外，Dnmt1表達(dá)下調(diào)導(dǎo)致耳石畸形和半規(guī)管畸形，胞囊（utricle）和球囊（saccule）的毛細(xì)胞（hair cell，HC）分化受到嚴(yán)重抑制。當(dāng)Dnmt1表達(dá)下調(diào)時(shí)，耳基板標(biāo)志物pax2/5和fgf3/8/10的原位染色減少。WGBS分析表明全基因組甲基化水平顯著下調(diào)，其中細(xì)胞周期基因在Dnmt1實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組之間的表達(dá)差異最大。進(jìn)一步的ISH分析證實(shí)了RNA-seq和WGBS實(shí)驗(yàn)結(jié)果，cdkn1a和tp53在Dnmt1敲除后均上調(diào)。本研究結(jié)果表明，Dnmt1通過(guò)調(diào)控細(xì)胞周期基因以及Wnt和Fgf信號(hào)通路對(duì)斑馬魚聽覺器官的發(fā)育至關(guān)重要。
研究方法：
（1）全胚原位雜交(whole mount In situ hybridization, WISH)技術(shù)檢測(cè)了Dnmt1在斑馬魚胚胎早期發(fā)育過(guò)程中的時(shí)空特異性表達(dá)模式。Dnmt1在眼、內(nèi)耳和側(cè)線系統(tǒng)中的強(qiáng)表達(dá)模式表明，Dnmt1在這些器官的發(fā)育和分化中至關(guān)重要。
（2）通過(guò)斑馬魚的胚胎顯微注射Morpholinos方法下調(diào)Dnmt1表達(dá)，結(jié)果表明與對(duì)照組相比，Dnmt1- MO胚胎表現(xiàn)出一定程度的發(fā)育遲緩和畸形，包括耳石器官異常、半規(guī)管畸形和側(cè)線系統(tǒng)神經(jīng)丘數(shù)量減少。
（3）通過(guò)ISH、 RNA-seq和WGBS分析結(jié)果表明，Dnmt1通過(guò)調(diào)控耳囊泡(OV)特異性基因、FGF信號(hào)通路和細(xì)胞周期信號(hào)通路來(lái)調(diào)控斑馬魚聽覺器官的發(fā)育。
結(jié)果圖形
（1）Dnmt1在斑馬魚內(nèi)耳和神經(jīng)丘中的表達(dá)
（2）Dnmt1為側(cè)線神經(jīng)丘（lateral line neuromasts）沉積所必需
G-H：Dnmt1 morpholino注射后，Dnmt1的蛋白印跡在條帶強(qiáng)度（G）和定量分析（H）中均顯著降低。
D-E. 與對(duì)照組（D）相比，Dnmt1突變體（E）在側(cè)線神經(jīng)丘的eya1染色中發(fā)現(xiàn)神經(jīng)丘數(shù)量減少和神經(jīng)丘之間的距離延長(zhǎng)。
G-H. 轉(zhuǎn)基因斑馬魚系cldnb:lynGFP證實(shí)了在WISH中觀察到的結(jié)果。
C、F、I. 在mRNA組和MO聯(lián)合注射組中成功挽救了形態(tài)學(xué)、eya1染色和綠色熒光標(biāo)記的神經(jīng)丘。
（3）抑制Dnmt1表達(dá)可顯著抑制PLL細(xì)胞增殖
圖4： Dnmt1下調(diào)在原基遷移和神經(jīng)丘形成過(guò)程中抑制細(xì)胞增殖。
A-L. 對(duì)照胚胎和Dnmt1缺失突變體之間BrdU標(biāo)記的增殖細(xì)胞數(shù)量比較代表性圖像
M-N. 對(duì)照組胚胎(n=32)和Dnmt1-MO胚胎(n=31)的BrdU指數(shù)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義
（4）DNMT1通過(guò)調(diào)節(jié)Fgf、Wnt和趨化因子信號(hào)通路調(diào)控PLL發(fā)育
（5）斑馬魚Dnmt1基因敲除導(dǎo)致嚴(yán)重的耳畸形
圖6：敲除Dnmt1會(huì)破壞半規(guī)管和耳石器官的正常發(fā)育
（6）Dnmt1通過(guò)調(diào)控pax家族和Fgf信號(hào)通路參與斑馬魚內(nèi)耳胚胎發(fā)生
（7）Dnmt1在斑馬魚發(fā)育過(guò)程中調(diào)控cdkn1a和tp53的轉(zhuǎn)錄水平
圖9：RNA-seq分析揭示細(xì)胞周期基因是斑馬魚耳發(fā)育過(guò)程中Dnmt1抑制的關(guān)鍵調(diào)控因子。
B-C. 與Con-MO組相比，Dnmt1-MO組中低甲基化（B）和高甲基化（C）的DMR數(shù)量。橫坐標(biāo)表示不同的甲基化水平。
D. Circos圖顯示與Con-MO組相比，基因組Dnmt1-MO組中DEG和DMR的總體分布。從外圈到內(nèi)圈分別表示染色體數(shù)目、DEG（RNA-Seq）和DMR（CpG）。紅色表示上調(diào)，藍(lán)色表示下調(diào)；顏色越深，差異越大。
E. 熱圖顯示與Con-MO組相比，Dnmt1-MO組共有的DEG和DMR相關(guān)基因。紅色表示上調(diào)，綠色表示下調(diào)。
F-G. 與Con-MO組相比，Dnmt1-MO突變體功能區(qū)中tp53和cdkn1a的甲基化水平均顯著降低。TES轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)；TSS轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。
參考文獻(xiàn)：
Tang D, Zheng S, Zheng Z, Liu C, Zhang J, Yan R, Wu C, Zuo N, Wu L, Xu H, Liu S, He Y. Dnmt1 is required for the development of auditory organs via cell cycle arrest and Fgf signalling. Cell Prolif. 2022 May;55(5):e13225.
2022年03月29日，復(fù)旦大學(xué)附屬眼耳鼻喉科醫(yī)院何英姿團(tuán)隊(duì)和皖南醫(yī)學(xué)院弋磯山醫(yī)院劉少峰團(tuán)隊(duì)合作在《Cell Prolif》雜志發(fā)表題為“Dnmt1 is required for the development of auditory organs via cell cycle arrest and Fgf signalling”的研究論文，該研究以斑馬魚為實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ停ㄟ^(guò)RNA測(cè)序（RNA-seq）、原位雜交（ISH）、全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（WGBS）和免疫組化等方法揭示了DNMT1（DNA methyltransferase 1 ，DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1）在聽覺系統(tǒng)發(fā)育中的重要作用。
時(shí)間：2022-03-29
期刊：Cell Proliferation
影響因子：IF 8.755
技術(shù)平臺(tái)：WGBS、RNA-seq、ISH 等
研究摘要
本研究以斑馬魚為實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ停接慏NA甲基轉(zhuǎn)移酶1 (DNMT1)在聽覺系統(tǒng)發(fā)育中的作用。用嗎啉寡核苷酸(mololino oligonucleotide)誘導(dǎo)Dnmt1缺失，利用RNA-seq、ISH、WGBS和免疫組化等方法研究其形態(tài)學(xué)改變和機(jī)制。結(jié)果表明，在斑馬魚發(fā)育中的后側(cè)線（posterior lateral line，pLL）系統(tǒng)中，Dnmt1下調(diào)誘導(dǎo)神經(jīng)丘（neuromasts）數(shù)量減少，并抑制原基細(xì)胞增殖。ISH結(jié)果表明，F(xiàn)gf信號(hào)通路被抑制，趨化因子成員cxcr4b、cxcr7b和cxcl12a表達(dá)受到干擾，而lef1表達(dá)在抑制Dnmt1后增加。此外，Dnmt1表達(dá)下調(diào)導(dǎo)致耳石畸形和半規(guī)管畸形，胞囊（utricle）和球囊（saccule）的毛細(xì)胞（hair cell，HC）分化受到嚴(yán)重抑制。當(dāng)Dnmt1表達(dá)下調(diào)時(shí)，耳基板標(biāo)志物pax2/5和fgf3/8/10的原位染色減少。WGBS分析表明全基因組甲基化水平顯著下調(diào)，其中細(xì)胞周期基因在Dnmt1實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組之間的表達(dá)差異最大。進(jìn)一步的ISH分析證實(shí)了RNA-seq和WGBS實(shí)驗(yàn)結(jié)果，cdkn1a和tp53在Dnmt1敲除后均上調(diào)。本研究結(jié)果表明，Dnmt1通過(guò)調(diào)控細(xì)胞周期基因以及Wnt和Fgf信號(hào)通路對(duì)斑馬魚聽覺器官的發(fā)育至關(guān)重要。
研究方法：
（1）全胚原位雜交(whole mount In situ hybridization, WISH)技術(shù)檢測(cè)了Dnmt1在斑馬魚胚胎早期發(fā)育過(guò)程中的時(shí)空特異性表達(dá)模式。Dnmt1在眼、內(nèi)耳和側(cè)線系統(tǒng)中的強(qiáng)表達(dá)模式表明，Dnmt1在這些器官的發(fā)育和分化中至關(guān)重要。
（2）通過(guò)斑馬魚的胚胎顯微注射Morpholinos方法下調(diào)Dnmt1表達(dá)，結(jié)果表明與對(duì)照組相比，Dnmt1- MO胚胎表現(xiàn)出一定程度的發(fā)育遲緩和畸形，包括耳石器官異常、半規(guī)管畸形和側(cè)線系統(tǒng)神經(jīng)丘數(shù)量減少。
（3）通過(guò)ISH、 RNA-seq和WGBS分析結(jié)果表明，Dnmt1通過(guò)調(diào)控耳囊泡(OV)特異性基因、FGF信號(hào)通路和細(xì)胞周期信號(hào)通路來(lái)調(diào)控斑馬魚聽覺器官的發(fā)育。
結(jié)果圖形
（1）Dnmt1在斑馬魚內(nèi)耳和神經(jīng)丘中的表達(dá)
圖1：Dnmt1為斑馬魚內(nèi)耳和pLL發(fā)育所必需。
WISH染色描繪了Dnmt1在2-cell期（two-cell stage）（a）、oblong期（B）、胚盾期(shield stage)（C）、體節(jié)期(segmentation period)（D:側(cè)視圖，E:背視圖，F(xiàn):12hpf時(shí)的腹視圖，G:20hpf時(shí)d 側(cè)視圖）的持續(xù)表達(dá)。Dnmt1高表達(dá)水平富集在26-48hpf的遷移原基（H和I）、頭部區(qū)域的內(nèi)耳和后側(cè)線（J）的沉積神經(jīng)丘上。原基（primordium）（I1）、內(nèi)耳（inner ear）（J1）和神經(jīng)丘（neuromast）（J2）結(jié)構(gòu)的放大倍數(shù)圖像表明Dnmt1高表達(dá)。（2）Dnmt1為側(cè)線神經(jīng)丘（lateral line neuromasts）沉積所必需
圖2：敲除Dnmt1后，Dnmt1表達(dá)顯著下調(diào)。
A-F：與對(duì)照組相比，Dnmt1-MO胚胎中Dnmt1原位染色在不同時(shí)期WISH均下調(diào)。黑色虛線分別表示48 hpf時(shí)的耳囊泡（A,C）和神經(jīng)丘（B,D）。E-F中的黑色虛線表示32 hpf時(shí)的原基。G-H：Dnmt1 morpholino注射后，Dnmt1的蛋白印跡在條帶強(qiáng)度（G）和定量分析（H）中均顯著降低。
圖3：Dnmt1是斑馬魚后側(cè)線神經(jīng)丘沉積所必需的。
A-B. 48 hpf時(shí)，野生型胚胎和Dnmt1缺失型胚胎的大體形態(tài)。D-E. 與對(duì)照組（D）相比，Dnmt1突變體（E）在側(cè)線神經(jīng)丘的eya1染色中發(fā)現(xiàn)神經(jīng)丘數(shù)量減少和神經(jīng)丘之間的距離延長(zhǎng)。
G-H. 轉(zhuǎn)基因斑馬魚系cldnb:lynGFP證實(shí)了在WISH中觀察到的結(jié)果。
C、F、I. 在mRNA組和MO聯(lián)合注射組中成功挽救了形態(tài)學(xué)、eya1染色和綠色熒光標(biāo)記的神經(jīng)丘。
（3）抑制Dnmt1表達(dá)可顯著抑制PLL細(xì)胞增殖
圖4： Dnmt1下調(diào)在原基遷移和神經(jīng)丘形成過(guò)程中抑制細(xì)胞增殖。
M-N. 對(duì)照組胚胎(n=32)和Dnmt1-MO胚胎(n=31)的BrdU指數(shù)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義
（4）DNMT1通過(guò)調(diào)節(jié)Fgf、Wnt和趨化因子信號(hào)通路調(diào)控PLL發(fā)育
圖5：Dnmt1缺失抑制斑馬魚原基中的Fgf信號(hào)和趨化因子超家族。
（5）斑馬魚Dnmt1基因敲除導(dǎo)致嚴(yán)重的耳畸形
圖6：敲除Dnmt1會(huì)破壞半規(guī)管和耳石器官的正常發(fā)育
圖7：Dnmt1抑制影響HC在胞囊和球囊中的分化。
（6）Dnmt1通過(guò)調(diào)控pax家族和Fgf信號(hào)通路參與斑馬魚內(nèi)耳胚胎發(fā)生
圖8：Dnmt1敲除后耳板編碼標(biāo)記基因表達(dá)變化
（7）Dnmt1在斑馬魚發(fā)育過(guò)程中調(diào)控cdkn1a和tp53的轉(zhuǎn)錄水平
圖9：RNA-seq分析揭示細(xì)胞周期基因是斑馬魚耳發(fā)育過(guò)程中Dnmt1抑制的關(guān)鍵調(diào)控因子。
- 火山圖分析顯示了這兩組的所有DEG。
- Venn圖進(jìn)一步標(biāo)記了Con-MO和Dnmt1-MO組中唯一和重疊DEG數(shù)量。
- KEGG富集分析顯示，Dnmt1敲除樣品和對(duì)照組之間的前20個(gè)信號(hào)通路存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
- 兩組的細(xì)胞周期通路DEG聚類分析。
- ISH數(shù)據(jù)證實(shí)，與對(duì)照組相比，48 hpf時(shí)敲除Dnmt1后cdkn1a（p21）和tp53均上調(diào)
圖10：WGBS分析檢測(cè)Dnmt1敲除后的全基因組低甲基化。
A. 小提琴圖顯示具有三個(gè)生物學(xué)重復(fù)的Con-MO組和Dnmt1-MO組的整體甲基化水平。白點(diǎn)表示中值，黑色實(shí)框表示四分位距（interquartile range, IQR），細(xì)黑線表示數(shù)據(jù)范圍，小提琴的寬度表示分布密度。B-C. 與Con-MO組相比，Dnmt1-MO組中低甲基化（B）和高甲基化（C）的DMR數(shù)量。橫坐標(biāo)表示不同的甲基化水平。
D. Circos圖顯示與Con-MO組相比，基因組Dnmt1-MO組中DEG和DMR的總體分布。從外圈到內(nèi)圈分別表示染色體數(shù)目、DEG（RNA-Seq）和DMR（CpG）。紅色表示上調(diào)，藍(lán)色表示下調(diào)；顏色越深，差異越大。
E. 熱圖顯示與Con-MO組相比，Dnmt1-MO組共有的DEG和DMR相關(guān)基因。紅色表示上調(diào)，綠色表示下調(diào)。
F-G. 與Con-MO組相比，Dnmt1-MO突變體功能區(qū)中tp53和cdkn1a的甲基化水平均顯著降低。TES轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)；TSS轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。
參考文獻(xiàn)：
Tang D, Zheng S, Zheng Z, Liu C, Zhang J, Yan R, Wu C, Zuo N, Wu L, Xu H, Liu S, He Y. Dnmt1 is required for the development of auditory organs via cell cycle arrest and Fgf signalling. Cell Prolif. 2022 May;55(5):e13225.
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