• 在Project樹查看在該分析項(xiàng)目中所有的Analysis結(jié)果節(jié)點(diǎn)。每一個(gè)analysis可以折疊/展開，名稱可以通過右鍵單擊anaylsis這一層次來更改，另外analysis也可以被刪除。在analysis的下一層次中，可以通過雙擊查看在該analysis下應(yīng)用PEAKS不同的功能而產(chǎn)生的結(jié)果節(jié)點(diǎn)（如Data Refine，De Novo，DB search等）以及結(jié)果導(dǎo)出的節(jié)點(diǎn)。
• 菜單和工具欄包含所有的分析工具和功能圖標(biāo)。通過切換頂端的標(biāo)簽，可分別進(jìn)入Projects，Configurations，Tools和Help。在Projects標(biāo)簽下，可以打開/關(guān)閉Project，也可以在當(dāng)前的project中新建Analysis或者修改Analysis。
• 可以通過雙擊Project中的結(jié)果節(jié)點(diǎn)來打開該節(jié)點(diǎn)。打開的結(jié)果節(jié)點(diǎn)顯示在選項(xiàng)卡中。
• 每個(gè)打開的結(jié)果節(jié)點(diǎn)提供幾個(gè)不同的“view” 標(biāo)簽。“Summary View”顯示結(jié)果統(tǒng)計(jì)信息。Protein ，Peptide，Glycopeptide，De novo only和Feature等視圖，提供數(shù)據(jù)結(jié)果的所有細(xì)節(jié)。
• Information一欄顯示節(jié)點(diǎn)屬性、運(yùn)行任務(wù)進(jìn)度等有用信息。

• 可以通過單擊FDR按鈕設(shè)置目標(biāo)肽譜匹配的-10lgP閾值或目標(biāo)FDR（錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率）來過濾掉鑒定結(jié)果中的低分肽。
• 通過設(shè)置目標(biāo)蛋白的-10lgP的評(píng)分和特定目標(biāo)肽段的計(jì)數(shù)來過濾掉鑒定結(jié)果中的低評(píng)分蛋白質(zhì)。
• De Novo Only肽指的是未被數(shù)據(jù)庫搜索算法識(shí)別的具有可信的De Novo序列標(biāo)簽的肽。要報(bào)告De Novo Only肽，ALC（平均局部置信度）評(píng)分必須等于或優(yōu)于指定的閾值。同時(shí)，頻譜的最佳數(shù)據(jù)庫搜索結(jié)果的分?jǐn)?shù)不應(yīng)大于指定的 -10lgP 閾值。
• 默認(rèn)情況下，用于De Novo Only的-10logP閾值被鎖定為與用于篩選肽的-10lgP閾值相同。要指定其他值，只需單擊鎖定圖標(biāo)即可解鎖篩選程序。

• “Feature View”包含通過篩選程序的所有可檢測特征的列表。每個(gè)feature都將列出與其關(guān)聯(lián)的所有 MS/MS 掃描。
• “Protein View”包含通過篩選程序鑒定的蛋白質(zhì)列表。用同一組（或肽的子集）鑒定的蛋白質(zhì)被分組在一起。
• “Peptide View”顯示通過篩選程序鑒定的所有肽。鑒定相同肽序列的多個(gè)光譜被分組在一起。
• “De Novo Only View”顯示了僅通過De Novo測序鑒定出的所有肽
• “LC/MS View”將LC-MS數(shù)據(jù)顯示為熱圖，突出顯示 MS/MS 掃描和檢測到的特征。

• “coverage/outline”選項(xiàng)可以顯示或移除肽條。
• “sequence display option”可以通過快速顯示或在項(xiàng)目設(shè)置期間選擇的酶選項(xiàng)來突出顯示覆蓋圖。
• “de novo tags sharing”指定De Novo Only序列與蛋白質(zhì)之間連續(xù)氨基酸匹配的最小數(shù)量，然后才能顯示為灰色條。
• “de novo peptides fully matched”復(fù)選框允許在序列（無論其長度如何）與蛋白質(zhì)中的序列完全匹配時(shí)顯示從頭肽。
• “minimum ion intensity”指定在PTM位置被視為置信并顯示在蛋白質(zhì)序列頂部之前，其中一個(gè)MS/MS譜圖中的最小碎片離子相對強(qiáng)度。
• PTM列表中的復(fù)選框允許用戶查看結(jié)果中具有特定PTM的肽。單擊彩色框可更改顏色。雙擊PTM名稱以查看PTM詳細(xì)信息。

將出現(xiàn)一個(gè)窗口，允許用戶指定所需的分析搜索參數(shù)。PEAKS DB的大多數(shù)搜索選項(xiàng)都是標(biāo)準(zhǔn)且直接的。下面提供了更多詳細(xì)信息：

01.如果在項(xiàng)目創(chuàng)建步驟中為每個(gè)樣品指定了蛋白水解酶，用戶可以選擇使用每個(gè)樣品中已指定的酶。這使得在單個(gè)項(xiàng)目和單個(gè)搜索中使用多種酶成為可能。
02.指定樣本中預(yù)期的固定PTM和一些常見的可變PTM。
03.選擇蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，或復(fù)制并粘貼蛋白質(zhì)序列以進(jìn)行數(shù)據(jù)庫搜索。用戶還可以選擇要包含在數(shù)據(jù)庫搜索中的污染物數(shù)據(jù)庫（可選）。

04.使用相同的參數(shù)進(jìn)行從頭測序，或基于現(xiàn)有的De Novo測序結(jié)果節(jié)點(diǎn)進(jìn)行搜索。
05.使用誘餌融合方法估計(jì)錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率（FDR）。

• 誘餌融合是一種增強(qiáng)的目標(biāo)誘餌方法，用于使用 FDR 驗(yàn)證結(jié)果。誘餌聚變將誘餌序列附加到每個(gè)蛋白質(zhì)作為搜索的“陰性對照”。有關(guān)更多詳細(xì)信息，請參閱 BSI 的網(wǎng)絡(luò)教程。

06.在PEAKS DB數(shù)據(jù)庫搜索完成后啟用PEAKS PTM和SPIDER算法。

• 默認(rèn)情況下，PEAKS PTM將執(zhí)行額外的PTM搜索，該搜索會(huì)考慮Unimod的所有313個(gè)自然發(fā)生的修改。用戶可以通過單擊“高級(jí)設(shè)置”按鈕來指定他們希望用于其他PEAKS PTM搜索的PTM的自定義列表。
• SPIDER基于De Novo測序標(biāo)簽進(jìn)行同源搜索。如果選擇，SPIDER算法將在每個(gè)置信度的De Novo標(biāo)簽（ALC>15%）上進(jìn)行，這些標(biāo)簽的頻譜未被PEAKS DB以高置信度（-10lgP < 30）識(shí)別。SPIDER將通過改變數(shù)據(jù)庫肽的氨基酸來構(gòu)建新的肽序列。對于每個(gè)譜圖，由SPIDER構(gòu)建或由PEAKS DB發(fā)現(xiàn)的更好的序列將用作鑒定的肽。SPIDER適用于跨物種搜索和查找蛋白質(zhì)的點(diǎn)突變�？梢酝ㄟ^此工作流調(diào)用SPIDER，也可以通過單擊工具欄中的SPIDER圖標(biāo)來調(diào)用。
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