新型腫瘤標(biāo)志物檢測利器之cfDNA甲基化測序（cfDNA-RBS）介紹
游離DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人體組織釋放到血液等循環(huán)體系中的降解的DNA片段，是一種新型的腫瘤分子標(biāo)志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指來源于腫瘤細(xì)胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表觀學(xué)修飾之一，可以在不改變基因序列的情況下，改變遺傳表現(xiàn)，從而控制基因的表達(dá)�；蚣谆l(fā)生是癌癥發(fā)生的重要機制，相當(dāng)于調(diào)控基因表達(dá)的“開關(guān)”，其穩(wěn)定性和一致性較好，因此ctDNA甲基化是癌癥腫瘤標(biāo)志物篩查的理想手段。
腫瘤的組織起源決定了其組織特異性的DNA甲基化模式：
（1）血漿中cfDNA包含來自機體各個組織器官凋亡細(xì)胞釋放的DNA。
（2）腫瘤細(xì)胞釋放的cfDNA比正常組織細(xì)胞更高。
一、cfDNA甲基化檢測技術(shù)瓶頸：
對于cfDNA等相對微量且片段化十分嚴(yán)重的樣本，常用甲基化檢測主要包括cfMeDIP，微量WGBS技術(shù)。應(yīng)用RRBS檢測的CG位點極為有限，主要原因cfDNA自身就在選擇片段范圍之內(nèi)，如果片段內(nèi)CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能檢測到的都是CG含量低的區(qū)域片段。
追蹤腫瘤的DNA甲基化模式
二、易基因cfDNA-RBS亮點：
為助力低樣本量多維度分析，易基因開發(fā)了富集覆蓋CpG島、啟動子、增強子、CTCF結(jié)合位點的cfDNA甲基化測序方法——cfDNA-RBS，實現(xiàn)了高靈敏度和樣本復(fù)用，使其具有高度可擴展性，并適用于有限的樣本和單個細(xì)胞。
易基因建立的cfDNA-RBS技術(shù)，僅需10-15G測序數(shù)據(jù)，DNA建庫起始量低至5ng的cfDNA樣本，可以檢測到的5X位點高達(dá)4M以上，是目前腫瘤甲基化標(biāo)志物檢測研究的優(yōu)選技術(shù)，應(yīng)用場景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個性化用藥、實時監(jiān)控、預(yù)后監(jiān)測等。
易基因科技在DNA甲基化修飾等表觀遺傳檢測領(lǐng)域，積累了一系列國際先進(jìn)技術(shù)，可對高通量DNA甲基化組學(xué)研究，包括單細(xì)胞、微量和常量DNA甲基化測序，ctDNA、FFPE等嚴(yán)重降解痕量DNA甲基化檢測等，提供多種有效解決方案。低成本、高通量的DNA甲基化組學(xué)測序技術(shù)建立，將為研究者對不同時間和空間的表觀修飾研究奠定基礎(chǔ)。
1）微量細(xì)胞或單細(xì)胞全基因組甲基化測序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：
單細(xì)胞/100-1000個細(xì)胞
1ng基因組DNA
90%以上基因組CG覆蓋
2）微量細(xì)胞或DNA簡化基因組甲基化測序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：
1ng基因組DNA；
10-20M有效CG位點覆蓋；
10-20G測序數(shù)據(jù)量；
3）微量cfDNA簡化基因組甲基化測序（cfDNA-RBS）
100ul血漿或1ng cfDNA
10M有效CG位點覆蓋
15-20G測序數(shù)據(jù)量
四、cfDNA-RBS信息分析
易基因建立的cfDNA-RBS技術(shù)，可基于CpG島、啟動子、增強子、CTCF結(jié)合位點等區(qū)域，實現(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點精準(zhǔn)定位，快速準(zhǔn)確地找到差異位點，實現(xiàn)高效分析DMR及相關(guān)基因的功能分析。
五、不同DNA甲基化檢測技術(shù)指標(biāo)比較
不同DNA甲基化檢測技術(shù)CG位點比較
六、cfDNA甲基化臨床研究技術(shù)選擇推薦
腫瘤的組織起源決定了其組織特異性的DNA甲基化模式：
（1）血漿中cfDNA包含來自機體各個組織器官凋亡細(xì)胞釋放的DNA。
（2）腫瘤細(xì)胞釋放的cfDNA比正常組織細(xì)胞更高。
腫瘤的表觀遺傳標(biāo)志物
一、cfDNA甲基化檢測技術(shù)瓶頸：
對于cfDNA等相對微量且片段化十分嚴(yán)重的樣本，常用甲基化檢測主要包括cfMeDIP，微量WGBS技術(shù)。應(yīng)用RRBS檢測的CG位點極為有限，主要原因cfDNA自身就在選擇片段范圍之內(nèi)，如果片段內(nèi)CG含量高被酶切，反而更短不被富集，因此可能檢測到的都是CG含量低的區(qū)域片段。
追蹤腫瘤的DNA甲基化模式
二、易基因cfDNA-RBS亮點：
為助力低樣本量多維度分析，易基因開發(fā)了富集覆蓋CpG島、啟動子、增強子、CTCF結(jié)合位點的cfDNA甲基化測序方法——cfDNA-RBS，實現(xiàn)了高靈敏度和樣本復(fù)用，使其具有高度可擴展性，并適用于有限的樣本和單個細(xì)胞。
易基因建立的cfDNA-RBS技術(shù)，僅需10-15G測序數(shù)據(jù)，DNA建庫起始量低至5ng的cfDNA樣本，可以檢測到的5X位點高達(dá)4M以上，是目前腫瘤甲基化標(biāo)志物檢測研究的優(yōu)選技術(shù)，應(yīng)用場景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個性化用藥、實時監(jiān)控、預(yù)后監(jiān)測等。
- 癌前病變的癌變預(yù)警標(biāo)志物檢測
- 腫瘤早期篩查標(biāo)志物檢測
- 腫瘤預(yù)后標(biāo)志物檢測
- 藥物療效預(yù)測標(biāo)志物檢測
WGBS、cfDNA-RBS、RRBS技術(shù)位點覆蓋對比
三、技術(shù)優(yōu)勢：易基因科技在DNA甲基化修飾等表觀遺傳檢測領(lǐng)域，積累了一系列國際先進(jìn)技術(shù)，可對高通量DNA甲基化組學(xué)研究，包括單細(xì)胞、微量和常量DNA甲基化測序，ctDNA、FFPE等嚴(yán)重降解痕量DNA甲基化檢測等，提供多種有效解決方案。低成本、高通量的DNA甲基化組學(xué)測序技術(shù)建立，將為研究者對不同時間和空間的表觀修飾研究奠定基礎(chǔ)。
1）微量細(xì)胞或單細(xì)胞全基因組甲基化測序（Micro DNA-WGBS）DNA起始量：
單細(xì)胞/100-1000個細(xì)胞
1ng基因組DNA
90%以上基因組CG覆蓋
2）微量細(xì)胞或DNA簡化基因組甲基化測序（Micro DNA-RRBS）DNA起始量：
1ng基因組DNA；
10-20M有效CG位點覆蓋；
10-20G測序數(shù)據(jù)量；
3）微量cfDNA簡化基因組甲基化測序（cfDNA-RBS）
100ul血漿或1ng cfDNA
10M有效CG位點覆蓋
15-20G測序數(shù)據(jù)量
四、cfDNA-RBS信息分析
易基因建立的cfDNA-RBS技術(shù)，可基于CpG島、啟動子、增強子、CTCF結(jié)合位點等區(qū)域，實現(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點精準(zhǔn)定位，快速準(zhǔn)確地找到差異位點，實現(xiàn)高效分析DMR及相關(guān)基因的功能分析。
五、不同DNA甲基化檢測技術(shù)指標(biāo)比較
不同DNA甲基化檢測技術(shù)CG位點比較
六、cfDNA甲基化臨床研究技術(shù)選擇推薦
- 空間和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析揭示與不良預(yù)后相關(guān)的中間癌細(xì)胞群
- 單細(xì)胞測序助力揭示右心室容量超荷會通過免疫反應(yīng)重啟心肌細(xì)胞的增殖
- BS+ChIP-seq在揭示DNA甲基化調(diào)控非編碼RNA抑制腫瘤侵襲性中的應(yīng)用
- 靶基因甲基化測序(Target-BS)等在揭示特應(yīng)性皮炎新發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用
- ChIP等揭示糖皮質(zhì)激素和TET2共調(diào)控促進(jìn)癌癥轉(zhuǎn)移的表觀遺傳機制
- 游離細(xì)胞DNA（cfDNA）檢測整體研究方案及其應(yīng)用案例
- DNA甲基化修飾整體研究方案技術(shù)介紹及經(jīng)典案例分析
- DNA甲基化詳解
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