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單細(xì)胞RNA/蛋白組測(cè)序鑒定小鼠胰島細(xì)胞亞群對(duì)高脂飲食代謝適應(yīng)性調(diào)控

瀏覽次數(shù):623 發(fā)布日期:2023-2-27  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
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期刊:Diabetologia(IF=10.460)
技術(shù)服務(wù):單細(xì)胞RNA測(cè)序、單細(xì)胞蛋白組測(cè)序(由上海伯豪生物提供技術(shù)服務(wù))

導(dǎo)語(yǔ)
胰島是一種包含多類細(xì)胞的精密微小器官,其中α、β和δ等內(nèi)分泌細(xì)胞參與機(jī)體血糖穩(wěn)態(tài)的調(diào)控。大量研究表明,肥胖誘導(dǎo)的2型糖尿病早期即出現(xiàn)胰島素抵抗伴隨胰島功能障礙,胰島α、β、δ細(xì)胞激素分泌開(kāi)始紊亂,隨著胰島功能損傷的加劇,患者病情也逐漸惡化。嚙齒類動(dòng)物或人胰島都存在復(fù)雜的空間結(jié)構(gòu),即使相同類型細(xì)胞間也存在異質(zhì)性,而疾病條件下同種類型細(xì)胞亞群如何發(fā)生變化并影響胰島功能的機(jī)制并不明確。因此,掌握2型糖尿病早期胰島α、β、δ細(xì)胞亞群的組成變化,并探索可用于區(qū)分各亞群的表面標(biāo)志物,對(duì)2型糖尿病的精準(zhǔn)治療和預(yù)防具有十分重要的現(xiàn)實(shí)意義。

實(shí)驗(yàn)方法
采用單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)方法鑒定hfd誘導(dǎo)的小鼠葡萄糖耐受不良模型中的α、β和δ細(xì)胞亞群標(biāo)記物。采用流式細(xì)胞儀和免疫染色對(duì)各亞群的比例進(jìn)行分類和評(píng)估。對(duì)分選細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析,通過(guò)蛋白表達(dá)深入闡明各α、β、δ細(xì)胞亞群在葡萄糖耐受不良中的功能狀態(tài)。

研究結(jié)果
1. 小鼠胰島單細(xì)胞RNA測(cè)序
本研究對(duì)5只普通飲食(cd)喂養(yǎng)的小鼠和5只高脂飲食(hfd)喂養(yǎng)的小鼠進(jìn)行了高通量scRNA-seq分析。研究分析了15093個(gè)來(lái)自cd喂養(yǎng)小鼠胰島的細(xì)胞和18906個(gè)來(lái)自hfd喂養(yǎng)小鼠胰島的細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)其被聚成四種主要內(nèi)分泌細(xì)胞,基于主要激素基因表達(dá)進(jìn)行了注釋:4069個(gè)α (Gcg), 14108個(gè)β (Ins1), 1698個(gè)δ (Sst)和666個(gè)PP (Ppy)細(xì)胞。此外,根據(jù)先前報(bào)道的標(biāo)記基因,發(fā)現(xiàn)了少量?jī)?nèi)皮細(xì)胞、免疫細(xì)胞、間充質(zhì)細(xì)胞和導(dǎo)管細(xì)胞(圖1-d)。接下來(lái)對(duì)α,β,δ這幾種細(xì)胞類型進(jìn)行差異基因和功能富集分析,發(fā)現(xiàn)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的蛋白質(zhì)加工在α、β和δ細(xì)胞中顯著富集(圖1e-g)。

 
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圖1


2. Ace2在α細(xì)胞中的異質(zhì)表達(dá)
為了分析α細(xì)胞的異質(zhì)性,使用scRNA-seq數(shù)據(jù)將α細(xì)胞聚成8個(gè)簇(圖2a-b),并分析了8個(gè)聚類中的marker基因表達(dá)(圖2c)。本研究發(fā)現(xiàn)與嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2 (SARS-CoV-2)感染相關(guān)的關(guān)鍵基因Ace2在α細(xì)胞群中顯著變化。根據(jù)Ace2的表達(dá)水平,將8個(gè)α細(xì)胞簇分為Ace2low(簇3和5)和Ace2high(簇0、1、2、4、6和7)亞群。ScRNA-seq和免疫熒光證實(shí)了在cd和hfd小鼠胰島中α細(xì)胞亞群的存在(圖f,g,j)。為了探索ace2 α細(xì)胞異質(zhì)性的分子特征,我們?cè)贏ce2low和Ace2high亞群之間鑒定出379個(gè)差異基因(圖2h),并對(duì)差異基因進(jìn)行了KEGG富集分析(圖2i),表明Ace2的表達(dá)可以區(qū)分具有不同功能和生存狀態(tài)的α細(xì)胞。我們還發(fā)現(xiàn),在Ace2low組中,α細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄因子(Mafb和Irx1)和α細(xì)胞相關(guān)基因(Ttr、Chgb、Fev和Pyy)顯著下調(diào)。相反,Ace2low α細(xì)胞開(kāi)始表達(dá)具有β細(xì)胞特征的基因(如Ucn3、Ero1lb、和Slc2a2)。其中一些結(jié)果通過(guò)qPCR(圖2m-q)和western印跡(圖2k)對(duì)分選的α細(xì)胞群進(jìn)行了證實(shí)。這表明,Ace2low亞群可能代表了未成熟的α細(xì)胞,似乎具有β細(xì)胞樣特征。

 

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圖2

3. 表明α細(xì)胞亞群功能的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)
用胰島單細(xì)胞懸液的 FACS將α細(xì)胞(胰高血糖素[GCG]+)細(xì)胞分為ACE2high組和ACE2low組。值得注意的是,HFD小鼠中ACE2high α細(xì)胞的比例(65.3%)明顯低于CD小鼠(80.0%),這表明基于ace2的α細(xì)胞異質(zhì)性可能參與了糖尿病的病理生理過(guò)程(圖3a,b)。從FACS分選的的CD和HFD小鼠(每個(gè)樣本2000個(gè)細(xì)胞)中收集ACE2low和ACE2high α細(xì)胞亞群進(jìn)行單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析。檢測(cè)到的蛋白數(shù)量在3042~4021之間,重復(fù)性良好。PCA也能明顯區(qū)分ACE2low細(xì)胞和ACE2high細(xì)胞(圖3c)。在CD小鼠中,與ACE2high α細(xì)胞相比,ACE2low α細(xì)胞中有29個(gè)上調(diào),80個(gè)DEPs下調(diào)(圖3d),受影響的KEGG通路包括Ras信號(hào)通路和有絲分裂活化蛋白激酶(MAPK)信號(hào)通路(圖3 e)。在HFD小鼠中,與ACE2high α細(xì)胞相比,ACE2low α細(xì)胞中的DEPs明顯增加,其中17個(gè)上調(diào),301個(gè)DEPs下調(diào)(圖3 f)。KEGG分析發(fā)現(xiàn)與營(yíng)養(yǎng)和能量代謝相關(guān)的途徑在ACE2低組均顯著下調(diào)(圖3g)。這些發(fā)現(xiàn)強(qiáng)烈暗示了ACE2low α細(xì)胞的代謝和其他生物活性減弱,特別是在HFD小鼠中。

 

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圖3 

4. CD81在β細(xì)胞中的異質(zhì)表達(dá)
為了分析β細(xì)胞的異質(zhì)性,我們將這些細(xì)胞聚為9個(gè)簇,并確定了前10個(gè)標(biāo)記基因(圖4a-c)。根據(jù)最近的一項(xiàng)研究,發(fā)現(xiàn)Cd81在細(xì)胞簇中有差異表達(dá)。研究將9個(gè)β細(xì)胞簇分為Cd81low(簇0-4和7)和Cd81high(簇5、6和8)亞群(4d-g),發(fā)現(xiàn)CD81在CD和HFD小鼠的β細(xì)胞中分布的明顯異質(zhì)性,同時(shí)也經(jīng)過(guò)了免疫組化的證實(shí)(圖4j)。接下來(lái)分析了Cd81low相對(duì)于Cd81 highβ細(xì)胞的差異基因和KEGG通路分析,細(xì)胞代謝及其相關(guān)功能通路以及一系列應(yīng)激相關(guān)和炎癥通路被顯著富集。而未成熟的細(xì)胞標(biāo)記物(Chga、Chgb、Mafb和Rbp4)在Cd81high亞群中高表達(dá)(圖4l)。這表明Cd81high亞群可能代表了一組功能較弱和未成熟的細(xì)胞。其中一些結(jié)果通過(guò)qPCR(圖4m-p)和westernblot(圖4k)對(duì)分選的細(xì)胞亞群進(jìn)行證實(shí)。

 

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圖4

5. β細(xì)胞亞群功能的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定

為了進(jìn)一步探索HFD對(duì)β細(xì)胞亞群的影響,F(xiàn)ACS顯示與CD小鼠相比,HFD小鼠的CD81high細(xì)胞比例降低。然后,使用單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)(每個(gè)樣本10000個(gè)細(xì)胞)分析FACS分選的CD81low和CD81highβ細(xì)胞(圖5a,b)。PCA顯示CD81low和CD81highβ細(xì)胞被聚集成兩個(gè)獨(dú)立的組(圖5c)。比較CD81low和CD81highβ細(xì)胞,在CD小鼠中檢測(cè)到869個(gè)上調(diào)和373個(gè)下調(diào)的DEPs,在HFD小鼠中檢測(cè)到707個(gè)上調(diào)和312個(gè)下調(diào)的DEPs(圖5d,e)。在CD和HFD小鼠中,與能量代謝相關(guān)的途徑(包括氧化磷酸化和阿爾茨海默。┰贑D81低亞群中被下調(diào)(圖5f,g),并通過(guò)免疫組化和western blot進(jìn)行了驗(yàn)證。
 

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圖5

6. HFD增強(qiáng)了成熟的Slc2a2 low δ細(xì)胞的功能

本研究將δ細(xì)胞分為 Slc2a2low and Slc2a2high 亞群,通過(guò)Slc2a2low 相比于 Slc2a2high差異基因和KEGG功能富集分析顯示,上調(diào)的通路與鈣離子和激素分泌有關(guān),提示Slc2a2low亞組可能功能更成熟(S6a,b)。然而,8周的HFD并沒(méi)有改變兩個(gè)delta細(xì)胞亞群的比例(圖6a,c)。免疫熒光證實(shí)了在小鼠和人類胰島中均存在δ細(xì)胞亞群(圖6b)。接下來(lái)采用FASC對(duì)CD和HFD小鼠的Slc2a2low and Slc2a2high  δ細(xì)胞亞群(每個(gè)樣本3000個(gè)細(xì)胞)進(jìn)行單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析。PCA數(shù)據(jù)顯示,Slc2a2low 和Slc2a2high  δ細(xì)胞聚集成兩個(gè)不同的群體(圖6d)。Slc2a2low 和 Slc2a2high    δ細(xì)胞亞群之間有548個(gè)上調(diào)和171個(gè)下調(diào)的DEPs;同時(shí),HFD小鼠中DEPs上調(diào)較多(832),下調(diào)較少(102)(圖6e,f)。KEGG分析顯示,與β細(xì)胞相似,CD小鼠的Slc2a2low (相對(duì)于Slc2a2high  δ細(xì)胞)中的氧化磷酸化和阿爾茨海默病通路顯著下調(diào)(圖6g)。在CD和HFD小鼠的Slc2a2low細(xì)胞中,多種營(yíng)養(yǎng)代謝途徑也顯著上調(diào)。綜上所述,Slc2a2low δ細(xì)胞可能比Slc2a2high δ更具有功能和代謝活性,而HFD進(jìn)一步刺激Slc2a2low δ細(xì)胞的功能和代謝。
 

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圖6

總之,我們發(fā)現(xiàn)未成熟的胰島細(xì)胞部分失去了它們的身份維持基因,并開(kāi)始表現(xiàn)出其他內(nèi)分泌細(xì)胞的特征。在HFD誘導(dǎo)的葡萄糖耐受不良中,低容量和未成熟的ACE2low細(xì)胞的比例隨著功能活性和成熟的CD81low細(xì)胞比例的增加而增加。成熟的Slc2a2low δ細(xì)胞功能增強(qiáng),但比例不變。這些動(dòng)態(tài)變化揭示了胰島對(duì)HFD應(yīng)激反應(yīng)的代謝可塑性。這種可塑性適應(yīng)可以通過(guò)抑制高血糖來(lái)抵消代謝應(yīng)激,恢復(fù)葡萄糖穩(wěn)態(tài),增強(qiáng)細(xì)胞的低血糖作用,并增加δ對(duì)α和β細(xì)胞的調(diào)節(jié)。
 

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圖7

 

參考文獻(xiàn):
Fu Q, Jiang H, Qian Y, et al. Single-cell RNA sequencing combined with single-cell proteomics identifies the metabolic adaptation of islet cell subpopulations to high-fat diet in mice[J]. Diabetologia, 2022: 1-17.

來(lái)源:上海伯豪生物技術(shù)有限公司
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