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文獻解讀:MMP21雜合子變異與中國漢族兒童可遺傳內(nèi)臟異位綜合征相關(guān)

瀏覽次數(shù):602 發(fā)布日期:2023-2-15  來源:伯豪生物
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刊:Human Genomics:6.48分
測序技術(shù):WES(外顯子測序)-伯豪合作文章

 
導語
異位綜合征(Heterotaxy syndrome, HTX)是由胚胎發(fā)育早期的左右模式異常引起的畸形,具體會導致胸腹器官的位置和形態(tài)異常。目前, 只有在不到20%的散發(fā)HTX病例中識別出潛在的遺傳基因,表明其遺傳發(fā)病機理仍然知之甚少。在這項研究中,本文目標是通過基因方面有更深入了解,記錄不同基質(zhì)金屬蛋白酶21 (matrix metalloproteinase 21, MMP21)變異對疾病的影響。一般HTX患者同時會伴有嚴重復合先天性心臟疾(complex congenital heart diseases, CHD)。
 
方法
入組選取81例伴有復雜先天性心臟缺陷HTX患童和89例健康兒童血液樣本進行對比,我們通過外顯子測序研究了HTX患童相關(guān)的致病變異。后續(xù)采用斑馬魚模型驗證。
 
結(jié)果結(jié)論
三種MMP21雜合非同義變體c.731G>A (p.G244E);c.829C>T (p.L277F);c.1459A>G (p.K487E),在三名無關(guān)聯(lián)的HTX和復雜先天性心臟缺陷的中國漢族患者中被鑒定出來。通過sanger測序驗證證明這三種突變均為HTX患兒突變產(chǎn)生。結(jié)合斑馬魚的驗證結(jié)果MMP21變異(p.G244E和p.K487E)可能是誘導HTX合并復雜心臟疾病遺傳疾病的突變,該結(jié)果結(jié)果擴大了當前HTX中MMP21目前的突變譜。
 
研究結(jié)果
1. 3例不相關(guān)的HTX患者中發(fā)現(xiàn)了3個全新雜合子MMP21變體
在81名患童中選取的25名作為篩選隊列(30.9%)進行外顯子測序(表1)。本文總共識別了28種錯誤的致病性(或可能的)變異,其中11個已知的基因突變和HTX 相關(guān),包括:DNAH5, DNAI1, GALNT11, MEGF8, MMP21, NODAL, NPHP4, PKD1L1, ROCK2, SHROOM3, SMAD2 。

此外,三個罕見MMP21雜合子錯義突變在三個不相關(guān)的中國漢族患者中被發(fā)現(xiàn),具體的突變情況以及心臟畸形的部位:p.G244E-右位心臟;p.L277F-右位心臟且右心房異構(gòu);p.K487E-右心房異構(gòu)(表2)。

 
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通過Sanger測序,把患童MMP21基因的突變位點和他們的雙親進行對比(圖,1A)。而這三個MMP21的基因突變位點主要分布在3號外顯子和7號外顯子(圖,1B)。在對應(yīng)的氨基酸序列來看,突變的區(qū)域在鋅依賴性MMP催化域(ZnMC_MMP) 和血紅素樣重復序列(HX超家族) (圖,1C)。這些氨基酸取代位點在多種脊椎動物中高度保守,如(圖1D)所示,MMP21蛋白的氨基酸序列比對中使用Clustal X軟件,這也說明突變導致的氨基酸取代可能導致MMP21蛋白功能的改變。為了進一步研究變異的功能效應(yīng),我們使用SWISS-MODEL構(gòu)建了WT和突變MMP21蛋白的三維結(jié)構(gòu)(圖1E)。
 

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2. MMP21的突變不影響其本身的表達
為了進一步探索MMP21突變對其本身表達的影響,本文構(gòu)建了MMP21突變的HEK293T細胞株,除了空白質(zhì)粒載體,還分別構(gòu)建質(zhì)粒:pCMV3-MMP21-mut1 (p.G244E);pCMV3- MMP21-mut2 (p.L277F);pCMV3-MMP21-mut3 (p.K487E)。采取單獨突變轉(zhuǎn)染和共轉(zhuǎn)染(WT/mutant=1:1)兩種方式,并進行RT-qPCR檢測,結(jié)果顯示單獨或是共轉(zhuǎn)染的方式都不影響MMP21轉(zhuǎn)錄水平的改變。通過Western blot進行檢測,結(jié)果顯示MMP21突變在蛋白水平也沒有顯著影響,雖然在單獨轉(zhuǎn)染Mut3蛋白有一定的下調(diào)但是統(tǒng)計沒有顯著性差異(p=0.0529)。(圖2)

 

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3. 突變的MMP21 mRNA c.731G>A (mut1) 和c.1459A>G (mut3) 未能逆轉(zhuǎn)SB - MO敲低MMP21引起的斑馬魚心環(huán)紊亂

為了研究確定的突變是否影響MMP21蛋白功能及其在左右軸向發(fā)育中的作用,通過SB-MO微注射構(gòu)建了MMP21敲降斑馬魚模型。通過顯微注射構(gòu)建模型,前期還通過不同的濃度做了預實驗,RT-qPCR結(jié)果表明對照MO和SB-MO(splice-blocking Morpholino oligo)的1.0 mM注射濃度下,有效阻斷斑馬魚中MMP21的剪接。(圖3A)。

利用clmc2的反義鏈RNA設(shè)計探針所謂斑馬魚心內(nèi)心管的標記物,通過原位雜交判斷心臟的位置。基于受精孵育48h (48hfp)的胚胎進行對比,發(fā)現(xiàn)WT組或者處理對照組心臟循環(huán)的方向在右方(D-loop),但是SB-MO組的心臟循環(huán)更多是不正常的狀態(tài),比如L-loop或者沒有循環(huán),甚至會出現(xiàn)尾部畸形或者脊柱彎曲。(圖3B)。

 

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4. WT&Mut1(c.731G>A)和WT&Mut3(c.1459A>G)雜合子MMP21 mRNA不能完全逆轉(zhuǎn) mmp21引起的心環(huán)異常

在MMP21敲降斑馬魚中,再分別顯微注射,wtMMP、Mut1MMP(c.731G>A: p.G244E)、Mut2MMP(c.829C>T: p.L277F)、Mut3MMP(c.1459A>G: p.K487E)對應(yīng)的mRNA,觀察胚胎心臟畸形是否改善。結(jié)果顯示當注射正常wtMMP時候,可以有效減少斑馬魚胚胎畸形的概率(13.63% vs. 2.51%, p<0.0001)。不同的突變體進行對比發(fā)現(xiàn),Mut1MMP和Mut3MMP的逆轉(zhuǎn)胚胎畸形的效果不如正常wtMMP的結(jié)果,另一方面Mut2的逆轉(zhuǎn)效果比較好,并且和wtMMP的結(jié)果比較接近。(圖4A,B)同時設(shè)計混合共注射分組(WT:mutant mRNAs = 1:1),模擬雜合子的情況,結(jié)果顯示混合后畸形率有了很大的改善,但是仍然高于wtMMP組。(WT&Mut1: 25.06% vs. WT: 13.76%, p<0.0001;WT&Mut3: 22.32% vs. WT: 13.76%, p=0.0008)。這些結(jié)果表明,p.G244E和p.K487E可能具有顯性負效應(yīng),并增加異常左右模式的易感性。支持它們的功能和臨床相關(guān)性。

 

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參考文獻:
Qin XJ, Xu MM, Ye JJ, et al. De novo disruptive heterozygous MMP21 variants are potential predisposing genetic risk factors in Chinese Han heterotaxy children. Hum Genomics. 2022;16(1):41. Published 2022 Sep 19. doi:10.1186/s40246-022-00409-9

來源:上海伯豪生物技術(shù)有限公司
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