我們需要考慮哪些因素來(lái)
選擇合適的小鼠品系以實(shí)現(xiàn)研究目的?
如何使用已有的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)檢索所需小鼠?
在小鼠基礎(chǔ)知識(shí)系列第四講,Dr.J來(lái)給大家講一講解決這兩個(gè)問(wèn)題的思路。
1 選擇小鼠品系需要考慮的因素
在選擇小鼠品系時(shí),我們需要將考慮的因素分為兩類(lèi):
最主要的一類(lèi)因素是指與研究直接相關(guān)的要點(diǎn):包括感興趣的基因,突變類(lèi)型、疾病類(lèi)型以及需要解決的科學(xué)問(wèn)題等,這類(lèi)因素通?梢耘c研究團(tuán)隊(duì)內(nèi)部深入探討,基于對(duì)模型構(gòu)建原理以及研究目的的深入理解做出判斷和選擇。
除了上述因素,實(shí)際上還有很多與小鼠模型相關(guān)的其他因素可能會(huì)影響您的研究,如果提前了解這些因素,則可以規(guī)避風(fēng)險(xiǎn)。
這里我們列出一些常見(jiàn)的影響因素以供參考:
▲ 同樣的突變?cè)诓煌倪z傳背景上,表型可能會(huì)有所差異。(也因此,遺傳背景與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中,對(duì)照組的選擇有密切的關(guān)系。(點(diǎn)擊查看:☞
小鼠基礎(chǔ)知識(shí)系列一|如何選擇對(duì)照小鼠)
以5xFAD阿茲海默癥小鼠為例:
B6.Cg-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (strain#:008730)
B6SJL-Tg(APPSwFlLon,PSEN1*M146L*L286V)6799Vas/Mmjax (Strain#:006554)
上述兩個(gè)小鼠品系具有相同的突變轉(zhuǎn)基因,但是遺傳背景不同,strain#:008730 是C57BL/6J遺傳背景,strain#: 006554是C57BL/6 和SJL混合遺傳背景;旌线z傳背景的5xFAD小鼠(Strain#:006554) 的疾病表型較B6遺傳背景的5xFAD小鼠(strain#:008730)嚴(yán)重并且發(fā)病更早。因此要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),做出合理的品系選擇。
▲ 不同亞系的小鼠,盡管名稱相似,表型卻有可能不同。
以C57BL為例:
目前C57BL具有多種不同亞型,包括最常見(jiàn)的C57BL/6J (strain#:000664), C57BL/6N (strain#:005304), C57BL/10J (Strain#:00665),而不同亞系之間由于遺傳漂變逐漸固定,在神經(jīng)生物學(xué),代謝,免疫等多方面均呈現(xiàn)表型差異。
▲ 對(duì)基礎(chǔ)背景品系的研究有助于理解重組近交系小鼠的特征,進(jìn)而選擇合適的重組近交系小鼠品系進(jìn)行研究。
▲ 對(duì)于移植相關(guān)的研究,需要提前了解該種群不同個(gè)體之間組織相容或排斥的情況,以避免影響您的研究。因?yàn)榧词故墙幌,在高度近?0代之前,也很難保證100余個(gè)組織相容相關(guān)的基因位點(diǎn)完全純合。
▲ 請(qǐng)?zhí)崆按_保您的設(shè)施滿足所要
引進(jìn)品系的飼養(yǎng)和實(shí)驗(yàn)需求。
▲ 在選擇和引入一個(gè)全新品系時(shí),需要盡可能地
了解品系特征,制定配繁方案,并于飼養(yǎng)人員和供應(yīng)商的技術(shù)部門(mén)進(jìn)行溝通,以確保他們能
正確繁育您的特定品系。
2 小鼠數(shù)據(jù)資源庫(kù),檢索合適的小鼠品系
在完成研究框架構(gòu)建的思考后,可以根據(jù)感興趣的基因,突變的類(lèi)型或疾病類(lèi)型使用以下數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)小鼠品系進(jìn)行檢索。
以下三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是最常用的小鼠信息數(shù)據(jù)庫(kù):
1、JAX® Mice Database(JAX®小鼠資源庫(kù)):www.jax.org/mouse-search(相關(guān)閱讀鏈接:☞
只要方法選的好,小鼠模型搜索沒(méi)煩惱)
杰克森實(shí)驗(yàn)室小鼠資源庫(kù)目前保有12,500多個(gè)小鼠品系,該數(shù)據(jù)庫(kù)為最常用的JAX®小鼠數(shù)據(jù)庫(kù)。
常見(jiàn)的查找方式有:
▲ 關(guān)鍵詞搜索:下圖為JAX®小鼠搜索引擎主頁(yè)界面,可以通過(guò)品系貨號(hào)(stock #)、品系名 (strain name)、等位基因名(allele)、基因名(gene)以及其他關(guān)鍵詞(比如小鼠模型常用名:NSG、OT-1)等進(jìn)行搜索。
▲ 根據(jù)研究方向進(jìn)行瀏覽:在搜索引擎主頁(yè)的下方,分類(lèi)總結(jié)了多種特色研究領(lǐng)域的相關(guān)模型,您可以點(diǎn)擊進(jìn)入,以快速查看相關(guān)研究方向的小鼠模型。
在檢索到感興趣的小鼠品系后,詳情頁(yè)面提供各項(xiàng)關(guān)于該品系的信息,包括以下比較常用的內(nèi)容。
▲ Detailed Description:基因或遺傳信息,表型,適應(yīng)領(lǐng)域及特殊注意事項(xiàng)。
▲ Development:小鼠的構(gòu)建過(guò)程,引進(jìn)JAX前后的繁育歷史。
▲ Genotyping Protocols:基因型鑒定方法。
▲ Breeding Consideration:記錄了小鼠品系與繁育相關(guān)特征和表型,對(duì)于存在繁育表現(xiàn)不佳和對(duì)環(huán)境敏感的小鼠品系,這里會(huì)列出非常有價(jià)值的繁育建議和注意事項(xiàng)。
▲ Breeding Strategy:提供了該小鼠品系在JAX®維系種群的配繁策略,可作為引進(jìn)繁育對(duì)時(shí)的參考。
2、Mouse Genome Informatics(MGI):www.informatics.jax.org
如圖所示,該數(shù)據(jù)庫(kù)可以從小鼠的遺傳學(xué)、基因組學(xué)、突變表型和生物學(xué)數(shù)據(jù)等信息進(jìn)行檢索尋找合適實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡男∈蟆?br />
3、Mouse Phenome Database(MPD):phenome.jax.org
全面的表型數(shù)據(jù)收集,尤其是近交系小鼠?捎糜谛∈笃废当容^或者基礎(chǔ)數(shù)據(jù)調(diào)研。