目錄
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01/介紹
02/內(nèi)部補(bǔ)料策略
1.擴(kuò)散控制補(bǔ)料
2.酶控補(bǔ)料
3.內(nèi)部補(bǔ)料策略小結(jié)
03/外部補(bǔ)料策略
1.自動(dòng)化液體處理系統(tǒng)
2.用于分批補(bǔ)料微生物反應(yīng)器系統(tǒng)的微流體和微型閥技術(shù)
3.外部補(bǔ)料策略小結(jié)
04/結(jié)論
前言
先進(jìn)的分批補(bǔ)料微生物反應(yīng)器可降低擴(kuò)大規(guī)模的風(fēng)險(xiǎn),并更接近模擬工業(yè)培養(yǎng)實(shí)踐。近年來,已經(jīng)開發(fā)了高通量微量補(bǔ)料策略,無論實(shí)驗(yàn)預(yù)算如何,都可以提高微量分批補(bǔ)料培養(yǎng)的可及性。該綜述探討了這些技術(shù)及其在加速生物過程開發(fā)中的作用。擴(kuò)散和酶控制的補(bǔ)料可實(shí)現(xiàn)基質(zhì)的連續(xù)供應(yīng),且簡(jiǎn)單實(shí)惠。更復(fù)雜的補(bǔ)料曲線和更強(qiáng)的過程控制需要額外的硬件。自動(dòng)液體處理機(jī)器人可被編程為預(yù)定義的補(bǔ)料曲線,并具有響應(yīng)過程參數(shù)偏差的靈敏度。
研究顯示,微流體技術(shù)可促進(jìn)連續(xù)和精確補(bǔ)料。將自動(dòng)化高通量分批補(bǔ)料培養(yǎng)與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和基于模型的優(yōu)化相結(jié)合的整體方法極大地增強(qiáng)了過程理解,同時(shí)最大限度地減少了實(shí)驗(yàn)負(fù)擔(dān)。為在線優(yōu)化補(bǔ)料條件引入實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)可進(jìn)一步細(xì)化篩選。盡管該綜述中討論的技術(shù)有望實(shí)現(xiàn)高效、低風(fēng)險(xiǎn)的生物過程開發(fā),但自動(dòng)化培養(yǎng)平臺(tái)的費(fèi)用和復(fù)雜性限制了其廣泛應(yīng)用。未來的關(guān)注點(diǎn)應(yīng)該集中在開源軟件的開發(fā)上,減少硬件的排他性。
01介紹
許多公司依賴于不可再生的石化原料以及更復(fù)雜工藝的天然產(chǎn)品所需的大量步驟可能會(huì)阻礙經(jīng)濟(jì)可行性,將可再生原料生物轉(zhuǎn)化為此類天然產(chǎn)物的微生物細(xì)胞工廠的建設(shè),引起了人們的極大興趣。
02 內(nèi)部補(bǔ)料策略
在內(nèi)部分批補(bǔ)料系統(tǒng)中,基質(zhì)在培養(yǎng)容器內(nèi)逐漸釋放,無需外部補(bǔ)料。這些系統(tǒng)的主要特點(diǎn)是它們與現(xiàn)有基礎(chǔ)設(shè)施的兼容性。由于不需要先進(jìn)的微型泵、微流體或液體處理機(jī)器人技術(shù),因此可以顯著降低成本和復(fù)雜性。這種系統(tǒng)通常利用擴(kuò)散或催化現(xiàn)象。
2.1擴(kuò)散控制補(bǔ)料
擴(kuò)散控制進(jìn)料涉及將截留的營(yíng)養(yǎng)物從聚合物吸附劑或通過人工膜緩慢釋放。培養(yǎng)基中的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)擴(kuò)散穿過半透性透析膜,然后被細(xì)胞利用。Philip 等人 2017年闡明了作為影響補(bǔ)料速率的關(guān)鍵因素的兩個(gè)參數(shù),儲(chǔ)器中的初始基質(zhì)濃度和膜幾何形狀。這有助于更好的補(bǔ)料速率控制,并且發(fā)現(xiàn)盡管培養(yǎng)體積放大了 100 倍。然而,使用透析膜的擴(kuò)散控制補(bǔ)料方法的一個(gè)主要限制是其對(duì)搖瓶培養(yǎng)的限制, 這限制了生產(chǎn)量。
Jeude等人2006 年開發(fā)了 FeedBead®技術(shù),這項(xiàng)技術(shù)最初也是為了在搖瓶中使用而開發(fā)的,但 Scheidle 等人 2009 年證明了 FeedBead®技術(shù)適用于 MTP 應(yīng)用。Keil 等人于 2019 年開發(fā)了一種 MTP FeedPlate®系統(tǒng),該系統(tǒng)在每個(gè)孔的底部包含一個(gè)固定的固體有機(jī)硅基質(zhì)和嵌入的葡萄糖晶體。在這些 FeedPlates®中,GFP 產(chǎn)量提高了 245 倍。該板以 24、48 或 96 孔形式上市,允許以分批補(bǔ)料模式直接進(jìn)行高通量培養(yǎng)。然而,培養(yǎng)基 pH、溫度和滲透壓等外部因素對(duì)葡萄糖釋放速率有主要影響。因此,使用該技術(shù)時(shí),對(duì)基質(zhì)釋放速率的精確控制受到限制。
2016 年,F(xiàn)litsch 等人研發(fā)了一種改進(jìn)的 μ-RAMOS 設(shè)備,其目的是克服原始設(shè)備的瓶頸。更新后的系統(tǒng)在 48 孔 MTP 的每個(gè)孔中配備了氣體入口和出口閥以及光學(xué)傳感器,便于對(duì)所有 48 種培養(yǎng)物同時(shí)進(jìn)行 OTR 監(jiān)測(cè)。該技術(shù)最近被進(jìn)一步擴(kuò)展用于 96 孔深孔 MTP,使研究人員能夠?qū)崿F(xiàn)比原始搖瓶規(guī)模的RAMOS 系統(tǒng)增加 15 倍的實(shí)驗(yàn)通量。Habicher 等人 2020 年證明了最先進(jìn)的 μ- RAMOS 和 FeedPlate®對(duì)于工程化用于蛋白酶生產(chǎn)的地衣芽孢桿菌菌株的葡萄糖限制培養(yǎng)的兼容性。OTR 的在線監(jiān)測(cè)極大地改善了 MTP 培養(yǎng)物的信息含量,發(fā)現(xiàn)其在 MTP 和搖瓶規(guī)模下的性能相當(dāng)。使用該平臺(tái)生成的數(shù)據(jù)可用于在開發(fā)的最早階段生成數(shù)學(xué)模型,從而根據(jù)設(shè)計(jì)原則顯著改善了過程質(zhì)量。
Wilming 等人 2014 年使用 96 孔 MTP 開發(fā)了一種替代的基于擴(kuò)散的分批補(bǔ)料系統(tǒng)。每個(gè)培養(yǎng)孔通過填充有聚丙烯酰胺水凝膠的擴(kuò)散通道連接至儲(chǔ)層孔,便于每個(gè)平板進(jìn)行多達(dá) 44 次平行分批補(bǔ)料培養(yǎng)。用濃縮基質(zhì)溶液填充儲(chǔ)器,以實(shí)現(xiàn)逐步擴(kuò)散驅(qū)動(dòng)補(bǔ)料。通過改變儲(chǔ)器中的濃度并由此改變驅(qū)動(dòng)濃度梯度。然而, 發(fā)現(xiàn)補(bǔ)料濃度和葡萄糖釋放速率之間的關(guān)系是非線性的。這種使補(bǔ)料速率微調(diào)復(fù)雜化的非線性歸因于水的反向擴(kuò)散。盡管如此,板的透明底座提供了與板讀取技術(shù)兼容的主要優(yōu)勢(shì),例如用于通過散射光測(cè)量生物量和熒光的 BioLector 系統(tǒng)(mp2-Labs,德國(guó))。使用該系統(tǒng)證明了大腸桿菌和多形嗜血桿菌菌株的分批補(bǔ)料培養(yǎng)。與分批對(duì)照相比,用最佳 300g/L 葡萄糖補(bǔ)料進(jìn)行大腸桿菌的分批補(bǔ)料培養(yǎng)分別導(dǎo)致生物量和基于黃素單核苷酸的熒光報(bào)告蛋白信號(hào)增加約5 倍和14 倍。
2.2酶控補(bǔ)料
淀粉在液體培養(yǎng)基中的溶解度差,需要在原始 EnBase®工藝中使用固相。為了消除對(duì)雙相系統(tǒng)的需求,開發(fā)了具有完全可溶性聚合物基材的 EnBase® Flo。葡萄糖釋放方法與礦物鹽和復(fù)雜培養(yǎng)基添加劑的精心優(yōu)化組合相結(jié)合,以產(chǎn)生高細(xì)胞密度和產(chǎn)品滴度。Glazyrina 等人 2012 年通過在 3mL 至 60L 的范圍內(nèi)培養(yǎng)經(jīng)工程改造過量生產(chǎn)模型酶醇脫氫酶的大腸桿菌菌株,研究了 EnBase® Flo 系統(tǒng)的可擴(kuò)展性。在所有測(cè)試規(guī)模下均實(shí)現(xiàn)了相當(dāng)?shù)脑鲩L(zhǎng)率和蛋白質(zhì)滴度,突出了可擴(kuò)展性。在所有測(cè)試規(guī)模上都實(shí)現(xiàn)了可比的生長(zhǎng)速率和蛋白質(zhì)滴度,突出了可擴(kuò)展性。EnBase®系統(tǒng)還提供了在大型生物反應(yīng)器的初始培養(yǎng)階段控制葡萄糖釋放的額外好處,完全消除了溢出代謝。
EnBase®技術(shù)還以方便的片劑形式在市場(chǎng)上銷售。該 EnPresso®系統(tǒng)與 D- optimal DoE 方法相結(jié)合,可優(yōu)化 24 孔板中工程大腸桿菌的纈諾霉素生產(chǎn)。與原始分批培養(yǎng)相比,DoE 驅(qū)動(dòng)的平行分批補(bǔ)料培養(yǎng)策略使纈氨霉素滴度提高了 33 倍。
2.3內(nèi)部補(bǔ)料策略小結(jié)
擴(kuò)散和酶控制的補(bǔ)料策略提供了一種相對(duì)簡(jiǎn)單和低成本的方法來模擬更大規(guī)模的分批補(bǔ)料過程。它們提供了恒定基質(zhì)補(bǔ)料的關(guān)鍵優(yōu)勢(shì),但在整個(gè)培養(yǎng)過程中通常不可能精確控制補(bǔ)料速率。結(jié)果,更復(fù)雜(例如指數(shù))的進(jìn)給曲線不能使用內(nèi)部補(bǔ)料策略。此外,補(bǔ)料通常限于單一基質(zhì),這可能導(dǎo)致培養(yǎng)基中的其他營(yíng)養(yǎng)物變得有限。特別是基于酶的補(bǔ)料依賴葡萄糖作為碳源,這可能不是所有過程的最佳選擇。此外,在此類系統(tǒng)中,酸和堿補(bǔ)料通常是不可能的,從而限制了過程控制能力。
03 外部分批補(bǔ)料策略
在外部分批補(bǔ)料系統(tǒng)中,基質(zhì)從外部?jī)?chǔ)器補(bǔ)料。該策略的主要優(yōu)點(diǎn)是增加了靈活性和過程控制能力。然而,由于補(bǔ)料需要額外的基礎(chǔ)設(shè)施,外部分批補(bǔ)料系統(tǒng)固有地更復(fù)雜且操作成本更高。
3.1自動(dòng)化液體處理系統(tǒng)
使用液體處理工作站可以實(shí)現(xiàn)高通量采樣以及向 MTP 或平行 MBR 中添加液體。例如,RoboLector®包括集成的 BioLector®(mp2-Labs,德國(guó))MBR 篩選平臺(tái)。自動(dòng)取樣編程為每 24 小時(shí)一次。補(bǔ)料和取樣均在不中斷搖動(dòng)的情況下實(shí)現(xiàn),從而最大限度地減少對(duì)氧氣傳輸?shù)母蓴_并防止細(xì)胞沉降,從而允許獲得代表性的樣品。Ambr®平臺(tái)通過添加泵送液體管線,可以向每個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)器中連續(xù)添加液體?朔碎g歇補(bǔ)料的局限性,有利于實(shí)施連續(xù)補(bǔ)料方案和更嚴(yán)格的 pH 控制。
3.2 用于分批補(bǔ)料微生物反應(yīng)器系統(tǒng)的微流體和微型閥技術(shù)
與自動(dòng) LHS相關(guān)的一個(gè)關(guān)鍵挑戰(zhàn)是補(bǔ)料的間歇性。近來,微流體技術(shù)已經(jīng)被實(shí)施,其目的在于開發(fā)更精確的工業(yè)過程的按比例縮小模型。微流控生物反應(yīng)器系統(tǒng)涉及對(duì)小體積流體的受控操作。
3.3 外部補(bǔ)料策略總結(jié)
具有自動(dòng)外部補(bǔ)料和嚴(yán)格控制工藝參數(shù)的新型 MBR 技術(shù)的最新進(jìn)展,使得能夠更接近地模擬工業(yè)規(guī)模的生物過程。通過自動(dòng)化,實(shí)驗(yàn)的吞吐量和精確度得到了顯著的提高。機(jī)器人 LHS 已證明了在微尺度下有效高通量分批補(bǔ)料培養(yǎng)的潛力。它們可以與現(xiàn)有硬件相結(jié)合,并易于編程,以實(shí)現(xiàn)廣泛的實(shí)驗(yàn)應(yīng)用。通過安裝液體處理機(jī)器人和分析設(shè)備,對(duì) Bioreactor 培養(yǎng)平臺(tái)進(jìn)行了改造,實(shí)現(xiàn)了全自動(dòng)受控分批補(bǔ)料培養(yǎng),并具有自動(dòng)取樣和在線樣本分析功能。Mühlmann 等人的一項(xiàng)研究也證明了 RoboLector®平臺(tái)的適應(yīng)性,為了實(shí)現(xiàn)自動(dòng)補(bǔ)料培養(yǎng)基制備和細(xì)胞培養(yǎng),安裝了額外的冷卻器、加熱器搖動(dòng)器和真空站。移液操作可以預(yù)先編程以執(zhí)行定義的補(bǔ)料配置文件并以高精度重復(fù)多次。LHS 補(bǔ)料的另一個(gè)限制是它的間歇性。微流體設(shè)備提供連續(xù)的補(bǔ)料供應(yīng),以更接近地代表工業(yè)規(guī)模條件?梢允褂梦⒘黧w裝置分配小體積,使得它們對(duì)單個(gè)細(xì)胞的研究特別有吸引力。由于對(duì)分離細(xì)胞的研究允許將細(xì)胞內(nèi)效應(yīng)與細(xì)胞間或群體效應(yīng)區(qū)分開來,因此這可能有利于菌株的發(fā)育。
04 結(jié)論
曼森平行生物反應(yīng)器分批補(bǔ)料應(yīng)用
曼森采用Watson-malow 400A高精度泵頭,16 路補(bǔ)料,平均每個(gè)罐有四路補(bǔ)料,蠕動(dòng)泵流量可設(shè)定,連續(xù)可調(diào);每個(gè)蠕動(dòng)泵的功能可單獨(dú)分配,可以作為酸泵、堿泵、補(bǔ)料泵、消泡泵、液位控制泵。
信息來源:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0734975021001944?ref=pdf_download&fr=RR-2&rr=747c4db53ee4ddb1
文章來源:本文由中科院上海生命科學(xué)信息中心與曼森生物合作供稿
排版校對(duì):劉娟娟編輯
內(nèi)容審核:郝玉有博士
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