隨著測序技術(shù)的飛速發(fā)展，眾多測序手段現(xiàn)已走進實驗室，成為科學(xué)家的科研利器，第二代DNA測序技術(shù)又稱下一代測序技術(shù)(Next-generation sequencing，NGS)是目前應(yīng)用廣泛的測序手段之一，下面我們通過一些普遍的問題來慢慢了解它。

Q：什么樣本可以做NGS測序分析？
A:NGS實驗不挑樣本，動物、植物、微生物等具有遺傳信息的物種都可以進行NGS測序?qū)嶒灧治�，但是需要老師根�?jù)自己的實驗設(shè)計和需求來選擇測序樣本類型和檢測項目。

Q：我們進行分析時使用的參考基因組是怎么來的？
A:通過Denovo測序(也就是從頭測序)得到數(shù)據(jù)，然后拼接得到基因組序列，再通過不斷的完善和功能注釋，給到我們現(xiàn)在使用。

Q：什么是重測序Resequencing？
A:待測物種如果有發(fā)表過的參考基因組，重新進行測序就不需要拼接，可以直接對測序reads進行短序列比對。簡而言之就是對基因組序列已知的物種個體進行基因組重新測序，本質(zhì)就是找變異。所以我們的重測序項目下機數(shù)據(jù)都是不拼接的。

Q：什么是測序深度，與基因覆蓋度是一回事嗎?
A:測序深度（Sequencing Depth）是指：測序得到的堿基總量（bp）與基因組（轉(zhuǎn)錄組或測序目標(biāo)區(qū)域大�。┑谋戎�，是評價測序量的指標(biāo)之一。例如：人類全基因組大約3G，測序深度30×的話，即獲得3×30=90G的數(shù)據(jù)量；覆蓋度（coverage）是指測序獲得的序列占整個基因組的比例。由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋所有的區(qū)域，這部分未覆蓋的區(qū)域就稱為Gap。

Q：重測序要求測序深度，是越多越好嗎?大約多少×合適？
A:測序深度當(dāng)然是越多越好，但是考慮到芯片大小以及資源浪費的問題，一般推薦10-30×，適用于有參物種，根據(jù)分析需求不同，選擇合適的深度測序(SNP/InDel >10×; SV > 20×; CNV > 30×, 轉(zhuǎn)座子> 20×)，增加測序深度可以提高基因組覆蓋度和變異檢出率。

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