iQue® 高通量流式細(xì)胞儀通過高通量懸浮細(xì)胞篩選填補(bǔ)了這一空白。具備多通道、多參數(shù)的特點,可以快速、輕松地篩選 96、384或 1536 孔板的大型文庫。通過ForeCyt®高通量分析軟件自動生成豐富、海量的數(shù)據(jù)集,快速確定化合物的優(yōu)先級,加快推進(jìn)藥物發(fā)現(xiàn)流程。下面通過5大應(yīng)用,一覽iQue®在小分子藥物研發(fā)中的風(fēng)采吧!
小分子藥物發(fā)現(xiàn)
1 急性髓系白血病治療藥物開發(fā)
盡管60%-70%的急性髓系白血。ˋML)患者在接受標(biāo)準(zhǔn)誘導(dǎo)治療后病情得到緩解,但大多數(shù)患者會在三年內(nèi)復(fù)發(fā),五年的總生存率只有27%。因此,尋找新的AML治療策略是一種亟待滿足的醫(yī)療需求。近期的三項研究中都將iQue®整合到AML潛在治療藥物篩選的工作流程中。
蒙特利爾大學(xué)免疫學(xué)和癌癥研究所(IRIC)的科研人員發(fā)現(xiàn)Mubritinib(一種ERBB2抑制劑)具有很強(qiáng)的在體外和體內(nèi)抗AML的活性,可通過抑制泛醌依賴性電子傳遞鏈(ETC)復(fù)合物I的活性而發(fā)揮作用[1]。赫爾辛基大學(xué)分子醫(yī)學(xué)研究院的科研人員通過iQue®,同時對34個原始AML樣本中不同細(xì)胞群對7種藥物,及27種組合劑量的體外敏感度進(jìn)行了評估(圖1-1)。結(jié)果表明,AML樣本中的不同細(xì)胞群對靶向治療藥物的敏感度存在差異 [2]。
圖1-1. 實驗設(shè)置簡要流程示意圖
隨后,他們使用iQue®建立了一種高通量流式細(xì)胞術(shù),同時監(jiān)測71種抗腫瘤化合物對多個造血細(xì)胞群(表面抗原表達(dá))的劑量反應(yīng)。通過對比健康細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞(來自AML、多發(fā)性骨髓瘤或慢性淋巴細(xì)胞白血病患者)的藥物反應(yīng),發(fā)現(xiàn)健康細(xì)胞反應(yīng)能夠預(yù)測出相應(yīng)惡性細(xì)胞的反應(yīng)(圖1-2)[3]。
圖1-2. iQue®在造血細(xì)胞免疫表型分析中的應(yīng)用及門控策略。使用7-AAD和Annexin-V分別對單核細(xì)胞的死細(xì)胞和凋亡細(xì)胞進(jìn)行排除。根據(jù)其核心表面抗原的表達(dá),檢測11個細(xì)胞亞群(造血干細(xì)胞(HSC/CD34+CD38-),普通祖細(xì)胞(CPC/CD34+CD38+)。
2 小分子化合物庫篩選
FOXP3+ Treg細(xì)胞在控制癌癥免疫反應(yīng)中發(fā)揮著重要的作用,但是作為Treg細(xì)胞的主要調(diào)節(jié)因子,F(xiàn)OXP3在誘導(dǎo)的Treg細(xì)胞中的表達(dá)并不穩(wěn)定,F(xiàn)OXP3的調(diào)控表達(dá)及Treg細(xì)胞功能的分子靶點也尚不明確。而能夠調(diào)節(jié)FOXP3表達(dá)及其下游基因(如CTLA4)的藥物靶點具有穩(wěn)定Treg表型及功能的潛力。來自阿斯利康IMED生物技術(shù)部門的研究人員使用iQue®開發(fā)了一種自動化384孔板的高通量流式細(xì)胞術(shù)表型實驗,可用于測定人類Treg細(xì)胞中FOXP3和CTLA4的蛋白表達(dá)[4](圖2)。
圖2. 使用iQue®進(jìn)行人類Treg細(xì)胞擴(kuò)增、表征和表型篩選。(A)擴(kuò)增的Treg細(xì)胞表達(dá)高水平的FOXP3和CTLA4;(B) 擴(kuò)增的Treg細(xì)胞缺乏IL-2的產(chǎn)生;(C, D) 導(dǎo)致FOXP3 MFI增加或減少(C)和導(dǎo)致CTLA4 MFI增加(D)的代表性化合物的柱狀圖;(E)人類Treg細(xì)胞表型篩選簡要實驗流程,包括Treg細(xì)胞的分離、擴(kuò)增、小分子化合物處理以及細(xì)胞活力、FOXP3和CTLA4表達(dá)。
3 蛋白激酶抑制劑化合物庫篩選
北卡羅來納大學(xué)藥理學(xué)院的研究人員使用iQue®篩選出了一個包含800多種蛋白激酶抑制劑的化合物庫,并確定了可在KRAS突變型胰腺導(dǎo)管腺癌(PDAC)細(xì)胞系中促進(jìn)MYC癌蛋白穩(wěn)定或降解的化合物[5](圖3)。由于KRAS信號使MYC變得穩(wěn)定,進(jìn)而促進(jìn)PDAC的生長,因此深入了解這種穩(wěn)定性的調(diào)節(jié)方式將有助于開發(fā)出治療極具挑戰(zhàn)性癌癥的療法。
圖3. MYC降解篩選優(yōu)化。(A)GPS-MYC篩選示意圖。(B)GPS-MYC細(xì)胞用vehicle(DMSO)單一處理,或用MG132或CHX處理6小時,并在iQue®上進(jìn)行分析。數(shù)據(jù)來自于每個對照組的前兩孔和后兩孔,分別代表實驗開始(0分鐘)和結(jié)束(45分鐘)。(C) GPS-MYC篩查是一式兩份的。數(shù)據(jù)與對照組DMSO(藍(lán)色圓圈,0%穩(wěn)定)和MG132(綠色圓圈,100%穩(wěn)定)進(jìn)行歸一化處理,并以兩個重復(fù)的30%平均穩(wěn)定率為界確定命中率。代表命中的圓圈以紫色顯示。圓圈的大小與每孔的事件數(shù)成正比。評估出的穩(wěn)定化化合物在圖中標(biāo)出。(D) 與(C)相同,除了對照組為DMSO(藍(lán)色圓圈,0%失穩(wěn))和CHX(紅色圓圈,100%失穩(wěn))。評估出的不穩(wěn)定化合物被標(biāo)出。
4 揭示小分子BH3模擬物抗癌機(jī)制
抑制癌細(xì)胞的抗凋亡機(jī)制也是一種極具前景的治療方法。小分子BH3模擬物能夠模擬BH3蛋白,抑制抗凋亡蛋白促細(xì)胞生存的功能,從而誘導(dǎo)癌細(xì)胞凋亡。要成為真正的BH3模擬物,就必須滿足2個標(biāo)準(zhǔn):
需要直接在已知抗凋亡依賴性細(xì)胞的線粒體上發(fā)揮作用;
直接且選擇性抑制具有高親和力的抗凋亡蛋白。
來自美國丹娜法伯腫瘤醫(yī)院的科研人員開發(fā)了一套能夠綜合分析BH3模擬候選物,并進(jìn)行高通量活性測試的方法。iQue®在此方法主要用于進(jìn)行活性測試[6]。
5 確定去鐵酮(DFP)的抗增殖機(jī)制
近期,佐治亞理工學(xué)院的一項研究中使用iQue®確定去鐵酮(DFP)的抗增殖機(jī)制[7]。DFP是2011年由FDA批準(zhǔn)在美國上市的一種可口服的鐵螯合劑,與鐵具有良好的親和力,可有效地控制體內(nèi)鐵負(fù)荷。研究人員發(fā)現(xiàn),DFP的抗增殖活性主要來自其對鐵依賴組蛋白賴氨酸脫甲基酶(KDM)亞群的抑制。他們還發(fā)現(xiàn)了基于DFP的新型KDM抑制劑,該抑制劑對癌細(xì)胞系的細(xì)胞毒性更強(qiáng)。在小鼠異種移植模型中,僅一種先導(dǎo)化合物就能有效抑制乳腺腫瘤的生長。在該研究中,所有基于流式細(xì)胞術(shù)的測試均由iQue®完成。
為什么iQue®在小分子藥物開發(fā)中被廣泛認(rèn)可?
Baccelli I, Gareau Y, Lehnertz B, et al. Mubritinib as a strong in vitro and in vivo anti-leukemic compound, acting through ubiquinone-dependent inhibition of electron transport chain complex I (ETC1). http://dx.doi. org/10.1101/513887
Kuusanmäki H, Leppä A-M, Pölönen P, et al. Phenotypebased drug screening reveals association between venetoclax response and differentiation stage in acute myeloid leukemia. Haematologica. 2020:105(3):708-720. doi: 10.3324/haematol.2018.214882.
ntasir MM, Leppä A-M, Hellesoy M, et al. Multiparametric single cell evaluation defines distinct drug responses in healthy hematological cells that are retained in corresponding malignant cell types. Haematologica. 2020;105(6):1527-1538. doi:10.3324/haematol.2019.217414.
Ding M, Brengdahl J, Lindqvist M, et al. A Phenotypic Screening Approach Using Human Treg Cells Identified Regulators of Forkhead Box p3 Expression. ACS Chem Biol. 2019;14(3):543-553. doi: 10.1021/acschembio.9b00075. Epub 2019 Mar 4. PMID: 30807094
Blake, DR, Vaseva AV, Hodge RG, et al. Application of a MYC degradation screen identifies sensitivity to CDK9 inhibitors in KRAS-mutant pancreatic cancer. Sci Signal. 2019;12(590):eaav7259. Doi: 10.1126/scisignal.aav7259.
Villalobos-Ortiz M, Ryan J, Mashaka TN, et al. BH3 profiling discriminates on-target small molecule BH3 mimetics from putative mimetics. Cell Death Differ. 2020;27(3):999-1007. doi:10.1038/s41418-019-0391-9.
Khodaverdian V, Tapadar S, MacDonald IA, et al. Deferiprone: pan-selective histone lysine demethylase inhibition activity and structure activity relationship study. Sci Rep. 2019;9(1):4802. doi:10.1038/s41598-019-39214-1.