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                                                              English | 中文版 | 手機(jī)版 企業(yè)登錄 | 個(gè)人登錄 | 郵件訂閱
                                                              當(dāng)前位置 > 首頁(yè) > 技術(shù)文章 > 排查MiSeq的Best Focus和No Usable Signal及其它第一個(gè)循環(huán)報(bào)錯(cuò)原因

                                                              排查MiSeq的Best Focus和No Usable Signal及其它第一個(gè)循環(huán)報(bào)錯(cuò)原因

                                                              瀏覽次數(shù):1836 發(fā)布日期:2022-3-16  來(lái)源:Illumina因美納公眾號(hào)
                                                              如何排查MiSeq™平臺(tái)上的Best Focus和No Usable Signal
                                                              以及其它第一個(gè)循環(huán)報(bào)錯(cuò)的原因?

                                                               

                                                              MiSeq™平臺(tái)在第一個(gè)循環(huán)拍照時(shí)發(fā)生報(bào)錯(cuò)通常表明簇信號(hào)強(qiáng)度不夠,儀器不能找到最佳的聚焦平面。

                                                              可能的報(bào)錯(cuò)信息包括:

                                                              · Best focus not found
                                                              · Best focus is too near the edge of range
                                                              · No usable signal found, it is possible clustering has failed
                                                              · Through-focus peak did not exceed SNR threshold
                                                              · Z Motor attempt to move outside soft limits

                                                              可能的儀器原因包括:
                                                              ·
                                                              參與簇生成和第一個(gè)堿基化學(xué)反應(yīng)試劑的液流問(wèn)題
                                                              · 流動(dòng)槽溫控問(wèn)題
                                                              · 光學(xué)系統(tǒng)問(wèn)題(這種情況非常少)

                                                              可能的文庫(kù)和試劑原因包括:
                                                              · 使用了過(guò)期或者儲(chǔ)存條件不當(dāng)?shù)脑噭?br /> · 文庫(kù)設(shè)計(jì)或者文庫(kù)質(zhì)量/定量問(wèn)題
                                                              · 由于文庫(kù)設(shè)計(jì)問(wèn)題導(dǎo)致Read1引物雜交不好
                                                              · 使用了不合適的引物
                                                              · 簇密度過(guò)高或者過(guò)低

                                                              如果已明確是引物問(wèn)題,而且機(jī)器可以聯(lián)網(wǎng),請(qǐng)直接和Techsupport聯(lián)系或通過(guò)因美納服務(wù)與支持公眾號(hào)提交需求進(jìn)行問(wèn)題排查。


                                                              排查第一個(gè)循環(huán)報(bào)錯(cuò)原因
                                                              首先可以按照MiSeq™ System Guide對(duì)儀器進(jìn)行系統(tǒng)檢查,確保儀器的流路、溫度以及機(jī)械移動(dòng)系統(tǒng)正常運(yùn)行:

                                                              1. 對(duì)儀器進(jìn)行Post Run Wash(測(cè)序后清洗)
                                                              2. 按照使用手冊(cè),重啟機(jī)器
                                                              3. 去Manage Instrument(管理儀器)界面,點(diǎn)擊System Check(系統(tǒng)檢查)
                                                              4. 選擇所有的機(jī)械移動(dòng)系統(tǒng)測(cè)試,潤(rùn)洗試劑流路,溫度梯度以及流路測(cè)試

                                                              當(dāng)系統(tǒng)檢查完成,點(diǎn)擊屏幕左下方的Show Details(展開(kāi)細(xì)節(jié))按鈕,得到檢查結(jié)果的完整信息。如果是PR2以外的任何流路測(cè)試或者其它測(cè)試失敗,請(qǐng)發(fā)郵件到[email protected]或通過(guò)因美納服務(wù)與支持公眾號(hào)獲得更多技術(shù)支持。
                                                               



                                                              如果系統(tǒng)檢查未顯示測(cè)試失敗,則要考慮報(bào)錯(cuò)可能是由文庫(kù)或者試劑問(wèn)題導(dǎo)致的。

                                                              我們需要分析以下常見(jiàn)問(wèn)題:
                                                              · 檢查試劑盒的有效日期以及正確儲(chǔ)存條件
                                                              · 確保文庫(kù)設(shè)計(jì)適合在Illumina平臺(tái)測(cè)序
                                                              · 利用Illumina推薦的方法,檢查文庫(kù)質(zhì)量和濃度
                                                              · 確保自定義引物適合MiSeq™平臺(tái)65℃的退火溫度
                                                              · 確保自定義引物加入到試劑盒正確的孔中(如果加入到已有引物的試劑孔中,sample sheet不需要修改,如果加入到自定義引物的試劑孔中,則Sample Sheet需要選擇自定義引物)


                                                              如果文庫(kù)或試劑沒(méi)有明顯問(wèn)題,在文庫(kù)中摻入20% PhiX重新測(cè)序。PhiX可以作為下一次測(cè)序簇生成的陽(yáng)性對(duì)照,進(jìn)而判斷之前的錯(cuò)誤是否是由文庫(kù)問(wèn)題導(dǎo)致的。

                                                              如果下一次測(cè)序第一個(gè)循環(huán)仍舊發(fā)生No Usable Signal和Best Focus報(bào)錯(cuò),可以發(fā)郵件到Illumina技術(shù)支持郵箱[email protected]或通過(guò)因美納服務(wù)與支持公眾號(hào)獲得更多技術(shù)支持。
                                                               

                                                              MiSeq™測(cè)序前如何解凍試劑


                                                              MiSeq™測(cè)序前如何清洗Flow Cell

                                                              MiSeq™相關(guān)技術(shù)文檔
                                                              僅供研究使用,不得用于診斷

                                                              來(lái)源:因美納(中國(guó))科學(xué)器材有限公司(Illumina)
                                                              聯(lián)系電話:021-60321066 (按1)
                                                              E-mail:[email protected]

                                                              標(biāo)簽: MiSeq 報(bào)錯(cuò) 使用
                                                              用戶名: 密碼: 匿名 快速注冊(cè) 忘記密碼
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