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新冠研究前沿:在iPS中利用CRISPRi系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)病毒感染新機(jī)制(NEPA21)

瀏覽次數(shù):1508 發(fā)布日期:2022-3-8  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)是一種嚴(yán)重的急性呼吸道傳染性疾病,其由急性呼吸綜合征冠狀病毒SARS-CoV-2感染所致。自COVID-19新冠肺炎疫情爆發(fā)至今,已兩年有余。除了疫苗接種,目前醫(yī)學(xué)界還沒有針對(duì)治療新冠的特效藥問世。而關(guān)于其感染機(jī)制的研究,對(duì)于新冠藥物的研發(fā)至關(guān)重要。
 

據(jù)報(bào)導(dǎo),SARS-CoV-2的感染需要許多受體和蛋白酶。在感染期間,SARS-CoV-2刺突(S)蛋白與細(xì)胞表面表達(dá)的血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2(ACE2)結(jié)合,并被跨膜蛋白酶絲氨酸2(TMPRSS2)等蛋白酶切割,導(dǎo)致S蛋白分裂為S1和S2結(jié)構(gòu)域。SARS-CoV-2通過S2結(jié)構(gòu)域融合和侵入細(xì)胞。因此,SARS-CoV-2感染被認(rèn)為是依賴于宿主細(xì)胞中ACE2和TMPRSS2的表達(dá)。然而,除了ACE2和TMPRSS2之外的其他蛋白分子也在SARS-CoV-2感染中起著重要作用。
 

近期,有研究學(xué)者通過通過CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)表達(dá)ACE2的人類誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(iPS)檢測(cè)了神經(jīng)纖毛蛋白-1(NRP1)、堿性蛋白BSG、跨膜絲氨酸蛋白酶(TMPRSS)和組織蛋白酶(CTS)在SARS-CoV-2感染中的作用。該研究發(fā)現(xiàn)雙重敲降TMPRSS2和組織蛋白酶B(CTSB)可將病毒載量降低至0.036%±0.021%。CTPB抑制劑CA-074甲酯和TMPRSS2抑制劑Camostat的組合更將病毒載量降低至0.0078%±0.0057%。這些研究結(jié)果都在四種SARS-CoV-2的變異株(β.1.3、β.1.1.7、β.1.351和β.1.1.248)中得到證實(shí)。同時(shí)使用這兩種藥物都可將人類男性和女性iPS中的病毒載量降低到0.01%以下。這些發(fā)現(xiàn)表明,對(duì)于TMPRSS2和CTSB的靶向化合物表現(xiàn)出高效的抗病毒效果,這可以為COVID-19的治療藥物研發(fā)提供一種思路。
 

為了闡明除ACE2以外的受體和蛋白酶在SARS-CoV-2感染中的功能,該研究通過使用過表達(dá)ACE2的iPS(ACE2 iPS)和CRISPRi系統(tǒng)抑制了BSG、CTSB和TMPRSS2基因的表達(dá)水平,并設(shè)計(jì)了針對(duì)這些基因的sgRNA。用表達(dá)sgRNAs、mKate2和抗病毒基因的質(zhì)粒電轉(zhuǎn)染iPS,如下圖所示。

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在比較通過dCas9蛋白表達(dá)抑制ACE2的iPS中目標(biāo)基因的表達(dá)水平后,對(duì)細(xì)胞進(jìn)行SARS-CoV-2感染,如下圖所示。
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結(jié)果發(fā)現(xiàn)CTSL、CTSB和TMPRSS2的抑制使得ACE2 iPS中的病毒RNA拷貝數(shù)分別降低至11.7%±3.77%、0.84%±0.062%和20.6%±10.4%。TMRPSS2的抑制始終減少了刺突(S)蛋白的ACE2 iPS的數(shù)量。這些結(jié)果表明,CTSB、CTSL和TMPRSS2參與了ACE2 iPS的SARS-CoV-2感染。
 

基于上述發(fā)現(xiàn),該研究團(tuán)隊(duì)接下來探究了CTSB、CTSL和TMPRSS2抑制劑是否能抑制ACE2 iPS中的SARS-CoV-2感染。用SARS-CoV-2感染表達(dá)ACE2的iPS后,細(xì)胞在CA-074甲酯(CA-074 Me,CTSB抑制劑)、Z-Phe-Tyr(tBu)-重氮乙基酮(CTSL抑制劑)、卡莫司他(TMPRSS2抑制劑)或納法莫司他(TMPRSS2抑制劑)的存在下培養(yǎng),如下圖所示。

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結(jié)果發(fā)現(xiàn)在表達(dá)ACE2的WTB CRISPRi Gen1細(xì)胞中,經(jīng)CA-074 Me處理后,病毒RNA的拷貝數(shù)減少至0.62%±0.25%。在表達(dá)ACE2的1383D6細(xì)胞中,通過Camostat和Nafamostat處理,病毒RNA拷貝數(shù)分別減少至0.48%±0.023%和0.23%±0.14%。在這四種化合物中,Nafamostat對(duì)ACE2 iPS具有細(xì)胞毒性。這些結(jié)果表明,CA-074 Me或Camostat治療可降低ACE2 iPS中SARS-CoV-2的感染效率。

 

最后,該研究團(tuán)隊(duì)檢測(cè)了TMRPSS2和CTSB的雙重敲降機(jī)制對(duì)于ACE2 iPS的SARS-CoV-2感染的影響作用。結(jié)果發(fā)現(xiàn),感染的CTSB和TMPRSS2雙基因敲降細(xì)胞中的病毒RNA拷貝數(shù)低于感染的單基因敲降細(xì)胞中的病毒RNA拷貝數(shù),如下圖所示。

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CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)可以使用轉(zhuǎn)錄阻遏物結(jié)構(gòu)域(KRAB)和短引導(dǎo)RNA(sgRNA)融合的降解蛋白Cas9(dCas9)選擇性地抑制靶基因的表達(dá)。CRISPRi和iPS的組合可以將靶基因的表達(dá)抑制到1%或更低。此外,在由iPS誘導(dǎo)的體細(xì)胞中,該表達(dá)也保持低水平。到目前為止,利用iPS衍生的體細(xì)胞進(jìn)行的SARS-CoV-2研究已得到廣泛開展。
 

值得一提的是,為了進(jìn)行CRISPRi實(shí)驗(yàn),該研究團(tuán)隊(duì)使用來自NEPA GENE的NEPA21高效基因轉(zhuǎn)染系統(tǒng),并最終獲得了成功理想的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。


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NEPA21高效基因轉(zhuǎn)染系統(tǒng)采用獨(dú)特設(shè)計(jì)的電轉(zhuǎn)程序,可應(yīng)用細(xì)胞、離體組織或動(dòng)物活體的轉(zhuǎn)染。配合獨(dú)有的電壓衰減(Voltage/Decay)設(shè)計(jì),可在獲得高轉(zhuǎn)染效率的同時(shí),提高細(xì)胞存活率。專門針對(duì)難轉(zhuǎn)染的原代免疫細(xì)胞、干細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、活體動(dòng)物、受精卵及宮內(nèi)胚胎等轉(zhuǎn)染。目前已有眾多應(yīng)用文獻(xiàn)發(fā)表在高水平學(xué)術(shù)期刊,是基因編輯、細(xì)胞免疫等前沿生物研究中的首選品牌!
 

特點(diǎn):
1、采用全新設(shè)計(jì)的電轉(zhuǎn)程序,電壓衰減(Voltage Decay)模式;基因?qū)?反向?qū)肽J剑?br /> 2、不需要特殊轉(zhuǎn)染試劑輔助,節(jié)省實(shí)驗(yàn)成本;
3、電轉(zhuǎn)程序中的各項(xiàng)參數(shù)實(shí)時(shí)可見、可調(diào),特別適用于優(yōu)化原代細(xì)胞、非常見細(xì)胞的電轉(zhuǎn)參數(shù)。
 

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參考文獻(xiàn)

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