ChipCytometry在深度挖掘FFPE石蠟組織切片空間蛋白組學信息的應用
組織微環(huán)境的深度剖析對于理解疾病生物學機制及進展至關重要。在前面一期分享中，ChipCytometry技術的生物標志物空間剖析與數據分析能力完美結合讓大家印象深刻（Chipcytometry：讓生物標志物分析更精準），其具有的高分辨率、高動態(tài)范圍成像實現了真正的單細胞分辨率，可對原生微環(huán)境中細胞可視化和量化，幫助研究者收集到一系列高表達和低表達蛋白的準確數據。
ChipCytometry技術在初期只能對細胞懸液、稀有細胞和冷凍組織切片進行空間蛋白組分析，經過Canopy公司科學家的深入開發(fā)，目前，ChipCytometry技術也支持福爾馬林固定石蠟包埋處理的樣本（FFPE）
ChipCytometry結合了組織學技術的優(yōu)點和FFPE樣品高通量測序技術，打破了FFPE空間表達分析的固有壁壘，在人或小鼠的FFPE樣品中，可以在高分辨率水平對整個組織切片表達進行分析，進一步發(fā)掘組織切片深層次的空間生物學信息，為臨床提供有價值的蛋白組學信息。
FFPE 解決方案工作流程
ZellSafeTM 芯片設計獨特，FFPE組織樣本切片首先被固定到蓋玻片上，然后再涂在芯片背面的粘合劑上，固定好的樣本使用熒光標記的抗體進行迭代染色和成像。序列圖像經過數字層層疊加，幾乎可以分析無限重的蛋白生物標志物。
整個工作流程操作簡單，除了樣品固定外，染色、成像和分析等步驟全部自動進行。此外，存儲在芯片上的FFPE樣品，也可在不同時間點對其進行不同蛋白生物標志物的多重檢測分析。
FFPE 空間分析展示案例
ChipCytometry將迭代免疫熒光染色與高動態(tài)范圍成像相結合，可以在同一樣本上進行數十種乃至上百種生物標志物的定量分型。這里我們展示兩個FFPE樣本深度蛋白組空間分析案例。
案例一：探索免疫細胞組成及其空間分布
組織細胞的蛋白表達譜
通過對上皮細胞、T細胞、B細胞、巨噬細胞、NK細胞、單核細胞和樹突狀細胞的靶細胞等16種細胞及其亞型進行可視化及定量分型，詳細了解組織樣本的免疫細胞組成和它們的空間分布。 
類流式量化數據
專有的軟件可以對細胞類型進行聚類分析，將圖像數據轉換成定量的流式點圖，并分別對樣本中的每個細胞進行表型分析，深入分析組織微環(huán)境。在此案例中可以看到，軟件對FFPE切片樣本中每個細胞進行了單獨分割，并對每個細胞的每個標志物的表達值進行了量化。
案例二：分析樣本細胞微環(huán)境組成
這是一個來自非小細胞肺癌患者的臨床FFPE樣本（點擊鏈接查看詳細數據）的high-plex數據，ChipCytometry可以確定組織微環(huán)境的主要成分，如腫瘤區(qū)域和各種免疫細胞（CD45+）亞群。
免疫區(qū)域
從圖中可以看到，免疫細胞（CD45+）存在于整個組織中。此FFPE樣本中的T細胞特別豐富，在分析過程中，這些T細胞被進一步分類為各種亞群，包括調節(jié)性T細胞（CD3+/CD4+/FoxP3）、輔助性T細胞（CD3+/CD4+）和細胞毒性T細胞（CD3+/CD8+）。
免疫浸潤
在腫瘤區(qū)域（EpCAM+）內發(fā)現了髓樣細胞（CD45+/CD14+），這些腫瘤浸潤性免疫細胞的組成可以作為預測某些患者群體對治療的反應和生存率的生物標志物。
表達PD-L1的腫瘤細胞
我們還在此樣本上觀察到PD-L1在許多腫瘤細胞（EpCAM+）上的共表達。PD-L1免疫檢查點蛋白是一種在免疫治療中十分重要的蛋白，在包括某些肺癌在內的多種腫瘤細胞上表達，它可以與免疫細胞上的PD-1受體相結合，能夠抑制免疫反應。因此PD-L1在免疫療法中具有非常重要的意義。
增值性免疫細胞
我們觀察了增殖性免疫細胞（CD45+/Ki-67+）并分析了其他增殖性T細胞亞群，如輔助性T細胞、細胞毒性T細胞和調節(jié)性T細胞。在此樣本中可以看到，以確保對感染作出有效反應，免疫細胞增殖受到嚴格控制。
從這兩個案例可以看到，ChipCytometry平臺在單細胞空間蛋白組學分析和細胞量化的研究中展現的強大能力，其結合了可靠的多組學分析算法和組織圖像分析能力，可以在較大面積樣本分析的過程中進行深度發(fā)掘組織的細胞微環(huán)境。這讓我們堅信它可以作為研究者在探索疾病的發(fā)生機理和分析臨床相關樣本的可靠工具。
ChipCytometry 技術亮點
一、真正的單細胞定量
單細胞的分辨率支持對FFPE樣本中每個細胞中每個標志物的表達進行定量
二、精確的空間蛋白分析
獨有的ZellSafe™ 芯片技術和強大的分析軟件，可以快速分析FFPE樣本的細胞類型并精確定量
三、FFPE樣品可長期存儲
特殊的芯片式樣本保存方式，可將樣品完好地保存，2 年后檢測，其蛋白標志物的保存率仍可在95%以上。保存期間可在不同時間、不同地點針對相同樣品進行不同生物標志物的分析
ChipCytometry微環(huán)境多靶標蛋白分析技術平臺結合了基于病理學家對組織樣本進行注釋的優(yōu)勢，以及對FFPE組織樣本的高通量分析和探索能力，可以幫助研究者闡明細胞表型、組織位置和相互作用，深度發(fā)掘組織的空間與表型參數，最終轉化為有針對性的治療干預。如果您想對ChipCytometry技術有進一步了解，可以通過文章底部的聯(lián)系方式和我們交流。
ChipCytometry技術在初期只能對細胞懸液、稀有細胞和冷凍組織切片進行空間蛋白組分析，經過Canopy公司科學家的深入開發(fā)，目前，ChipCytometry技術也支持福爾馬林固定石蠟包埋處理的樣本（FFPE）
ChipCytometry結合了組織學技術的優(yōu)點和FFPE樣品高通量測序技術，打破了FFPE空間表達分析的固有壁壘，在人或小鼠的FFPE樣品中，可以在高分辨率水平對整個組織切片表達進行分析，進一步發(fā)掘組織切片深層次的空間生物學信息，為臨床提供有價值的蛋白組學信息。
FFPE 解決方案工作流程
ZellSafeTM 芯片設計獨特，FFPE組織樣本切片首先被固定到蓋玻片上，然后再涂在芯片背面的粘合劑上，固定好的樣本使用熒光標記的抗體進行迭代染色和成像。序列圖像經過數字層層疊加，幾乎可以分析無限重的蛋白生物標志物。
整個工作流程操作簡單，除了樣品固定外，染色、成像和分析等步驟全部自動進行。此外，存儲在芯片上的FFPE樣品，也可在不同時間點對其進行不同蛋白生物標志物的多重檢測分析。
FFPE 空間分析展示案例
ChipCytometry將迭代免疫熒光染色與高動態(tài)范圍成像相結合，可以在同一樣本上進行數十種乃至上百種生物標志物的定量分型。這里我們展示兩個FFPE樣本深度蛋白組空間分析案例。
案例一：探索免疫細胞組成及其空間分布
通過對上皮細胞、T細胞、B細胞、巨噬細胞、NK細胞、單核細胞和樹突狀細胞的靶細胞等16種細胞及其亞型進行可視化及定量分型，詳細了解組織樣本的免疫細胞組成和它們的空間分布。
專有的軟件可以對細胞類型進行聚類分析，將圖像數據轉換成定量的流式點圖，并分別對樣本中的每個細胞進行表型分析，深入分析組織微環(huán)境。在此案例中可以看到，軟件對FFPE切片樣本中每個細胞進行了單獨分割，并對每個細胞的每個標志物的表達值進行了量化。
案例二：分析樣本細胞微環(huán)境組成
這是一個來自非小細胞肺癌患者的臨床FFPE樣本（點擊鏈接查看詳細數據）的high-plex數據，ChipCytometry可以確定組織微環(huán)境的主要成分，如腫瘤區(qū)域和各種免疫細胞（CD45+）亞群。
非小細胞肺癌樣本使用上皮細胞粘附分子（EpCAM）染色。
從圖中可以看到，免疫細胞（CD45+）存在于整個組織中。此FFPE樣本中的T細胞特別豐富，在分析過程中，這些T細胞被進一步分類為各種亞群，包括調節(jié)性T細胞（CD3+/CD4+/FoxP3）、輔助性T細胞（CD3+/CD4+）和細胞毒性T細胞（CD3+/CD8+）。
在腫瘤區(qū)域（EpCAM+）內發(fā)現了髓樣細胞（CD45+/CD14+），這些腫瘤浸潤性免疫細胞的組成可以作為預測某些患者群體對治療的反應和生存率的生物標志物。
我們還在此樣本上觀察到PD-L1在許多腫瘤細胞（EpCAM+）上的共表達。PD-L1免疫檢查點蛋白是一種在免疫治療中十分重要的蛋白，在包括某些肺癌在內的多種腫瘤細胞上表達，它可以與免疫細胞上的PD-1受體相結合，能夠抑制免疫反應。因此PD-L1在免疫療法中具有非常重要的意義。
我們觀察了增殖性免疫細胞（CD45+/Ki-67+）并分析了其他增殖性T細胞亞群，如輔助性T細胞、細胞毒性T細胞和調節(jié)性T細胞。在此樣本中可以看到，以確保對感染作出有效反應，免疫細胞增殖受到嚴格控制。
從這兩個案例可以看到，ChipCytometry平臺在單細胞空間蛋白組學分析和細胞量化的研究中展現的強大能力，其結合了可靠的多組學分析算法和組織圖像分析能力，可以在較大面積樣本分析的過程中進行深度發(fā)掘組織的細胞微環(huán)境。這讓我們堅信它可以作為研究者在探索疾病的發(fā)生機理和分析臨床相關樣本的可靠工具。
ChipCytometry 技術亮點
一、真正的單細胞定量
單細胞的分辨率支持對FFPE樣本中每個細胞中每個標志物的表達進行定量
二、精確的空間蛋白分析
獨有的ZellSafe™ 芯片技術和強大的分析軟件，可以快速分析FFPE樣本的細胞類型并精確定量
三、FFPE樣品可長期存儲
特殊的芯片式樣本保存方式，可將樣品完好地保存，2 年后檢測，其蛋白標志物的保存率仍可在95%以上。保存期間可在不同時間、不同地點針對相同樣品進行不同生物標志物的分析
ChipCytometry微環(huán)境多靶標蛋白分析技術平臺結合了基于病理學家對組織樣本進行注釋的優(yōu)勢，以及對FFPE組織樣本的高通量分析和探索能力，可以幫助研究者闡明細胞表型、組織位置和相互作用，深度發(fā)掘組織的空間與表型參數，最終轉化為有針對性的治療干預。如果您想對ChipCytometry技術有進一步了解，可以通過文章底部的聯(lián)系方式和我們交流。
