虛擬篩選、高通量實驗篩選化合物庫
(含12,300種化合物)
靶向犬尿氨酸代謝途徑關(guān)鍵酶的新型化合物庫
KynureninePathway (犬尿氨酸途徑, KP)是色氨酸代謝的主要途徑，參與多個病理、生理過程。研究發(fā)現(xiàn)阿爾茨海默病、帕金森氏癥等多種神經(jīng)退行性疾病中的 KP 代謝產(chǎn)物水平有明顯變化。KP 作為防治神經(jīng)退行性疾病的治療靶點已引起人們的廣泛關(guān)注。Kynurenine Pathway Library 是通過分子對接、藥效團模型匹配等精心挑選的化合物庫，庫中化合物靶向犬尿氨酸代謝關(guān)鍵酶：indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase (TDO)、3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase(3-HAO)等。
Fig 1. IDO1 活性位點示意圖：左上為 2D0T (PDB ID)，左下為 4PK5 (PDB ID)，
右圖為用于分子對接的 Pocket-A、Pocket-B。(含8,960種化合物)
蛋白基序模擬物庫
針對蛋白質(zhì)相互作用 (PPI)的藥物設(shè)計為疾病治療提供了廣泛的平臺和新的思路，是近年來藥物發(fā)現(xiàn)研究的熱點和重點。PPI 小分子抑制劑設(shè)計的關(guān)鍵點在于使小分子具有底物蛋白相互作用的特征，如模擬蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)：α-螺旋、β-折疊和 β-轉(zhuǎn)角。研究發(fā)現(xiàn)大多數(shù) PPI 作用都由被稱為 ”hot spot” 的熱點殘基形成。以熱點殘基為起點來進行配體發(fā)現(xiàn)是 PPI 抑制劑設(shè)計中最為常用和有效的方法。通過分析熱點殘基、使用 ”three residue”等方法，Protein Mimetics Library 精選了可模仿常見蛋白基序的化合物。
(含9,070種化合物)
可能結(jié)合 RNA 的化合物庫
作為生命體“中心法則”的樞紐，RNA 不僅是基因表達的調(diào)控因子，而且具有調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)合成的能力。RNA 的調(diào)節(jié)異常會引發(fā)各種不同的人類疾病。以 RNA 為靶點進行藥物設(shè)計越來越引起人們的關(guān)注，在腫瘤治療和病毒控制等疾病中顯示出了誘人的應(yīng)用前景。RNA Library 通過藥效團匹配、結(jié)構(gòu)相似性搜索等方法精選了與能 RNA 二級結(jié)構(gòu)產(chǎn)生相互作用的化合物。
Fig 3. RNA Library 中化合物舉例
(含3,454種化合物)
靶向微管蛋白的化合物庫
微管 (tubulin)是真核細胞中普遍存在且獨有的管狀細胞器結(jié)構(gòu)，是細胞骨架的重要組成部分，在有絲分裂過程中起重要作用。抗微管類藥物是一類以細胞微管蛋白為作用靶點的藥物，通過抑制細胞的有絲分裂過程而產(chǎn)生抗腫瘤活性。Tubulin Librarys 是通過分子對接、2D 相似性和拓撲類似物搜索、使用分子和結(jié)構(gòu)過濾器等精選的 3,454 種靶向微管蛋白的化合物庫。
以上化合物庫可以整庫用于高通量實驗篩選；也可以在 MCE 虛擬篩選后，選擇部分高分化合物組庫進行實驗驗證。
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