空間轉錄組測序助力臨床空間分子組學研究
單細胞檢測技術的發(fā)展為理解組織中細胞的組成與功能提供了手段。但是，現(xiàn)有的方法雖能檢測到細胞類型，卻無法真實還原在組織中的空間位置。最新的空間轉錄組學技術將傳統(tǒng)組織學技術的優(yōu)勢與高通量RNA測序技術融合，為檢測組織中的細胞空間分布與基因表達提供強有力的檢測手段。
10X Genomics Visium空間轉錄組測序解決方案可檢測完整組織切片（新鮮冷凍組織或FFPE組織）中的總mRNA，并繪制基因表達的區(qū)域圖譜。目前，國內科學家采用該技術已發(fā)表了預印本文章，小編將這些文章整理并解讀，在這里分享出來。
Comprehensive Analysis of Spatial Architecture in Primary Liver Cancer.
中文題目：原發(fā)性肝癌的空間結構綜合分析
10X Genomics Visium空間轉錄組測序解決方案可檢測完整組織切片（新鮮冷凍組織或FFPE組織）中的總mRNA，并繪制基因表達的區(qū)域圖譜。目前，國內科學家采用該技術已發(fā)表了預印本文章，小編將這些文章整理并解讀，在這里分享出來。
Comprehensive Analysis of Spatial Architecture in Primary Liver Cancer.
中文題目：原發(fā)性肝癌的空間結構綜合分析
發(fā)表時間：2021.5
期刊名稱：BioRxiv
實驗平臺：10X Genomics Visium
樣本類型和數(shù)量：7例患者[5例肝細胞癌（HCC）；1例肝細胞癌+膽管癌（cHC）；1例肝內膽管癌（ICC）]的21個組織切片（4例HCC和1例cHC：1個非腫瘤區(qū)域+1個腫瘤前沿區(qū)域+1個腫瘤區(qū)域，其中1例HCC額外多做了1個門靜脈癌栓區(qū)域；第5例HCC：直徑約1 cm的完整腫瘤結節(jié)分成四個切片檢測分析；1例ICC：1個腫瘤前沿區(qū)域）
DOI：10.1101/2021.05.24.445446
期刊名稱：BioRxiv
實驗平臺：10X Genomics Visium
樣本類型和數(shù)量：7例患者[5例肝細胞癌（HCC）；1例肝細胞癌+膽管癌（cHC）；1例肝內膽管癌（ICC）]的21個組織切片（4例HCC和1例cHC：1個非腫瘤區(qū)域+1個腫瘤前沿區(qū)域+1個腫瘤區(qū)域，其中1例HCC額外多做了1個門靜脈癌栓區(qū)域；第5例HCC：直徑約1 cm的完整腫瘤結節(jié)分成四個切片檢測分析；1例ICC：1個腫瘤前沿區(qū)域）
DOI：10.1101/2021.05.24.445446
主要結果：
研究者首先構建了原發(fā)性肝癌的高分辨率空間轉錄組，該轉錄組包含來自7名患者的21個組織中的84823個點的基因表達信息。從非腫瘤到前沿到腫瘤區(qū)域的空間腫瘤微環(huán)境(TME)特征比較揭示腫瘤包膜潛在地影響腫瘤內空間簇的連續(xù)性、轉錄組多樣性和免疫細胞浸潤。在局部，研究者發(fā)現(xiàn)在100微米寬的簇-簇邊界的雙向配體-受體相互作用有助于維持瘤內結構。本研究為原發(fā)性肝癌的不同腫瘤生態(tài)系統(tǒng)提供了新的見解，可能有助于癌癥干預的研究。
Fig.1 實驗設計
Fig.2 原發(fā)性肝癌的不同基因表達模式
Spatial transcriptome sequencing revealed spatial trajectory in the Non-Small Cell Lung Carcinoma.
中文題目：空間轉錄組測序揭示非小細胞肺癌的空間軌跡
發(fā)表時間：2021.4
期刊名稱：BioRxiv
實驗平臺：10X Genomics Visium
樣本類型和數(shù)量：12例患者（4例肺腺癌LUAD+8例肺鱗狀細胞癌LUSC）共12張切片組織
DOI：10.1101/2021.04.26.441394
主要結果：
該研究使用空間轉錄組（ST）技術研究了多灶性肺癌組織范圍內基因表達的異質性。研究者在鄰近腫瘤區(qū)域的間質中發(fā)現(xiàn)了基因表達梯度，能夠重新理解腫瘤的微環(huán)境。此外，本研究使用ST技術檢測腫瘤亞克隆，對亞克隆間的EMT能力進行比較來推測腫瘤轉移和侵襲的可能軌跡，并通過構建亞克隆內空間轉移的偽時間模型進行確認。這些結果揭示了肺癌的空間異質性，以及潛在的腫瘤微環(huán)境差異和空間演化軌跡，為進一步研究腫瘤微環(huán)境奠定基礎。
Fig.1 實驗設計
Fig.2 沿空間軌跡的基因表達模式
這兩篇文章利用10X Genomics Visium空間轉錄組技術對非小細胞肺癌和原發(fā)性肝癌的這兩種腫瘤進行了研究，從新的維度讓我們對這兩種疾病有了全新的認識。雖然還沒正式發(fā)表，相信這兩篇研究在不久的將來一定會被優(yōu)秀的雜志接收�？臻g轉錄組測序，作為解決臨床科研問題的又一利器，無論是腫瘤、神經(jīng)科學、發(fā)育生物學研究，相信可以給您的研究帶來新的突破。您，準備好搭乘這趟高速列車了么？
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