蛋白質(zhì)組學概念及相關(guān)操作簡介
瀏覽次數(shù):2292 發(fā)布日期:2021-8-2
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蛋白組學主要以全蛋白組(組織、細胞和器官)、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象,通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關(guān)系。
蛋白質(zhì)組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。
01.常用技術(shù)
1. 非靶向蛋白組學
1.1 蛋白質(zhì)定性(膠條鑒定和溶液鑒定)
1.2 高通量定量蛋白組(Label free、 iTRAQ/TMT 和 DIA 定量)
1.3 多肽組學
2. 靶向蛋白組(PRM 靶向蛋白/肽段定量)
3. 修飾蛋白組學(定量磷酸化修飾組學、定量糖基化修飾蛋白組學、定量乙酰化修飾蛋白組學和定量泛素化修飾蛋白組學)
4. 互作蛋白組學(代謝物與蛋白互作研究)
02.儀器平臺
03.蛋白序列數(shù)據(jù)庫
最常用 Uniport 數(shù)據(jù)庫,第二優(yōu)先級是 GeneBank/NCBI 數(shù)據(jù)庫,最次選擇 RNA sequence 序列信息進行氨基酸轉(zhuǎn)換。
04.搜索軟件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant
05.基本流程
06.分析結(jié)果展示
1. 基礎分析
數(shù)據(jù)預處理
差異表達蛋白篩選
2. 常規(guī)數(shù)據(jù)分析