【前情回顧】PCR疑難問題粉碎機(jī)(一)——終點(diǎn)PCR
【前情回顧】PCR疑難問題粉碎機(jī)(二)——熒光定量PCR
逆轉(zhuǎn)錄 PCR(Reverse TranscriptionPCR, RT-PCR)是一種以 RNA 為樣本,RNA鏈被逆轉(zhuǎn)錄成為互補(bǔ) DNA(cDNA),再以此為模板通過 PCR 進(jìn)行 DNA 擴(kuò)增。在實(shí)際應(yīng)用中,RT-PCR 分為一步法 RT-PCR 和兩步法 RT-PCR。整個反轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)過程有三個重要的因素,分別是RNA模板、反轉(zhuǎn)錄時所使用的引物類型、反轉(zhuǎn)錄酶 。
RNA模板
高質(zhì)量的 RNA 基本有幾個參數(shù)可供參考,首先是 OD260/280 以及 OD260/230的值應(yīng)該都是 2.0 左右,如果 OD260/280 小于 1.9,說明 RNA 中有一些蛋白質(zhì)的殘留,如果這個值大于 2.1,則很可能樣本中 RNA 有一定的降解。OD260/230如果小于 2.0,說明 RNA 中含有異硫氰酸胍,酚殘留,而這些物質(zhì)對逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)影響是非常大的。另外就是瓊脂糖凝膠電泳檢測 RNA 的完整性,正常的 RNA一般呈現(xiàn)三條帶,即 5s、18s、28s,其各自的亮度呈現(xiàn)遞增狀態(tài),依據(jù)物種不同可逆轉(zhuǎn)錄 PCR能存在些許差異。當(dāng) RNA 出現(xiàn)降解時,反饋?zhàn)蠲黠@的是 5s rRNA 的亮度顯著提高。下圖展示的分別是高質(zhì)量 RNA、稍有降解以及完全降解的實(shí)例:
反轉(zhuǎn)錄引物
提取到了高質(zhì)量的 RNA模板后,下一個需要考慮的問題便是引物的選擇了。通常,反轉(zhuǎn)錄引物有三類,分別是 oligodT、隨機(jī)引物和序列特異性引物:oligodT引物能特異性結(jié)合在含有 polyA 尾的 mRNA 末端起始反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),但這一特性決定了它只能擴(kuò)增含有 polyA 尾的 mRNA,而且對 RNA 模板的質(zhì)量要求較高,一旦 polyA 尾發(fā)生降解,就不能被引物所識別,從而導(dǎo)致產(chǎn)物中沒有相應(yīng)基因的cDNA;隨機(jī)引物一般含有 6-9 個隨機(jī)序列的堿基,能夠隨機(jī)識別結(jié)合在 RNA 模板上,因此這類引物的優(yōu)點(diǎn)在于能同所有類型的 RNA 結(jié)合,而且比較適合于含有二級結(jié)構(gòu)的 RNA 及微量樣本,具有較高的反轉(zhuǎn)錄靈敏度。
但缺點(diǎn)在于,結(jié)合的隨機(jī)性會造成 cDNA小片段較多,有時候還會對微量目的片段造成稀釋;序列特異性引物,顧名思義,針對于特定的序列設(shè)計(jì)的反轉(zhuǎn)錄引物,用于特異性的反轉(zhuǎn)錄某一段序列。在實(shí)際的應(yīng)用中,我們通常會研究同一個個體或細(xì)胞中不同基因表達(dá)水平的變化,因此序列特異性基因相對用的少一些。Solis BioDyn 可供的反轉(zhuǎn)錄預(yù)混液中可提供多種不同的引物(oligodT、隨機(jī)引物、以及 oligodT 與隨機(jī)引物的結(jié)合)供您選擇,滿足您的一切實(shí)驗(yàn)需求!
逆轉(zhuǎn)錄酶
Solis BioDyn 可提供兩種逆轉(zhuǎn)錄酶:分別是 MMLV(RNase H+)和 SOLIScript(RNase H-)逆轉(zhuǎn)錄酶。RNase H,是一種核糖核酸內(nèi)切酶,可以特異性地水解DNA-RNA 雜合鏈中的 RNA,不能水解單鏈或雙鏈 DNA 或 RNA。
類型 |
貨號 |
名稱 |
逆轉(zhuǎn)錄酶 |
06-13-00050 |
FIREScript KIT RNase H+ 逆轉(zhuǎn)錄酶 |
06-33-00050 |
SOLIScript KIT RNase H- 逆轉(zhuǎn)錄酶 |
cDNA第一鏈合成 |
06-17-00100 |
FIREScript RT cDNA syntesis MIX without primers cDNA合成預(yù)混液,無引物 |
06-18-00100 |
FIREScript RT cDNA syntesis MIX with Oligo (dT) primer cDNA合成預(yù)混液,Oligo引物 |
06-19-00100 |
FIREScript RT cDNA syntesis MIX with Random primers cDNA合成預(yù)混液,隨機(jī)引物 |
06-20-00100 |
FIREScript RT cDNA syntesis MIX with Oligo (dT) and Random primers cDNA合成預(yù)混液,Oligo及隨機(jī)引物 |
miRNA(加尾法) |
QP113 |
All-in-OneTM miRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit 2.0 miRNA cDNA 合成試劑盒 |
QP010 |
All-in-OneTM miRNA qPCR Kit miRNA qPCR檢測試劑盒 |
QP115 |
All-in-OneTM miRNA qRT-PCR Detection Kit 2.0 miRNA qRT-PCR檢測試劑盒 |
一步法RT-qPCR |
染料法 |
QP071 |
BlazeTaq One-Step SYBR Green RT-qPCR Kit (with ROX) RT-qPCR試劑盒,ROX |
QP081 |
BlazeTaq One-Step SYBR Green RT-qPCR Kit (without ROX) RT-qPCR試劑盒,無ROX |
探針法 |
QP076 |
BlazeTaq Probe One-Step RT-qPCR Kit (with ROX) RT-qPCR試劑盒,ROX |
QP086 |
BlazeTaq Probe One-Step RT-qPCR Kit (without ROX) RT-qPCR試劑盒,無ROX |
08-65-00250 |
SOLIScript 1-step CoV Kit RT-qPCR試劑盒 |
08-59-00250 |
SOLIScript 1-step Multiplex Probe Kit (ROX) RT-qPCR試劑盒,ROX |
08-61-00250 |
SOLIScript 1-step Multiplex Probe Kit (Purple) RT-qPCR試劑盒,Purple |
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三點(diǎn):
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六觀:
價(jià)值觀:激情、敬業(yè)、學(xué)習(xí)、創(chuàng)新、合作、卓越。