1.探針?lè)ㄍㄟ^(guò)探針可以增加反應(yīng)收集信號(hào)的特異性,只有探針結(jié)合的片段上發(fā)生擴(kuò)增才能收集到信號(hào),探針?lè)軌蛴枚嘀伢w系反應(yīng),能夠預(yù)測(cè)和提前進(jìn)行反應(yīng)條件的優(yōu)化,缺點(diǎn)是要合成探針,成本高
2.染料法經(jīng)濟(jì)實(shí)惠,可以做溶解曲線,分析全部PCR產(chǎn)物的TM值,缺點(diǎn)就是特異性沒(méi)有探針?lè)ê?/div>
類(lèi)型 |
貨號(hào) |
名稱(chēng) |
染料法 |
EvaGreen染料 |
08-36-00001 |
5×HOT FIREPol® EvaGreen® qPCR Supermix 5×qPCR 預(yù)混液 |
08-24-00001 |
5×HOT FIREPol® EvaGreen® qPCR Mix Plus (ROX) 5×qPCR預(yù)混液,ROX |
08-25-00001 |
5×HOT FIREPol® EvaGreen® qPCR Mix Plus (no ROX) 5×qPCR預(yù)混液,無(wú)ROX |
08-26-00001 |
5×HOT FIREPol® EvaGreen® qPCR Mix Plus (Capillary) 5×qPCR預(yù)混液,Capillary |
SolisGreen染料 |
28-41-00001 |
SolisFAST™ SolisGreen® qPCR Mix (no ROX) 5×qPCR預(yù)混液,ROX |
28-46-00001 |
SolisFAST™ SolisGreen® qPCR Mix (ROX) 5×qPCR預(yù)混液,無(wú)ROX |
SYBR染料 |
QP031 |
qPCR預(yù)混液2.0,ROX |
QP041 |
qPCR預(yù)混液2.0,無(wú)ROX |
探針?lè)?/strong> |
08-17-00001 |
5×HOT FIREPol ® Probe Universal qPCR Mix |
QP036 |
5×探針qPCR預(yù)混液,ROX |
QP046 |
5×探針qPCR預(yù)混液,無(wú)ROX |
08-16-00001 |
5×HOT FIREPol® Probe qPCR Mix Plus (Capillary) |
多重qPCR
|
08-01-00001 |
5x HOT FIREPol® Multiplex qPCR Mix 5x多重探針qPCR預(yù)混液 |
08-02-00001 |
5x HOT FIREPol® Multiplex qPCR Mix (Rox) 5x多重探針qPCR預(yù)混液,Rox |
08-03-00001 |
5x HOT FIREPol® Multiplex qPCR Mix (Purple) 5x多重探針qPCR 預(yù)混液,Purple |
快速qPCR
|
28-21-00001 |
SolisFAST™ Probe qPCR Mix with UNG (no ROX) 快速探針qPCR預(yù)混液,含UNG,無(wú)ROX |
28-22-00001 |
SolisFAST™ Probe qPCR Mix with UNG (ROX) 快速探針qPCR預(yù)混液,含UNG,ROX |
28-23-00001 |
SolisFAST™ Probe qPCR Mix with UNG (Purple) 快速探針qPCR預(yù)混液,含UNG,Purple |
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在qPCR 技術(shù)中重要的參數(shù)指標(biāo)有哪些?
擴(kuò)增及溶解曲線:擴(kuò)增曲線是PCR過(guò)程中,以循環(huán)數(shù)為橫坐標(biāo),以熒光強(qiáng)度為縱坐標(biāo)所繪制的曲線。主要用于反映qPCR的動(dòng)態(tài)進(jìn)程;溶解曲線是用來(lái)驗(yàn)證擴(kuò)增產(chǎn)物特異性的,如果產(chǎn)物是單一條帶,溶解曲線就會(huì)出現(xiàn)單峰,如果有引物二聚體或其它非特異性擴(kuò)增,就會(huì)出現(xiàn)至少兩個(gè)峰。
熒光域值(threshold): 是在熒光擴(kuò)增曲線上人為設(shè)定的一個(gè)值,它可以設(shè)定在熒光信號(hào)指數(shù)擴(kuò)增階段任意位置上,但一般熒光域值的缺省設(shè)置是PCR反應(yīng)前3-15個(gè)循環(huán)熒光信號(hào)標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍,即:threshold。
Ct 值:是指每個(gè)反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)到達(dá)設(shè)定域值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)。將已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)品梯度稀釋進(jìn)行qPCR,按照起始DNA量由多到少的順序等間隔得到一系列擴(kuò)增曲線。Ct值與起始模板數(shù)的對(duì)數(shù)值之間存在線性關(guān)系,可以制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。未知濃度的樣品也得到Ct值,代入標(biāo)準(zhǔn)曲線,就可以求出未知樣品的起始模板量。
擴(kuò)增曲線一般分為哪幾個(gè)階段
熒光擴(kuò)增曲線一般分為基線期、指數(shù)增長(zhǎng)期和平臺(tái)期。在qPCR擴(kuò)增早期,擴(kuò)增的熒光信號(hào)被熒光背景信號(hào)所掩蓋,無(wú)法判斷產(chǎn)物量的變化,此時(shí)即為基線期,
PCR反應(yīng)過(guò)程中產(chǎn)生的DNA拷貝數(shù)是呈指數(shù)形式增加的,隨著反應(yīng)循環(huán)數(shù)的增加,最終PCR反應(yīng)不再以指數(shù)形式生成模板,從而進(jìn)入平臺(tái)期,在該時(shí)期,擴(kuò)增產(chǎn)物已不再呈指數(shù)級(jí)的增加,PCR的終產(chǎn)物量與起始模板量之間無(wú)線性關(guān)系,只有在熒光信號(hào)的指數(shù)增長(zhǎng)期,PCR產(chǎn)物量的對(duì)數(shù)值與起始模板量之間存在線性關(guān)系,可以選擇在這個(gè)階段進(jìn)行定量分析。
ROX染料是什么作用?
ROX(Passive Reference Dye)是一種惰性參比染料,在qPCR反應(yīng)中能被qPCR儀檢測(cè)到。ROX不參與qPCR反應(yīng),熒光信號(hào)值不會(huì)隨著qPCR擴(kuò)增而改變。實(shí)驗(yàn)過(guò)程中很多因素會(huì)引起孔間差異:不均勻的照明,孔與孔之間光學(xué)因素(液滴、氣泡)的因素,反應(yīng)體系的濃度不同…… 可以用ROX作為陽(yáng)性參比,對(duì)其他熒光信號(hào)進(jìn)行歸一化校正,以提高數(shù)據(jù)的精確度。
Ct值多少才算理想
一般來(lái)說(shuō)Ct值在30以下都可以說(shuō)實(shí)驗(yàn)結(jié)果是可靠的,30以上基本可以說(shuō)明該基因沒(méi)有擴(kuò)增,但也不是絕對(duì)的,需要輔以溶解曲線加以解釋。
*** qPCR 常見(jiàn)問(wèn)題分析 ***
問(wèn)題類(lèi)型 |
原因分析 |
無(wú)Ct值出現(xiàn) |
* 檢測(cè)熒光信號(hào)的步驟有誤:一般染料法采用72℃延伸時(shí)采集,探針?lè)▌t一般在退火結(jié)束時(shí)或延伸結(jié)束采集信號(hào);
* 引物或探針降解:可通過(guò)PAGE電泳檢測(cè)其完整性;
* 模板量不足:對(duì)未知濃度的樣品應(yīng)從系列稀釋樣本的最高濃度做起;
* 模板降解:避免樣品制備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況 |
Ct 值出現(xiàn)過(guò)晚(Ct>38) |
* 擴(kuò)增效率低:反應(yīng)條件不夠優(yōu)化,設(shè)計(jì)更好的引物或探針、適當(dāng)降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;
* PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量不足;
* PCR產(chǎn)物太長(zhǎng):一般采用80-150bp的產(chǎn)物長(zhǎng)度 |
標(biāo)準(zhǔn)曲線線性關(guān)系不佳 |
* 加樣存在誤差:使得標(biāo)準(zhǔn)品不呈梯度;
* 標(biāo)準(zhǔn)品出現(xiàn)降解:應(yīng)避免標(biāo)準(zhǔn)品反復(fù)凍融,或重新制備并稀釋標(biāo)準(zhǔn)品
* 引物或探針不佳:重新設(shè)計(jì)更好的引物和探針;
* 模板中存在抑制物,或模板濃度過(guò)高 |
擴(kuò)增曲線異常,比如 S 型曲線 |
* 參比染料設(shè)定不正確:預(yù)混液不加參比染料時(shí),選NONE;
* 模板的濃度太高或者降解;
* 熒光染料的降解 |
負(fù)對(duì)照有信號(hào)、溶解曲線不止一個(gè)主峰 |
* 引物設(shè)計(jì)不夠優(yōu)化:應(yīng)避免引物二聚體和發(fā)夾結(jié)構(gòu)的出現(xiàn)
* 引物濃度不佳:適當(dāng)降低引物的濃度,并注意上下游引物的濃度配比
* 鎂離子濃度過(guò)高:適當(dāng)降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒; |
擴(kuò)增效率低 |
* 反應(yīng)試劑中部分成分特別是熒光染料降解;
* 反應(yīng)條件不夠優(yōu)化:可適當(dāng)降低退火溫度;
* 反應(yīng)體系中有PCR反應(yīng)抑制物:一般是加入模板時(shí)所引入,應(yīng)先把模板適度稀釋?zhuān)偌尤敕磻?yīng)體系中,減少抑制物的影響 |
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作為一家具有尖端的技術(shù)實(shí)力、一流的經(jīng)營(yíng)管理水平和完善的市場(chǎng)銷(xiāo)售體系的生物高科技企業(yè),總部位于武漢光谷國(guó)家級(jí)高新技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū),服務(wù)面向全國(guó)。艾美捷科技是集進(jìn)口試劑、實(shí)驗(yàn)室耗材銷(xiāo)售、技術(shù)服務(wù)與合約開(kāi)發(fā)為一體的專(zhuān)業(yè)化高科技公司,為用戶提供最前沿的專(zhuān)業(yè)資訊、完備的產(chǎn)品、整合的解決方案,及優(yōu)質(zhì)的物流服務(wù)。為了更好的服務(wù)客戶,公司組建了一支經(jīng)驗(yàn)豐富的研發(fā)團(tuán)隊(duì)-艾美捷生物技術(shù)中心,進(jìn)入研發(fā)生產(chǎn)階段,將更優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品推薦給國(guó)內(nèi)生物領(lǐng)域的同仁們!
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六觀:
價(jià)值觀:激情、敬業(yè)、學(xué)習(xí)、創(chuàng)新、合作、卓越。