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PCR疑難解答-終點(diǎn)PCR及相關(guān)PCR反應(yīng)的分類

瀏覽次數(shù):1622 發(fā)布日期:2020-6-9  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
       1.PCR的概念
 
       PCR,即聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR),主要由高溫變性、低溫退火和適溫延伸三個(gè)步驟反復(fù)的熱循環(huán)構(gòu)成:即模板DNA先經(jīng)高溫變性為單鏈,在DNA聚合酶和適宜的溫度下,兩條引物分別與兩條模板DNA鏈上的一段互補(bǔ)序列發(fā)生退火,接著在DNA聚合酶的催化下以四種脫氧核苷酸三磷酸(dNTPs)為底物,使退火引物得以延伸,如此反復(fù),使位于兩段已知序列之間的DNA片段呈幾何倍數(shù)擴(kuò)增。
 
 
       2.PCR的分類
 
       PCR有很多種,核心就是用引物擴(kuò)增特定的DNA,以指數(shù)方式倍增的DNA達(dá)到可以觀察到的量后,通過不同的觀察方法比較DNA相對(duì)表達(dá)的高低。根據(jù)檢測(cè)方式的不同,分為終點(diǎn) PCR(也即常規(guī)PCR)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR),根據(jù)樣本類型的不同,還包括以RNA為模板的反轉(zhuǎn)錄PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)。
 
 
終點(diǎn)PCR
 
       終點(diǎn)PCR,顧名思義既是對(duì)PCR擴(kuò)增反應(yīng)的終產(chǎn)物進(jìn)行定性及定量分析,在反應(yīng)過程中無(wú)法監(jiān)測(cè)反應(yīng)進(jìn)行情況,只有反應(yīng)完成后通過跑膠得到結(jié)果。
 
       1.熱啟動(dòng)PCR(hot start PCR)
 
       在傳統(tǒng)的PCR反應(yīng)中,反應(yīng)體系各成分(Taq DNA聚合酶、dNTP 和引物等)均是一次加入并進(jìn)入循環(huán),在反應(yīng)溫度由室溫(25℃)上升至高溫(94~95℃)過程中,可能發(fā)生引物錯(cuò)配和二聚體的形成。引物與模板中一些非靶位點(diǎn)的錯(cuò)配和引物之間形成的二聚體,在Taq酶的作用下均可延伸,這些非特異性產(chǎn)物又可以在后面的PCR循環(huán)中繼續(xù)擴(kuò)增,使非特異性產(chǎn)物不斷積累,同時(shí),也消耗反應(yīng)體系的各成分,最終PCR擴(kuò)增的特異性產(chǎn)物大大減少。熱啟動(dòng)PCR(hot start PCR)是指DNA聚合酶只有在樣品溫度至少超過70℃時(shí)才發(fā)揮作用的PCR。通過這種方式控制PCR反應(yīng)的必須組分DNA聚合酶,直到反應(yīng)混合物被加熱到可以阻止非特異引導(dǎo)和引物聚合的溫度后,再啟動(dòng)PCR達(dá)到有效擴(kuò)增特異性PCR產(chǎn)物的目的。
 
       *UNG酶通常和熱啟Taq酶一同用于建立含有UNG/dUTP防污染體系的熱啟動(dòng)PCR反應(yīng)系統(tǒng)。
 
       UNG酶(Uracil-N-glycosylase,尿嘧啶-N-糖基化酶)的作用原理是選擇性水解斷裂含有dU的雙鏈或單鏈DNA中的尿嘧啶糖苷鍵,形成的有缺失堿基的DNA鏈在堿性介質(zhì)以及高溫下會(huì)進(jìn)一步水解斷裂,從而被消除。UNG酶的最佳活性溫度為50℃,95℃滅活。作用:為保證PCR結(jié)果的準(zhǔn)確性,要預(yù)防非特異性PCR擴(kuò)增和污染。常用的措施是使用UNG酶(Uracil-N-Glycosylase)和Taq 酶熱啟動(dòng)。PCR反應(yīng)最常見,最重要的污染物是PCR產(chǎn)物,防污染熱啟動(dòng)PCR試劑盒以dUTP取代dTTP,所以PCR產(chǎn)物都是含有dU的DNA鏈。在PCR開始前增加50℃的保溫步驟,UNG酶即可將反應(yīng)體系中已有的U-DNA污染物中的尿嘧啶堿基降解,并在隨后變性這步的條件下DNA鏈斷裂,消除由于污染DNA產(chǎn)生的擴(kuò)增,從而保證擴(kuò)增結(jié)果的特異性,準(zhǔn)確性。
 
       2.高保真PCR
 
       Taq酶具有5'-3'DNA聚合酶活性和5'→3'的外切酶活性,缺少3'→5'的外切酶活性,但沒有從3'→5'方向外切酶的活性,擴(kuò)增得到的PCR產(chǎn)物的3'末端附有一個(gè)“A”堿基,可直接用于TA克隆,但是由于不具有3'→5'外切酶活性,因而在合成中對(duì)某些單核苷酸錯(cuò)配沒有校正功能。DNA聚合酶的校正能力決定了保真度,會(huì)影響DNA序列復(fù)制的準(zhǔn)確性。Solis Biodyne提供的blend mix同時(shí)包含Taq酶和校正酶,使得PCR反應(yīng)既具有5'→3'方向合成DNA的功能,又具有3'→5'方向外切酶的活性和糾錯(cuò)功能。
 
       3.多重PCR
 
       多重PCR是指在同一PCR反應(yīng)體系里加上二對(duì)以上引物,同時(shí)擴(kuò)增出多個(gè)核酸片段的 PCR反應(yīng)。多重PCR不僅意味著節(jié)省時(shí)間、試劑和樣品,還能夠同時(shí)對(duì)比多個(gè)擴(kuò)增子。
 
       在多重PCR中,因無(wú)法僅針對(duì)一個(gè)引物對(duì)或目的片段進(jìn)行反應(yīng)優(yōu)化,而是要考慮到所有引物和靶標(biāo),所以可能會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增和效率降低。因此,為盡量減少由非特異性擴(kuò)增導(dǎo)致的錯(cuò)配,應(yīng)對(duì)引物進(jìn)行精心設(shè)計(jì)。首先,引物序列應(yīng)盡可能與其目的序列一一對(duì)應(yīng),并且所有引物的 Tm相差不應(yīng)超過5°C。其次,在多重PCR開始前,應(yīng)利用單個(gè)PCR反應(yīng)驗(yàn)證每個(gè)引物對(duì)的特異性和擴(kuò)增效率。此外,擴(kuò)增子應(yīng)具有不同的大小,從而能夠通過凝膠電泳對(duì)其進(jìn)行分離鑒定。
 
 
       4.長(zhǎng)片段PCR
 
       常規(guī)PCR反應(yīng)可以擴(kuò)增到3~4kb的DNA片段,而超過5kb的DNA片段就已經(jīng)很難擴(kuò)增出來(lái)了。長(zhǎng)片段PCR即是指擴(kuò)增大于5kb的DNA片段。NCBI推薦的基因克隆供應(yīng)商GeneCopoeia可提供長(zhǎng)片段PCR試劑盒,可擴(kuò)增18kb人來(lái)源gDNA以及30kb λ噬菌體DNA為模板等大片段DNA,同時(shí)可擴(kuò)增高GC%片段,適用范圍廣,實(shí)驗(yàn)過程中僅需添加引物與模板,操作簡(jiǎn)便。
 
 
       5.高GC含量PCR
 
       在DNA(A、T、C、G)4種堿基中,鳥嘌呤(G)和胞嘧啶(C)所占的比率稱為GC含量。因?yàn)镚、C之間形成三對(duì)氫鍵,解鏈所需能量較高,所以模板很難打開,高GC含量(G+C≥60%)模板擴(kuò)增中所面臨的主要困難是模板中容易形成穩(wěn)定的二級(jí)結(jié)構(gòu)妨礙DNA聚合酶在模板上的推進(jìn),而且模板上可能存在多個(gè)非特異性的引物復(fù)性位點(diǎn),導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,甚至很多時(shí)候擴(kuò)增不出靶基因。Solis BioDyne可專業(yè)提供專業(yè)的高GC含量模板的PCR增強(qiáng)劑和預(yù)混液,可適用于GC含量高至79%的模板,輕松解決高GC含量PCR的難題。
 
 
類型 貨號(hào) 名稱
常規(guī)PCR 01-01-00500 FIREPol® DNA Polymerase (5 U/ul)  DNA聚合酶(5 U/ul)
04-12-00115 5*FIREPol® Master Mix Ready to Load with 12.5 mM MgCl2  5*PCR預(yù)混液,含染料
熱啟動(dòng)PCR DNA聚合酶 01-02-00500 HOT FIREPol® DNA Polymerase (5 U/μl) 熱啟動(dòng)DNA聚合酶
高保真PCR 04-25-00115 5xHOT FIREPol® Blend Master Mix Ready to Load with 12.5 mM MgCl2 5*高保真酶PCR預(yù)混液,含染料
多重PCR 04-36-00120 5xHOT FIREPol® MultiPlex Mix Ready To Load with 10 mM MgCl2 5*多重PCR預(yù)混液,含染料
高GC含量PCR 04-33-00115 5xHOT FIREPol GC Master Mix 5*高GC含量模板PCR預(yù)混液
快速PCR 24-02-00001 SolisFAST™ Master Mix Ready To Load 快速PCR預(yù)混液,含染料
24-22-00001 SolisFAST™ Master Mix with UNG Ready To Load 快速PCR預(yù)混液,含UNG酶,含染料
長(zhǎng)片段PCR PC002 長(zhǎng)片段PCR試劑盒(18kb gDNA/30kb λDNA)
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       艾美捷定位:通過提供完整的產(chǎn)品和服務(wù)體系、便利的客戶關(guān)系和供應(yīng)鏈,為生命科學(xué)研究工作者提供整體打包方案。

       六觀:
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