Ion PGM™微生物測(cè)序解決方案
瀏覽次數(shù):5258 發(fā)布日期:2019-1-3
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半導(dǎo)體測(cè)序
Ion半導(dǎo)體測(cè)序讓測(cè)序既快速,又經(jīng)濟(jì)。如今,更多實(shí)驗(yàn)室采用強(qiáng)大的新一代測(cè)序技術(shù)——通量增加,準(zhǔn)確性提高,讀取更長(zhǎng)——以便更快獲得微生物的答案。有了Ion Torrent™個(gè)人化操作基因組測(cè)序儀(PGM™),您能夠從基因組定向區(qū)域(如多位點(diǎn)序列分型(MLST))的測(cè)序更快推進(jìn)到完整基因組的測(cè)序,而費(fèi)用僅為毛細(xì)管電泳測(cè)序的一小部分。有了全基因組鳥槍法測(cè)序(WGS),您能夠捕獲整個(gè)基因組中的單堿基改變,而無(wú)需物種的參考序列信息。
成熟:在短短兩年的時(shí)間內(nèi),科學(xué)家們已利用Ion PGM™測(cè)序儀發(fā)表了80多篇微生物學(xué)方面的同行評(píng)議文章。
簡(jiǎn)約:經(jīng)濟(jì)的全基因組測(cè)序讓微生物學(xué)家能夠在使用單一技術(shù)時(shí)提高鑒別能力和準(zhǔn)確性。
快速:Ion PGM™測(cè)序儀比其他測(cè)序儀更快,只需4小時(shí)即可獲得長(zhǎng)讀取(400個(gè)堿基)測(cè)序結(jié)果。
微生物測(cè)序單日流程
目前對(duì)于較長(zhǎng)、準(zhǔn)確的讀取(reads),采用400個(gè)堿基對(duì)的測(cè)序可在一天之內(nèi)完成由Ion PGM系統(tǒng)動(dòng)力操縱的de novo測(cè)序。
簡(jiǎn)化的樣品制備和應(yīng)用特異的數(shù)據(jù)分析方案進(jìn)一步簡(jiǎn)化了微生物測(cè)序,使得微生物研究的各個(gè)領(lǐng)域都有重大突破。
三種測(cè)序芯片可供選擇,意味著您能夠根據(jù)特定應(yīng)用的需求來(lái)選擇測(cè)序通量,從而節(jié)省您的時(shí)間和經(jīng)費(fèi)。
微生物測(cè)序應(yīng)用
發(fā)現(xiàn) & 鑒定
全基因組鳥槍法測(cè)序?yàn)槲⑸锏陌l(fā)現(xiàn)與鑒定提供了重要的新機(jī)會(huì)。對(duì)于鑒定微生物基因組結(jié)構(gòu)的研究人員而言,完整基因組的de novo測(cè)序和組裝是至關(guān)重要的一步。Ion Torrent™半導(dǎo)體測(cè)序徹底改變了微生物研究中的de novo測(cè)序,它提供了一個(gè)簡(jiǎn)單、低成本的系統(tǒng),能在一天內(nèi)帶來(lái)準(zhǔn)確的結(jié)果。隨著在Ion PGM™系統(tǒng)上實(shí)現(xiàn)400 bp測(cè)序,測(cè)序組裝指標(biāo)將比以往任何時(shí)候都好,帶您走上全基因組測(cè)序的捷徑。
細(xì)菌分型
快速準(zhǔn)確的分型對(duì)于監(jiān)測(cè)或鑒別細(xì)菌或病毒、闡釋細(xì)菌傳播鏈或了解特定人群的健康和疾病狀況均十分重要。Ion半導(dǎo)體測(cè)序匹配Ridom™ SeqSphere+™自動(dòng)化軟件能夠使任何微生物學(xué)家得以利用全基因組的方法來(lái)實(shí)現(xiàn)細(xì)菌分型。Ion PGM™系統(tǒng)能夠提供快速、低成本的完整基因組序列信息,而不是僅對(duì)幾個(gè)感興趣的區(qū)域進(jìn)行測(cè)序。通過(guò)采用成百上千個(gè)分型基因,可對(duì)個(gè)別菌株實(shí)現(xiàn)更高分辨率和更為準(zhǔn)確的分型。在一個(gè)工作日內(nèi),即可對(duì)特定分離株進(jìn)行測(cè)序和鑒定,從而有望為疾病爆發(fā)的監(jiān)測(cè)提供實(shí)時(shí)結(jié)果。
病毒分型
為了集中目標(biāo)完成進(jìn)化模式和病原體出現(xiàn)的預(yù)測(cè),Ion PGM™系統(tǒng)匹配PathAmp™ FluA試劑以及Torrent Suite™軟件的病原體分析儀插件為甲型流感病毒完整基因組測(cè)序提供了最新型的工作流程。利用高度準(zhǔn)確的序列數(shù)據(jù),研究人員能夠在一天之內(nèi)實(shí)現(xiàn)甲型流感病毒的分型,從而啟動(dòng)更為有效的流感監(jiān)測(cè)。這可使您得以精心優(yōu)選疫苗菌株,并改進(jìn)未來(lái)抗原特性的預(yù)測(cè)。
宏基因組學(xué)
Ion半導(dǎo)體測(cè)序通過(guò)全基因組測(cè)序或?qū)?xì)菌16S rRNA基因的定向測(cè)序(16S測(cè)序)來(lái)加速和簡(jiǎn)化宏基因組研究。因無(wú)需在測(cè)序之前克隆樣品,避免了抽樣時(shí)的一個(gè)主要偏向。樣品在Ion PGM™系統(tǒng)上的直接測(cè)序可快速開(kāi)展,有了更多擴(kuò)增子,可更好地區(qū)分不同生物體。與其他新一代測(cè)序儀不同,PGM™系統(tǒng)讓您輕松讀取低復(fù)雜度的序列。