前言

又傳喜訊！近日，云序客戶中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所的劉強團隊研究揭示了lncRNAs在小鼠空腸輻射后表達的變化，為研究lncRNAs在輻射致腸損傷中的作用提供了靶分子。該研究成果以“Analysis of changes to lncRNAs and their target mRNAs in murine jejunum after radiation treatment”為題發(fā)表在《J Cell Mol Med》（IF: 4.302）。如果您剛巧看過這篇文章，并且關(guān)注了我們前期公眾號的話，您一定會有種似曾相識的感覺，沒錯！前不久，該研究團隊就通過同樣的測序數(shù)據(jù)發(fā)表circRNAs表達譜的文章（Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After Radiation，IF：5.5），同樣出自劉強研究團隊，兩篇文章中的lncRNA和circRNA數(shù)據(jù)均出自云序生物提供的全轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)。真正體現(xiàn)了一次測序三套數(shù)據(jù)（circRNA lncRNA和mRNA），多項成果，超高性價比，短平快發(fā)表高分文章。

那么接下來，就讓我們通過兩篇文章的內(nèi)容來看下全轉(zhuǎn)錄組測序的巧妙之處吧！

文章1：小鼠空腸輻射后lncRNA表達譜研究（IF 4.302）

研究內(nèi)容：
1.輻射組和對照組lncRNA和mRNA表達譜變化，聚類圖顯示了組間和組內(nèi)上下調(diào)的變化，維恩圖展示了輻照組和對照組lncRNA和mRNA重疊數(shù)量，火山圖顯示差異表達情況。

2.與對照組相比，輻照小鼠中l(wèi)ncRNA和mRNA的相對數(shù)量。直方圖顯示受輻射小鼠lncRNA和mRNA上調(diào)和下調(diào)數(shù)量，維恩圖則展示了lncRNA的靶基因預(yù)測，從而對lncRNA的功能進行定義。

3.差異lncRNA分子的qPCR驗證，對于一篇做譜的文章，差異lncRNA的結(jié)果驗證只需做到qPCR即可。

4.差異表達的lncRNA分子功能預(yù)測，GO和KEGG通路分析表明，預(yù)測的基因主要參與VEGF信號通路。

5.lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，找到發(fā)揮海綿機制作用的lncRNA，以及它所調(diào)控的靶基因。

文章2：小鼠空腸輻射后circRNA表達譜研究（IF 5.5）

1. 環(huán)狀RNA表達如何？差異表達的有哪些呢？

高質(zhì)量的測序服務(wù)，專業(yè)的生信分析，云序生物讓環(huán)狀研究變得容易，這是一條廣告。高質(zhì)量的測序技術(shù)對每一個環(huán)狀的表達都做到精準(zhǔn)檢測，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環(huán)位置）給出了所有對于放射處理后在小鼠空腸組織當(dāng)中環(huán)狀RNA分子的表達情況。

在此基礎(chǔ)上，哪些環(huán)狀RNA分子發(fā)生了差異表達？在這里火山圖、Venn圖應(yīng)有盡有。

2.差異環(huán)狀RNA分子的qPCR驗證，同上一篇一樣，qPCR驗證必不可少。

3.差異表達的環(huán)狀RNA分子功能預(yù)測，GO分析和Pathway分析作為功能預(yù)測當(dāng)中必不可少的一部分也被涵蓋在本研究當(dāng)中，包括結(jié)合、催化、細(xì)胞因子和細(xì)胞分泌等GO條目均發(fā)生富集。KEGG分析預(yù)測結(jié)果顯示差異環(huán)狀RNA的靶基因與MAPK信號通路相關(guān)（Cacna1e、Mras、Prkcb、Ptpn7），要知道最近的報道顯示EGF介導(dǎo)的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信號通路活化與腸道干細(xì)胞增值相關(guān)。

 

4.海綿機制預(yù)測ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。按照海綿機制的反式調(diào)控方式，該網(wǎng)絡(luò)中包括42個上調(diào)和48個下調(diào)的環(huán)狀RNA分子，以及預(yù)測相互結(jié)合的22個靶基因mRNA。

總結(jié)

通過對兩篇文章的對比，大家可以發(fā)現(xiàn)在新的領(lǐng)域，借助于新分子的高通量測序，是一個高效快速發(fā)文章的手段。作為轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域的新分子lncRNA和環(huán)狀RNA這兩年仍然是科研界文章和基金的寵兒。劉強老師團隊通過云序生物的全轉(zhuǎn)錄組測序真正實現(xiàn)了一次測序兩篇文章，累積影響因子約10分，實現(xiàn)了超高的性價比！看到這樣經(jīng)濟實惠且無比高效的發(fā)文章策略，您是不是也心動了？那還不抓緊時間與我們聯(lián)系。

2019年的國自然申請在即，小編認(rèn)為去年我們總結(jié)的3大熱點（RNA甲基化、外泌體、環(huán)狀RNA）仍然會是2019年的重磅熱點項目。感興趣的可以參考：

2018國自然研究熱點一：環(huán)狀RNA研究深度剖析

2018國自然研究熱點二：RNA甲基化研究深度剖析

2018國自然研究熱點三：外泌體研究深度剖析

全文鏈接

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6237565/ 

https://www.karger.com/Article/FullText/491652

封面素材來源：素材中國 

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