基因工程小鼠的命名規(guī)則

有沒有發(fā)現(xiàn)，當(dāng)你在查詢或看paper時，往往會蹦出幾個賊長的，還夾雜著數(shù)字、上標(biāo)、符號的名稱，比如：129-Trp53^tm1Holl/J、FVB-Tg(PomcCre)5Brn...... 看上去很復(fù)雜的樣子。這些其實是基因工程小鼠的全名。

如果把這一長串字符解構(gòu)一下，常見的基因工程小鼠可以分為兩種命名方式：

• 基因定點修飾的小鼠命名，比如：敲除、敲入、點突變等等。

• 隨機轉(zhuǎn)基因的小鼠命名

基因定點修飾小鼠的命名

這一類小鼠的名稱基本長這樣：

下面我們對這些組成部分逐一說明~

品系背景

如果是在單一的小鼠背景上完成的基因修飾，并且在繁育過程中未引入其它品系，那么就可以以品系簡寫來表示。比如：

如果是在混合品系背景上，那么可以用這幾個品系（<3個）縮寫，并以分號作為間隔。分號前表示受體，分號后表示供體。比如：在一個來自C57BL/6與129雜交 ES 細(xì)胞系上定點敲除某個基因，就可以用B6;129表示。直至這個品系與 C57BL/6 小鼠回交至近交系程度，那么可以改寫為B6.129。

如果供體品系是混合背景或有未知來源，那么回交至受體品系的近交系程度后，可以用.Cg來表示，比如：B6.Cg。

如果存在3個以上祖系或有未知來源的混合遺傳背景，那么以STOCK來表示。

 

被修飾的基因

這里的基因名用的是 Gene Symbol。

Gene Symbol 和 Gene Name 到底有什么區(qū)別呢？

Gene Symbol 有以下特點：

• 物種中唯一的
• 短，3-5個字母，最多不超過10個字母
• 只用羅馬字母和阿拉伯?dāng)?shù)字
• 大寫字母開頭，后跟小寫字母或數(shù)字
• 不包括組織特異性或分子量
• 最好跟 Gene Name 的首字母一致
• 斜體表示
• 不同物種的同源基因使用相同的 Gene Symbol

Gene Name 則一般有以下特點：

• 簡短，可以是幾個單詞，包含基因功能或特點
• 首字母小寫（人名或?qū)Ｓ忻~除外）
• 使用美式拼寫方法

舉個例子你就明白啦，例如：

Shh 是 Gene Symbol，而 sonic hedgehog 則是它的 Gene Name。

所以，如果你想查找某個基因的敲除品系，那么最好輸入 Gene Symbol，而不是 Gene Name 或者曾用名。

這里特別提一下定點過表達(dá)的這類情況：

目前最常用的兩個定點過表達(dá)的整合位點，一個 Rosa26位點，一個是 H11位點。

• Rosa26是一個基因，所以可以用它的 Gene Symbol，也就是 Gt(ROSA)26Sor。

• H11并不是某一個特定基因，而是存在于兩個基因之間的一個特定染色體位置，所以沒有 Gene Symbol。目前公認(rèn)的命名是 Igs2，表示 intergenic site 2 的縮寫。

 

修飾方式^{（上標(biāo)）}

• tm
  對于 ES 細(xì)胞打靶途徑獲得品系，用 tm 表示 targeted mutation。
• em 
  對于 CRISPR/Cas9 或 Talen 等核酸酶系統(tǒng)介導(dǎo)的基因修飾品系，用 em 表示 endonuclease-mediated mutation。

 

編號^{（上標(biāo)）}

這里的編號是指在該實驗室中，對該基因修飾的序列號。

例如：Trp53^tm1Holl表示在Holl實驗室對Trp53基因進(jìn)行的第一次突變。

有時候會看到 tm1.1、tm1.2的情況，這是指條件性基因敲除（CKO）小鼠在與生殖系重組酶工具鼠交配后獲得的子代小鼠品系，為了與親代 CKO 小鼠（編號為 tm1）區(qū)分。而親代 CKO 小鼠與其它組織特異性重組酶工具鼠交配的子代就不單獨命名了。

 

插入結(jié)構(gòu)^{（上標(biāo)）}

對于基因敲除和條件性基因敲除，在命名中一般不加入插入結(jié)構(gòu)的部分，即編號后緊跟實驗室代號。

例如：Trp53^tm1Holl。

如果有敲入的基因，可以在括號內(nèi)寫出插入的外源基因。

例如：Cd19^{tm1(cre)Labcode} 表示在 Cd19基因中敲入 Cre基因。

如果敲入的是 RNAi，那么把RNAi針對的靶點寫進(jìn)括號中。

例如： Gene^{tm#(RNAi:Il23a)Labcode} 。

 

實驗室代號^{（上標(biāo)）}

一般實驗室代號是機構(gòu)名稱的首字母縮寫。

比如：

J 表示 The Jackson Laboratory；

Kyo 代表 Kyoto University ；

Smoc 代表上海南方模式生物；等等。

隨機轉(zhuǎn)基因小鼠的命名

這一類小鼠的名稱基本長這樣：

命名中Tg代表 Transgene。

轉(zhuǎn)入基因

在括號中填入轉(zhuǎn)入的基因的啟動子信息以及 Gene Symbol。

編號

指該實驗室制備的轉(zhuǎn)基因 founder 編號或系列編號。

如果使用轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)來制備轉(zhuǎn)基因小鼠的話，那么命名時在 Tg 后面加上 Tn，表示 transposable element。隨后的括號內(nèi)，一般需要包括：所使用的轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)縮寫，以及構(gòu)建的載體結(jié)構(gòu)，兩者用“-”鏈接：TgTn(transposon_class_abbreviation-vector)#Labcode。

例如：B6.Cg-TgTn(sb-lacZ,GFP)IF2Jtak/JtakRbrc，其中 sb 是 sleeping beauty的縮寫。

 

知道了基因工程小鼠的命名規(guī)則，你可能又要問了，名字這么長總不能每次都寫全名吧？確實，通常在文章中對所用的基因工程小鼠進(jìn)行表述時，我們可以采用簡寫的方式。具體可以怎么寫呢？

基因工程小鼠的一般簡寫方式

1.基因敲除

大家很熟悉了，可以分別用加、減號上標(biāo)來表示 wildtype allele 與 mutant allele：

KO 純合子 Gene^-/-

KO 雜合子 Gene^+/-

野生型對照 Gene^+/+ 或 WT (wildtype)

2.基因敲入

將敲入的元件寫在上標(biāo)里，例如：

Shh 基因 E177A 點突變雜合子：Shh^E177A/+

如果 Shh 基因敲入報告基因或Cre重組酶基因，可以寫成 Shh^EGFP/+，或者也可以直接寫成 Shh-EGFP、Shh-Cre。

3.轉(zhuǎn)基因

一般直接寫出表達(dá)的基因結(jié)構(gòu)，例如：

Villin promoter 驅(qū)動 EGFP 報告基因的轉(zhuǎn)基因小鼠就可以表示為 Vil-EGFP。

4.條件性基因敲除

將 flox 作為上標(biāo)表示，比如：

CKO 純合子 Gene^flox/flox 或 Gene^f/f

CKO 雜合子 Gene^flox/+ 或 Gene^f/+

如果與廣泛表達(dá) Cre 或生殖系表達(dá) Cre 工具鼠交配后獲得了全身敲除的小鼠，那么可以按 KO 小鼠的規(guī)則來簡寫。

如果與組織特異性 Cre 小鼠交配，那么可以組合寫成：Gene^flox/flox；Cre。

如果文章中只用到一種組織特異性 Cre 工具鼠，也可以按 KO 的方式簡寫，即 Gene^-/- 可以表示 flox 純合子且 Cre 陽性小鼠。

如果有多種不同的 Cre，那么就需要分別表示了。

例如：Tlr5 flox 小鼠分別與小腸上皮細(xì)胞（IEC）特異性 Cre（Vil-Cre）、 DC 細(xì)胞特異性 Cre（CD11c-Cre）交配的子代中發(fā)生基因敲除的純合子小鼠可以分別表示為 Tlr5^flox/flox；Vil-Cre 和 Tlr5^flox/flox；CD11c-Cre。如果覺得這樣寫太麻煩，也可以這樣表示：Tlr5^ΔIEC 和 Tlr5^ΔDC。