簡(jiǎn)介
PowerFecal™ DNA Isolation kit 專(zhuān)門(mén)設(shè)計(jì)用于簡(jiǎn)便快速糞便、腸內(nèi)容物、生物固體樣品微生物和宿主總 DNA。基于 PowerSoil™ DNA Isolation Kit 開(kāi)發(fā),使用了無(wú)論對(duì)土壤還是糞便樣品同樣奏效的專(zhuān)利抑制因子去除技術(shù)(Inhibitor Removal Technology®)。IRT 技術(shù)能高效去除常見(jiàn)于糞便樣品的多糖、亞鐵血紅素和膽汁鹽等抑制因子。純凈的最終 DNA 可直接用于所有下游實(shí)驗(yàn)。
操作預(yù)覽
糞便或生物固體建議加樣 0.25g。樣品裝入到含有石榴石研磨珠的獨(dú)立 2ml Bead Beating Tube 中。在研磨珠的機(jī)械碰撞和化學(xué)試劑對(duì)細(xì)胞膜的破解作用促使下宿主、微生物細(xì)胞裂解,高效的提取效果足以應(yīng)付最難搞的微生物類(lèi)型。專(zhuān)利的抑制因子去除技術(shù)(Inhibitor Removal Technology®)接著去掉糞便樣品中常見(jiàn)的 PCR 抑制物。總基因組 DNA 吸附到硅膠濾膜上。經(jīng)過(guò)沖洗和洗脫,純凈的最終 DNA 可直接用于 PCR、qPCR、第二代測(cè)序等進(jìn)一步應(yīng)用。
相關(guān)產(chǎn)品 |
貨號(hào) |
提取次數(shù) |
PowerMax® Soil DNA Isolation Kit |
12988-10 |
10 preps |
PowerSoil®-htp 96 Well Soil DNA Isolation Kit |
12955-4 |
4×96 preps |
12988-12 |
12×96 preps | |
| ||
PowerVac™ Manifold |
11991 |
1 manifold |
PowerVac™ Mini System |
11992 |
1 unit + 20 adapters |
PowerVac™ Mini Spin Filter Adapters |
11992-10 |
10 adapters |
11992-20 |
20 adapters |
設(shè)備要求
微型離心機(jī)(13000g)
移液器(60μl – 750μl)
Vortex-Genie®2 渦旋儀(MO BIO 貨號(hào)#13111-V-220)渦旋儀適配器(MO BIO 貨號(hào)#13000-V1-24)
保存:組分室溫(15-30℃)保存。
試劑盒組分
貨號(hào):12830-50
組分 |
量 |
Dry Bead Tubes |
50 |
Bead Solution |
42ml |
Solution C1 |
3.3ml |
Solution C2 |
14ml |
Solution C3 |
11ml |
Solution C4 |
72ml |
Solution C5 |
30ml |
Solution C6 |
6ml |
Spin Filters(units in 2ml Tubes) |
50 |
2 ml Collection Tubes |
200 |
△實(shí)驗(yàn)前請(qǐng)先逐一檢查試劑!
保存:組分室溫(15-30℃)保存。
操作步驟
1、加入 0.25g 糞便或生物固體到 Dry Bead Tube 中。
注意:水分、多糖和蛋白含量較高的糞便樣品(如胎便、某些鳥(niǎo)類(lèi)糞便)減少加樣量(0.1g)能提高 DNA 得率和純度。
2、加入 750μl Bead Solution 到 Dry Bead Tube 中。輕輕渦旋混勻。
這一步發(fā)生了什么:把樣品加入到 Bead Tube 后,下一步就是樣品均質(zhì)化和細(xì)胞裂解。石榴石研磨珠和裂解裂解緩沖液可溶解和把樣品分散開(kāi)。
3、使用前先檢查 C1 溶液。若有沉淀,60℃水浴直至全部溶解。
這一步發(fā)生了什么:C1 溶液含有 SDS。溫度較低時(shí)會(huì)在瓶底形成白色沉淀。60℃水浴可重新溶解 SDS,并且對(duì)SDS 和其它組分性能無(wú)損?沙脽崾褂谩
4、加入 60μl C1 溶液,上下顛倒數(shù)次或輕輕渦旋混勻。
這一步發(fā)生了什么:C1 溶液含有 SDS 和其它裂解試劑可輔助細(xì)胞裂解。SDS 是種去垢劑,可降解細(xì)胞膜上的脂肪酸和油脂。
5、65℃水浴加熱 10min。
這一步發(fā)生了什么:糞便樣品雜合了許多多糖、脂類(lèi)、鹽和細(xì)胞等。加熱可加快裂解緩沖液與這些物質(zhì)的反應(yīng)速度,輔助裂解細(xì)胞。
6、把 Bead Tubes 水平放置到渦旋儀適配器上(MOBIO 貨號(hào):13000-V1-24)。最大轉(zhuǎn)速連續(xù)渦旋振蕩 10min。
這一步發(fā)生了什么:研磨珠與微生物細(xì)胞在裂解試劑包圍下震蕩,可使細(xì)胞破裂。MOBIO 的渦旋儀適配器是個(gè)簡(jiǎn)單而有效的附件,在渦旋振蕩過(guò)程中能把 Tube 管牢牢卡在渦旋儀上。你也可以用膠帶把 Tube 管固定在適配器上,但有可能在振蕩過(guò)程中松脫,影響樣品間條件一致性,降低得率。
7、13000g 離心 1min。
8、把上清轉(zhuǎn)移到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。約可獲得 400-500μl 上清。
這一步發(fā)生了什么:這一步約可獲得 400-500μl 上清液。預(yù)期的體積與樣品起始量有關(guān),不影響提取效率。
9、加入 250μl C2 溶液,輕輕渦旋混勻。4℃孵育 5min。
這一步發(fā)生了什么:C2 溶液為專(zhuān)利的 Inhibitor Removal Technology®(IRT)的一部分。它含有可沉淀多糖、細(xì)胞碎片和蛋白質(zhì)等非 DNA 的有機(jī)和無(wú)機(jī)物質(zhì)的試劑。這些有機(jī)和無(wú)機(jī)物質(zhì)會(huì)影響 DNA 純度并抑制下游實(shí)驗(yàn),必須去除。
10、13000g 離心 1min。
11、避開(kāi)沉淀,最多只轉(zhuǎn)移 600μl 上清到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。
這一步發(fā)生了什么:沉淀為多糖、細(xì)胞碎片、蛋白等非 DNA 有機(jī)和無(wú)機(jī)成分。為獲得最佳 DNA 得率和質(zhì)量,轉(zhuǎn)移上清時(shí)避開(kāi)沉淀。
12、加入 200μl C3 溶液,輕輕渦旋。4℃孵育 5min。13、13000g 離心 1min。
14、避開(kāi)沉淀,轉(zhuǎn)移上清到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。轉(zhuǎn)移的上清液不能超過(guò) 750μl。
這一步發(fā)生了什么:沉淀為多糖、細(xì)胞碎片、蛋白等非 DNA 有機(jī)和無(wú)機(jī)成分。為獲得最佳 DNA 得率和質(zhì)量,轉(zhuǎn)移上清時(shí)避開(kāi)沉淀。轉(zhuǎn)移的上清不能超過(guò) 750μl,否則會(huì)影響后續(xù) DNA 的吸附綁定。
15、C4 溶液使用前先搖勻。加入 1200μl C4 溶液到上清中,渦旋 5s 混勻。
這一步發(fā)生了什么:C4 溶液為高濃度鹽溶液?勺 DNA 牢牢地選擇性吸附到硅膠濾膜上,非 DNA 的有機(jī)和無(wú)機(jī)物質(zhì)不被吸附,但仍會(huì)少量殘留在濾膜上。
16、加載 650μl 上清到一個(gè) Spin Filter 中,13000g 離心 1min。棄去濾液,重復(fù)加載上清。
注意:一共需要加載 3 次上清。
高通量選項(xiàng):一次要處理大量樣品時(shí),步驟 16 會(huì)變得非常耗時(shí)。因此 MOBIO 開(kāi)發(fā)出了真空泵抽吸法。需要額外購(gòu)買(mǎi)真空泵適配器(MOBIO 貨號(hào):11992)。平底 Spin filter 在真空泵適配器幫助下能快速完成濾過(guò)動(dòng)作。
這一步發(fā)生了什么:DNA 在高濃度鹽環(huán)境下選擇性地吸附到離心柱硅膠濾膜上。雜質(zhì)通過(guò)濾膜,剩下 DNA 留在濾膜上。
17、加入 500μl C5 溶液,13000g 離心 1min。
這一步發(fā)生了什么:C5 是含有酒精的沖洗緩沖液,可進(jìn)一步?jīng)_洗離心柱硅膠濾膜上的 DNA。沖洗緩沖液還能去除硅濾膜上殘留的少量含和其它雜質(zhì)。
18、棄去濾液。
這一步發(fā)生了什么:濾液不含 DNA。
19、13000g 再次離心 1min。
這一步發(fā)生了什么:再次離心去除殘留的 C5 溶液(含有酒精的沖洗緩沖液)。含有酒精的 C5 溶液必須全部去除掉,以免影響后續(xù) PCR、消化、凝膠電泳等 DNA 應(yīng)用。
20、小心把 Spin Filter 轉(zhuǎn)移到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。避免沾到任何 C5 溶液。
21、加入 100μl C6 溶液到離心柱白色濾膜中心。你也可以用滅菌 DNA-Free PCR 級(jí)純水或 TE 緩沖液從硅膠離心柱上洗脫 DNA。
注意:用 100μl C6 溶液可獲得最佳的 DNA 得率。為了濃縮 DNA,C6 溶液使用量最少可以只加 50μl。C6 溶液用量少于 50μl 會(huì)嚴(yán)重影響洗脫效率。
這一步發(fā)生了什么:把 C6 溶液(滅菌洗脫緩沖液)加到離心柱白色濾膜中心,并潤(rùn)濕整個(gè)濾膜才能獲得最佳洗脫效果。C6 溶液(洗脫緩沖液)通過(guò)濾膜,DNA 在高濃度鹽環(huán)境下選擇性吸附到濾膜上,在 C6 溶液(10mM Tris)低鹽環(huán)境下洗脫下來(lái)。
22、13000g 離心 1min,棄去 Spin Filter。此時(shí) Tube 管中的 DNA 可直接用于下游實(shí)驗(yàn),無(wú)需進(jìn)一步處理。DNA建議-20℃~-80℃冷凍保存。C6 溶液不含 EDTA。要濃縮 DNA,可參考下文疑難點(diǎn)。
感謝選用 PowerFecal™ DNA Isolation Kit!
疑點(diǎn)難點(diǎn)
樣品處理量
本試劑盒設(shè)計(jì)每次提取 0.25g 糞便樣品。我們不推薦加樣超過(guò) 0.25g。含有大量蛋白質(zhì)、脂類(lèi)和多糖的某些糞便樣品,較少的加樣量(0.1g)可提高 DNA 得率和純度。
含水量較大的糞便樣品
若糞便樣品含有較多水分,可把樣品加入到 Bead tube 以后,10000g 離心 30s。抽掉所有游離水分。接著步驟 2 繼續(xù)。
若 DNA 擴(kuò)增失敗
可選裂解方法
濃縮 DNA
最終 DNA 體積為 100μl。要濃縮 DNA 可加入 10μl 5M NaCl,上下顛倒 3-5 次混勻。然后加入 200μl 100%冷乙醇,上下顛倒 3-5 次混勻。室溫 10000g 離心 5s。棄去所有上清。用真空離心蒸發(fā)器、干燥器或冷干機(jī)除去殘余乙醇。用去離子水或滅菌 10mM Tirs 重懸 DNA。
DNA 保存
洗脫到 C6 溶液(10mM Tris)的 DNA 必須保存在-20℃~-80℃防止降解。為了延長(zhǎng)保存時(shí)間,建議把 DNA 等分后-80℃保存。你也可以用 TE 緩沖液洗脫 DNA,而 EDTA 會(huì)抑制下游 PCR 等酶反應(yīng),不建議采用。