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強(qiáng)力糞便DNA提取試劑盒使用說(shuō)明

瀏覽次數(shù):5437 發(fā)布日期:2017-6-12  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

簡(jiǎn)介

PowerFecal™ DNA Isolation kit 專(zhuān)門(mén)設(shè)計(jì)用于簡(jiǎn)便快速糞便、腸內(nèi)容物、生物固體樣品微生物和宿主總 DNA。基于 PowerSoil™ DNA Isolation Kit 開(kāi)發(fā),使用了無(wú)論對(duì)土壤還是糞便樣品同樣奏效的專(zhuān)利抑制因子去除技術(shù)(Inhibitor Removal Technology®)。IRT 技術(shù)能高效去除常見(jiàn)于糞便樣品的多糖、亞鐵血紅素和膽汁鹽等抑制因子。純凈的最終 DNA 可直接用于所有下游實(shí)驗(yàn)。

操作預(yù)覽

糞便或生物固體建議加樣 0.25g。樣品裝入到含有石榴石研磨珠的獨(dú)立 2ml Bead Beating Tube 中。在研磨珠的機(jī)械碰撞和化學(xué)試劑對(duì)細(xì)胞膜的破解作用促使下宿主、微生物細(xì)胞裂解,高效的提取效果足以應(yīng)付最難搞的微生物類(lèi)型。專(zhuān)利的抑制因子去除技術(shù)(Inhibitor Removal Technology®)接著去掉糞便樣品中常見(jiàn)的 PCR 抑制物。總基因組 DNA 吸附到硅膠濾膜上。經(jīng)過(guò)沖洗和洗脫,純凈的最終 DNA 可直接用于 PCR、qPCR、第二代測(cè)序等進(jìn)一步應(yīng)用。

相關(guān)產(chǎn)品

貨號(hào)

提取次數(shù)

PowerMax® Soil DNA Isolation Kit

12988-10

10 preps

PowerSoil®-htp 96 Well Soil DNA Isolation Kit

12955-4

4×96 preps

12988-12

12×96 preps

 

PowerVac™ Manifold

11991

1 manifold

PowerVac™ Mini System

11992

1 unit + 20 adapters

PowerVac™ Mini Spin Filter Adapters

11992-10

10 adapters

11992-20

20 adapters

設(shè)備要求

微型離心機(jī)(13000g)
移液器(60μl – 750μl)
Vortex-Genie®2 渦旋儀(MO BIO 貨號(hào)#13111-V-220)渦旋儀適配器(MO BIO 貨號(hào)#13000-V1-24)

保存:組分室溫(15-30℃)保存。

試劑盒組分

貨號(hào):12830-50

組分

Dry Bead Tubes

50

Bead Solution

42ml

Solution C1

3.3ml

Solution C2

14ml

Solution C3

11ml

Solution C4

72ml

Solution C5

30ml

Solution C6

6ml

Spin Filters(units in 2ml Tubes)

50

2 ml Collection Tubes

200

△實(shí)驗(yàn)前請(qǐng)先逐一檢查試劑!

保存:組分室溫(15-30℃)保存。

操作步驟

1、加入 0.25g 糞便或生物固體到 Dry Bead Tube 中。
注意:水分、多糖和蛋白含量較高的糞便樣品(如胎便、某些鳥(niǎo)類(lèi)糞便)減少加樣量(0.1g)能提高 DNA 得率和純度。

2、加入 750μl Bead Solution 到 Dry Bead Tube 中。輕輕渦旋混勻。
這一步發(fā)生了什么:把樣品加入到 Bead Tube 后,下一步就是樣品均質(zhì)化和細(xì)胞裂解。石榴石研磨珠和裂解裂解緩沖液可溶解和把樣品分散開(kāi)。

3、使用前先檢查 C1 溶液。若有沉淀,60℃水浴直至全部溶解。
這一步發(fā)生了什么:C1 溶液含有 SDS。溫度較低時(shí)會(huì)在瓶底形成白色沉淀。60℃水浴可重新溶解 SDS,并且對(duì)SDS 和其它組分性能無(wú)損?沙脽崾褂谩

4、加入 60μl C1 溶液,上下顛倒數(shù)次或輕輕渦旋混勻。
這一步發(fā)生了什么:C1 溶液含有 SDS 和其它裂解試劑可輔助細(xì)胞裂解。SDS 是種去垢劑,可降解細(xì)胞膜上的脂肪酸和油脂。

5、65℃水浴加熱 10min。
這一步發(fā)生了什么:糞便樣品雜合了許多多糖、脂類(lèi)、鹽和細(xì)胞等。加熱可加快裂解緩沖液與這些物質(zhì)的反應(yīng)速度,輔助裂解細(xì)胞。

6、把 Bead Tubes 水平放置到渦旋儀適配器上(MOBIO 貨號(hào):13000-V1-24)。最大轉(zhuǎn)速連續(xù)渦旋振蕩 10min。
這一步發(fā)生了什么:研磨珠與微生物細(xì)胞在裂解試劑包圍下震蕩,可使細(xì)胞破裂。MOBIO 的渦旋儀適配器是個(gè)簡(jiǎn)單而有效的附件,在渦旋振蕩過(guò)程中能把 Tube 管牢牢卡在渦旋儀上。你也可以用膠帶把 Tube 管固定在適配器上,但有可能在振蕩過(guò)程中松脫,影響樣品間條件一致性,降低得率。

7、13000g 離心 1min。

8、把上清轉(zhuǎn)移到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。約可獲得 400-500μl 上清。
這一步發(fā)生了什么:這一步約可獲得 400-500μl 上清液。預(yù)期的體積與樣品起始量有關(guān),不影響提取效率。

9、加入 250μl C2 溶液,輕輕渦旋混勻。4℃孵育 5min。
這一步發(fā)生了什么:C2 溶液為專(zhuān)利的 Inhibitor Removal Technology®(IRT)的一部分。它含有可沉淀多糖、細(xì)胞碎片和蛋白質(zhì)等非 DNA 的有機(jī)和無(wú)機(jī)物質(zhì)的試劑。這些有機(jī)和無(wú)機(jī)物質(zhì)會(huì)影響 DNA 純度并抑制下游實(shí)驗(yàn),必須去除。

10、13000g 離心 1min。

11、避開(kāi)沉淀,最多只轉(zhuǎn)移 600μl 上清到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。
這一步發(fā)生了什么:沉淀為多糖、細(xì)胞碎片、蛋白等非 DNA 有機(jī)和無(wú)機(jī)成分。為獲得最佳 DNA 得率和質(zhì)量,轉(zhuǎn)移上清時(shí)避開(kāi)沉淀。

12、加入 200μl C3 溶液,輕輕渦旋。4℃孵育 5min。13、13000g 離心 1min。

14、避開(kāi)沉淀,轉(zhuǎn)移上清到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。轉(zhuǎn)移的上清液不能超過(guò) 750μl。
這一步發(fā)生了什么:沉淀為多糖、細(xì)胞碎片、蛋白等非 DNA 有機(jī)和無(wú)機(jī)成分。為獲得最佳 DNA 得率和質(zhì)量,轉(zhuǎn)移上清時(shí)避開(kāi)沉淀。轉(zhuǎn)移的上清不能超過(guò) 750μl,否則會(huì)影響后續(xù) DNA 的吸附綁定。

15、C4 溶液使用前先搖勻。加入 1200μl C4 溶液到上清中,渦旋 5s 混勻。
這一步發(fā)生了什么:C4 溶液為高濃度鹽溶液?勺 DNA 牢牢地選擇性吸附到硅膠濾膜上,非 DNA 的有機(jī)和無(wú)機(jī)物質(zhì)不被吸附,但仍會(huì)少量殘留在濾膜上。

16、加載 650μl 上清到一個(gè) Spin Filter 中,13000g 離心 1min。棄去濾液,重復(fù)加載上清。

注意:一共需要加載 3 次上清。

高通量選項(xiàng):一次要處理大量樣品時(shí),步驟 16 會(huì)變得非常耗時(shí)。因此 MOBIO 開(kāi)發(fā)出了真空泵抽吸法。需要額外購(gòu)買(mǎi)真空泵適配器(MOBIO 貨號(hào):11992)。平底 Spin filter 在真空泵適配器幫助下能快速完成濾過(guò)動(dòng)作。

這一步發(fā)生了什么:DNA 在高濃度鹽環(huán)境下選擇性地吸附到離心柱硅膠濾膜上。雜質(zhì)通過(guò)濾膜,剩下 DNA 留在濾膜上。

17、加入 500μl C5 溶液,13000g 離心 1min。
這一步發(fā)生了什么:C5 是含有酒精的沖洗緩沖液,可進(jìn)一步?jīng)_洗離心柱硅膠濾膜上的 DNA。沖洗緩沖液還能去除硅濾膜上殘留的少量含和其它雜質(zhì)。

18、棄去濾液。
這一步發(fā)生了什么:濾液不含 DNA。

19、13000g 再次離心 1min。
這一步發(fā)生了什么:再次離心去除殘留的 C5 溶液(含有酒精的沖洗緩沖液)。含有酒精的 C5 溶液必須全部去除掉,以免影響后續(xù) PCR、消化、凝膠電泳等 DNA 應(yīng)用。

20、小心把 Spin Filter 轉(zhuǎn)移到一個(gè)干凈的 2ml Collection Tube(試劑盒提供)中。避免沾到任何 C5 溶液

21、加入 100μl C6 溶液到離心柱白色濾膜中心。你也可以用滅菌 DNA-Free PCR 級(jí)純水或 TE 緩沖液從硅膠離心柱上洗脫 DNA。

注意:用 100μl C6 溶液可獲得最佳的 DNA 得率。為了濃縮 DNA,C6 溶液使用量最少可以只加 50μl。C6 溶液用量少于 50μl 會(huì)嚴(yán)重影響洗脫效率。

這一步發(fā)生了什么:把 C6 溶液(滅菌洗脫緩沖液)加到離心柱白色濾膜中心,并潤(rùn)濕整個(gè)濾膜才能獲得最佳洗脫效果。C6 溶液(洗脫緩沖液)通過(guò)濾膜,DNA 在高濃度鹽環(huán)境下選擇性吸附到濾膜上,在 C6 溶液(10mM Tris)低鹽環(huán)境下洗脫下來(lái)。

22、13000g 離心 1min,棄去 Spin Filter。此時(shí) Tube 管中的 DNA 可直接用于下游實(shí)驗(yàn),無(wú)需進(jìn)一步處理。DNA建議-20℃~-80℃冷凍保存。C6 溶液不含 EDTA。要濃縮 DNA,可參考下文疑難點(diǎn)。

感謝選用 PowerFecalDNA Isolation Kit!

疑點(diǎn)難點(diǎn)

樣品處理量

本試劑盒設(shè)計(jì)每次提取 0.25g 糞便樣品。我們不推薦加樣超過(guò) 0.25g。含有大量蛋白質(zhì)、脂類(lèi)和多糖的某些糞便樣品,較少的加樣量(0.1g)可提高 DNA 得率和純度。

含水量較大的糞便樣品

若糞便樣品含有較多水分,可把樣品加入到 Bead tube 以后,10000g 離心 30s。抽掉所有游離水分。接著步驟 2 繼續(xù)。

DNA 擴(kuò)增失敗

  • 通過(guò)凝膠電泳和分光光度法同時(shí)檢測(cè) DNA 得率。過(guò)濃的 DNA 模板會(huì)抑制 PCR 擴(kuò)增。
  • 使用 PowerFecal™ DNA Isolation Kit 提取的 DNA 通常不需要稀釋模板 DNA,但也可一試。
  • 若經(jīng)過(guò)上述方法,DNA 仍擴(kuò)增失敗,請(qǐng)檢查 PCR 反應(yīng)體系(修改反應(yīng)條件和重新選擇引物)。

可選裂解方法

  • 為減少 DNA 斷裂: 加入 C1 溶液后,渦旋 3-4s,然后 70℃水浴 5min。渦旋 3-4s,再加熱 5min。渦旋 3-4s。此可選處理方法能減少 DNA 斷裂,但也會(huì)降低得率。

濃縮 DNA

最終 DNA 體積為 100μl。要濃縮 DNA 可加入 10μl 5M NaCl,上下顛倒 3-5 次混勻。然后加入 200μl 100%冷乙醇,上下顛倒 3-5 次混勻。室溫 10000g 離心 5s。棄去所有上清。用真空離心蒸發(fā)器、干燥器或冷干機(jī)除去殘余乙醇。用去離子水或滅菌 10mM Tirs 重懸 DNA。

DNA 保存

洗脫到 C6 溶液(10mM Tris)的 DNA 必須保存在-20℃~-80℃防止降解。為了延長(zhǎng)保存時(shí)間,建議把 DNA 等分后-80℃保存。你也可以用 TE 緩沖液洗脫 DNA,而 EDTA 會(huì)抑制下游 PCR 等酶反應(yīng),不建議采用。

來(lái)源:上海一基實(shí)業(yè)有限公司
聯(lián)系電話(huà):021-60536261
E-mail:2851717098@qq.com

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匿名 (114.226.162.211)
我們做實(shí)驗(yàn)用的是biog試劑盒,時(shí)間短,糞便預(yù)處理后,可在15分鐘內(nèi)完成操作,快速便捷。產(chǎn)率高,同樣的樣本量提取的RNA更多,純度高,最大限度地去除蛋白、色素、脂類(lèi)、雜質(zhì)污染,可以直接應(yīng)用于PCR實(shí)驗(yàn)
2018-12-5 15:53:00
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