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高通量測(cè)序(NGS)的結(jié)果可能是錯(cuò)誤的!

瀏覽次數(shù):898 發(fā)布日期:2016-9-23  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

基因檢測(cè)技術(shù)曾多次被評(píng)為全球顛覆性技術(shù),但是其混亂的商業(yè)應(yīng)用也一直為業(yè)內(nèi)所詬病。隨著個(gè)體化醫(yī)療的發(fā)展和"精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)"概念的提出,基因檢測(cè)被越來(lái)越多地應(yīng)用于臨床腫瘤診斷與治療中。同時(shí),隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,基因檢測(cè)市場(chǎng)愈加火爆。在被稱(chēng)為"無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)后的下一塊大蛋糕"的腫瘤診斷與治療市場(chǎng),出現(xiàn)了各種各樣的基因檢測(cè)機(jī)構(gòu),但測(cè)序質(zhì)量良莠齊、數(shù)據(jù)解讀差異甚大,常常出現(xiàn)錯(cuò)誤的診斷結(jié)果,影響最終治療決策,造成嚴(yán)重醫(yī)療后果。有的是測(cè)序不準(zhǔn)確,有的是認(rèn)定的變異基因與特定的疾病沒(méi)有關(guān)系,有的是基因與特定疾病有關(guān)系但卻沒(méi)有辨別出來(lái),這些都會(huì)造成誤診誤治。

準(zhǔn)確率的保障:標(biāo)準(zhǔn)品

基因診斷錯(cuò)誤率居高不下,主要原因就是沒(méi)有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。這種統(tǒng)一行業(yè)規(guī)范的缺乏,導(dǎo)致了不同人員、實(shí)驗(yàn)室,乃至不同平臺(tái)檢測(cè)的結(jié)果無(wú)法比較。清晰、穩(wěn)定、統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)是規(guī)范行業(yè)的第一步。標(biāo)準(zhǔn)品的使用應(yīng)貫穿在基因檢測(cè)的整個(gè)過(guò)程中。通過(guò)與標(biāo)準(zhǔn)品比較,可以得到結(jié)果的包括:DNA提取是否成功,提取了多少DNA,是否有所尋找的變異,病人樣本中有多少變異,每個(gè)突變位點(diǎn)的頻率是多少等信息!

 

標(biāo)準(zhǔn)品的使用在國(guó)外有著成熟的環(huán)境和經(jīng)驗(yàn)。以下Horizon Discovery公司對(duì)標(biāo)準(zhǔn)品的使用和分析可以一定程度上幫我們一窺究竟。

Horizon公司的核心技術(shù)為基因編輯。公司在該領(lǐng)域積累了超過(guò)十年的豐富經(jīng)驗(yàn)。公司已使用超過(guò)100種細(xì)胞系進(jìn)行基因編輯,編輯過(guò)的基因大于4000個(gè),涵蓋20種以上不同組織。

Horizon的基因診斷標(biāo)準(zhǔn)品的制作過(guò)程:首先對(duì)野生型細(xì)胞株進(jìn)行單克隆稀釋?zhuān)玫交虮尘跋鄬?duì)一致的Horizon野生細(xì)胞株。在此基礎(chǔ)上采用基因編輯平臺(tái)做出相對(duì)應(yīng)的單克隆突變細(xì)胞株。得到的這一對(duì)的細(xì)胞株(野生型+等位基因人工變異的細(xì)胞株)基因背景完全一致,唯一的差別僅僅在于基因編輯所引入的這個(gè)突變。通過(guò)改變野生型和突變型細(xì)胞株的比例,可以混合出任何不同等位基因頻率的標(biāo)準(zhǔn)品,提供完美的濃度梯度。該標(biāo)準(zhǔn)品的發(fā)明被譽(yù)為基因檢測(cè)領(lǐng)域的金標(biāo)準(zhǔn),還獲得2013年歐洲科學(xué)家雜志的全球十大發(fā)明獎(jiǎng)。

紐約州指導(dǎo)文件針對(duì)NGS的管理法案中“標(biāo)準(zhǔn)品的使用”部分有一系列的要求,包括精確的數(shù)量、精確的等位基因頻率以及對(duì)腫瘤樣本的精確反映。 人工合成核苷酸(Synthetic oligos)、 混合的野生細(xì)胞系 (Cell line mixtures)、病人樣本 (Primary tissue samples)、 嵌入人工合成核苷酸的野生細(xì)胞系 (Synthetic oligos spiked into cell DNA)等都不能達(dá)到以上的標(biāo)準(zhǔn)。Horizon的基因標(biāo)準(zhǔn)品解決了這一基因檢測(cè)領(lǐng)域的難題,使我們能夠真正了解測(cè)試的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。精確定義、定量,并且高度穩(wěn)定的標(biāo)準(zhǔn)品是目前業(yè)界最為需要的參考標(biāo)準(zhǔn)。

目前,實(shí)驗(yàn)室使用基因測(cè)試方法不同且沒(méi)有統(tǒng)一參考標(biāo)準(zhǔn)。歐洲基因測(cè)試質(zhì)量考核中心2011年的測(cè)試數(shù)據(jù)曾表明各個(gè)實(shí)驗(yàn)室的實(shí)驗(yàn)方法不一,結(jié)果不統(tǒng)一、假陽(yáng)性和假陰性問(wèn)題頻繁。而我國(guó)情況更為嚴(yán)重。 如上文所說(shuō),中國(guó)KRAS 檢測(cè)錯(cuò)誤率達(dá)到45%,與歐洲國(guó)家的4-5%以上有很大差別。標(biāo)準(zhǔn)品的引進(jìn)和使用在某種程度上對(duì)基因檢測(cè)準(zhǔn)確率的提高有著不可忽視的作用。希望國(guó)外的先進(jìn)技術(shù)和經(jīng)驗(yàn)?zāi)軌蛟缛兆哌M(jìn)中國(guó),使基因檢測(cè)行業(yè)早日走上正軌,迎來(lái)更快更好的發(fā)展!

 

Horizon Discovery是一家總部位于英國(guó)劍橋的跨國(guó)生物科技公司。公司成立于2005年,是一個(gè)創(chuàng)新主導(dǎo)的科技公司。Horizon的技術(shù)核心是基因編輯技術(shù),至今已經(jīng)有超過(guò)十年基因編輯經(jīng)驗(yàn)。從早期的rAAV技術(shù)到ZFN、CRISPR,Horizon都有專(zhuān)利授權(quán)。目前,Horizon憑其世界一流的技術(shù),為全球50個(gè)國(guó)家的超過(guò)1000個(gè)專(zhuān)業(yè)機(jī)構(gòu)客戶(hù)提供產(chǎn)品和服務(wù)以及研發(fā)合作。公司服務(wù)于生命科學(xué)相關(guān)的學(xué)術(shù)界、科技公司、診斷公司、醫(yī)藥公司等不同領(lǐng)域。Horizon大大推進(jìn)了個(gè)體化醫(yī)療和精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展。Horizon致力于在這場(chǎng)個(gè)體化醫(yī)療的革命中通過(guò)增加對(duì)疾病在基因水平上的認(rèn)識(shí)為病人帶來(lái)更好的診斷和治療結(jié)果以及實(shí)現(xiàn)醫(yī)療保健資源。 

來(lái)源:默瑞(上海)生物科技有限公司
聯(lián)系電話:4006-400-850
E-mail:info@moreybio.com

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