黃粉甲觸角轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及嗅覺(jué)基因鑒定在鞘翅目嗅覺(jué)基因功能研究中的應(yīng)用
最新一期《Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics》（SCI收錄，IF=2.823）雜志報(bào)導(dǎo)了安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)植保學(xué)院的研究人員在昆蟲(chóng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方面的研究論文，該課題組利用第二代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)黃粉甲觸角組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，并鑒定出數(shù)十條編碼嗅覺(jué)蛋白的基因。安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)植保學(xué)院的劉蘇博士和李世廣博士分別是本文的第一作者和通訊作者。
背景介紹
昆蟲(chóng)靈敏的嗅覺(jué)在其生存與繁衍中扮演重要角色。與高等脊椎動(dòng)物不同，昆蟲(chóng)的嗅覺(jué)系統(tǒng)較為復(fù)雜，有多個(gè)嗅覺(jué)蛋白家族參與其中，如氣味結(jié)合蛋白OBPs、化學(xué)感受蛋白CSPs、氣味受體ORs、離子型受體IRs、感覺(jué)神經(jīng)元膜蛋白SNMPs等。目前，針對(duì)昆蟲(chóng)嗅覺(jué)蛋白編碼基因的研究，多集中于鱗翅目昆蟲(chóng)，而針對(duì)鞘翅目昆蟲(chóng)的研究較少。
結(jié)果分析
該課題組使用Illumina HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)對(duì)黃粉甲（Tenebrio molitor，一種鞘翅目昆蟲(chóng)）進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，使用CLC Genome Workbench軟件（版本6.0.4）進(jìn)行序列拼接。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得了52,216,616條clean reads，拼接獲得了35,363條unigenes。這些unigenes平均長(zhǎng)度451 bp，N50值為505 bp。其中18,820條unigenes與NCBI nr蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中已注釋的蛋白能夠較好地匹配（E-value<10-5）。Gene ontology（GO）和Cluster of Orthologous Groups（COG）也被用于分析這些基因的潛在功能。在35,363條unigenes中，有13,010條（36.79%）能夠匹配上至少一個(gè)GO的分子功能，而能夠匹配上至少一個(gè)COG功能的unigenes為11,544條（32.64%）。在黃粉甲觸角轉(zhuǎn)錄組中鑒定出了19個(gè)OBP基因，12個(gè)CSP基因，20個(gè)OR基因，6個(gè)IR基因，2個(gè)SNMP基因。本研究是首次對(duì)黃粉甲觸角進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。上述研究成果為深入研究鞘翅目嗅覺(jué)基因的功能奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。本課題中的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與分析服務(wù)由上海伯豪生物技術(shù)有限公司提供。
原文出處：Liu S, Rao XJ, Li MY, Feng MF, He MZ, Li SG. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp. Biochem. Physiol. D 2015, 13: 44-51.
- 空間和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)綜合分析揭示與不良預(yù)后相關(guān)的中間癌細(xì)胞群
- 單細(xì)胞測(cè)序助力揭示右心室容量超荷會(huì)通過(guò)免疫反應(yīng)重啟心肌細(xì)胞的增殖
- BS+ChIP-seq在揭示DNA甲基化調(diào)控非編碼RNA抑制腫瘤侵襲性中的應(yīng)用
- 靶基因甲基化測(cè)序(Target-BS)等在揭示特應(yīng)性皮炎新發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用
- ChIP等揭示糖皮質(zhì)激素和TET2共調(diào)控促進(jìn)癌癥轉(zhuǎn)移的表觀遺傳機(jī)制
- 游離細(xì)胞DNA（cfDNA）檢測(cè)整體研究方案及其應(yīng)用案例
- DNA甲基化修飾整體研究方案技術(shù)介紹及經(jīng)典案例分析
- DNA甲基化詳解
- 伯豪董事長(zhǎng)出席專精特新中小企業(yè)發(fā)展壯大論壇并發(fā)言
- 伯豪生物雙11狂歡特惠活動(dòng)來(lái)襲，限時(shí)限量搶
- 怡美通德推出成本價(jià)體驗(yàn)單細(xì)胞測(cè)序（FFPE或全血）
- 伯豪生物2024系列培訓(xùn)班（陜西站）報(bào)名開(kāi)啟
- 伯豪單細(xì)胞Flex年中巨惠，1.1W/樣本活動(dòng)價(jià)即將截止
- 藍(lán)景科信DAP-seq技術(shù)相關(guān)文章6連發(fā)，總IF 95.2
- 伯豪生物2024單細(xì)胞空轉(zhuǎn)生信培訓(xùn)8月直播課開(kāi)啟報(bào)名
- 中生柏奧成為德國(guó)LenioBio中國(guó)區(qū)合作伙伴
Copyright(C) 1998-2024 生物器材網(wǎng) 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com