STRING是收錄多個(gè)物種預(yù)測(cè)的和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括直接的物理互作和間接的功能相關(guān)。結(jié)合差異表達(dá)分析結(jié)果和數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的互作關(guān)系對(duì)，構(gòu)建差異表達(dá)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)。分析過(guò)程中將差異表達(dá)蛋白映射到STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中，獲得差異蛋白的相互作用關(guān)系信息。由于STING數(shù)據(jù)庫(kù)除了包含有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、從PubMed摘要中文本挖掘的結(jié)果和綜合其他數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)外，還有利用生物信息學(xué)的方法預(yù)測(cè)的結(jié)果，我們從搜索結(jié)果中篩選出綜合打分大于0.4（Medium）的蛋白互作關(guān)系對(duì)，并采用合適的生物信息學(xué)分析軟件對(duì)相互作用結(jié)果進(jìn)行可視化。結(jié)果如圖所示:

圖1 差異表達(dá)蛋白互作信息不同來(lái)源的證據(jù)（Evidence）

差異表達(dá)蛋白互作信息不同來(lái)源的證據(jù)(Evidence)2

圖2 差異表達(dá)蛋白互作強(qiáng)度信息圖（Confidence）

注：圓圈（node)表示蛋白質(zhì)，不同顏色表示不同的蛋白質(zhì)，圓圈里是蛋白的三維結(jié)構(gòu)。直線表示蛋白質(zhì)之間的相互作用關(guān)系。線越粗表示二者的互作關(guān)系越強(qiáng)。暗色的線表示在evidence view的圓中有關(guān)系，但在actions圖中沒(méi)有關(guān)系。

圖3 差異表達(dá)蛋白之間不同的作用模式（Actions）

差異表達(dá)蛋白之間不同的作用模式(Actions)2