KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）數(shù)據(jù)庫是系統(tǒng)分析基因產(chǎn)物在細胞中的代謝途徑以及這些基因產(chǎn)物功能的數(shù)據(jù)庫。KEGG該數(shù)據(jù)庫有助于把基因及表達信息作為一個整體的網(wǎng)絡進行研究。KEGG整合了基因組、化學分子和生化系統(tǒng)等方面的數(shù)據(jù)，包括代謝通路（PATHWAY）、藥物（DRUG）、疾病（DISEASE）、基因序列（GENES）及基因組（GENOME）等。

1. 所有鑒定蛋白KEGG Mapping結(jié)果統(tǒng)計

蛋白質(zhì) mapping 結(jié)果統(tǒng)計表

2. 所有鑒定蛋白KEGG結(jié)果注釋統(tǒng)計

KEGG 注釋結(jié)果統(tǒng)計表

3. KEGG通路注釋統(tǒng)計

在生物體內(nèi)，不同的基因產(chǎn)物相互協(xié)調(diào)來行使生物學功能，對差異表達基因的通路（Pathway）注釋分析有助于進一步解讀基因的功能。差異表達蛋白的通路注釋圖，如下：

圖1 KEGG注釋結(jié)果通路圖

注：相對于對照組來說，紅色框標記的酶與上調(diào)蛋白有關，綠色框標記的酶與下調(diào)蛋白有關。藍色框標記的酶與上調(diào)和下調(diào)蛋白均有關，框內(nèi)的數(shù)字代表酶的編號（EC number），而整個通路由多種酶催化的復雜生化反應構成，此通路圖中與差異表達基因相關的酶均用不同的顏色標出，根據(jù)研究對象間的差異，重點研究某些代謝通路相關蛋白的差異表達情況，通過通路解釋表型差異的根源。

4. KEGG通路分類
對差異表達基因KEGG的注釋結(jié)果按照KEGG中通路類型進行分類，結(jié)果如下圖所示：

圖2 差異表達蛋白的KEGG分類圖

注：縱坐標為KEGG代謝通路的名稱，橫坐標為注釋到該通路下的蛋白個數(shù)及其個數(shù)占被注釋上的蛋白總數(shù)的比例。

5. KEGG通路富集分析
分析差異表達蛋白在某一通路上是否過出現(xiàn)（over-presentation）即為差異表達蛋白的通路富集分析。我們采用Kobas軟件進行差異表達蛋白的KEGG通路富集分析。差異表達蛋白的KEGG通路富集分析結(jié)果見下圖

圖3 差異表達蛋白KEGG通路富集統(tǒng)計圖

注：圖中每一個點表示一個KEGG通路，通路名稱見左側(cè)坐標軸。橫坐標為富集因子（Enrichment Factor），表示差異表達蛋白中注釋到該通路的蛋白比例與該物種蛋白注釋到某通路的蛋白比例的比值。富集因子越大，表示差異蛋白在該通路中的富集顯著性越可靠。