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       分子對(duì)接的本質(zhì)是兩個(gè)或多個(gè)分子之間的識(shí)別過程，涉及分子之間的空間匹配和能量匹配。對(duì)接軟件將小分子放在靶標(biāo)分子的活性位點(diǎn)處，通過不斷優(yōu)化受體化合物的位置、構(gòu)象、分子內(nèi)部可旋轉(zhuǎn)鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側(cè)鏈和骨架， 尋找受體小分子化合物與靶標(biāo)大分子作用的最佳構(gòu)象，并預(yù)測(cè)其結(jié)合模式和親和力。

       Autodock Vina和DOCK6是兩個(gè)廣泛應(yīng)用的開源免費(fèi)分子對(duì)接軟件，有著相當(dāng)高的準(zhǔn)確性。盡管如此，進(jìn)行準(zhǔn)確的分子對(duì)接計(jì)算仍需謹(jǐn)慎。由于生物大分子與小分子的識(shí)別過程相當(dāng)復(fù)雜，研究者不可忽視對(duì)研究體系的充分了解，比如，熱點(diǎn)殘基和關(guān)鍵相互作用的識(shí)別，口袋內(nèi)水分子的去留，金屬離子的處理。同時(shí)，實(shí)驗(yàn)測(cè)得的生物大分子三維結(jié)構(gòu)常常包含各種各樣的問題，比如精度過低、原子缺失。這些都將嚴(yán)重影響分子對(duì)接結(jié)果的準(zhǔn)確性。因此，對(duì)接前處理顯得尤其重要。大量研究表明，對(duì)于與共結(jié)晶配體分子結(jié)構(gòu)差異較大的化合物，或者受體口袋空間較大（或較�。┗蛉嵝暂^大的體系，采取默認(rèn)參數(shù)與操作經(jīng)常會(huì)得到令人失望的結(jié)果。常見的情況是，同一骨架的衍生物結(jié)合模式理應(yīng)相仿，卻得到取向各異的構(gòu)象；按照對(duì)接打分進(jìn)行排序，活性較好的化合物排序靠后，活性較差的化合物排序靠前。另外，計(jì)算機(jī)的運(yùn)算性能也是制約大規(guī)模分子對(duì)接的因素之一。這些情況下，都需要加入更多經(jīng)驗(yàn)指導(dǎo)或進(jìn)行特殊處理。

我們采用分子對(duì)接方法，主要進(jìn)行以下兩方面的研究：

• 結(jié)合模式預(yù)測(cè)

    研究/預(yù)測(cè)活性小分子與生物大分子之間的相互作用，了解其作用機(jī)制。

• 高通量虛擬篩選

    從化學(xué)數(shù)據(jù)庫中快速找到具有潛在活性的小分子，節(jié)省實(shí)驗(yàn)成本，提高命中率。

　　若條件允許，前者需考察對(duì)接軟件（方法）的結(jié)合構(gòu)象重現(xiàn)能力（reproducibility），即進(jìn)行重對(duì)接（re-dock）或稱自身對(duì)接（self-dock），后者則需要考察篩選性能，包括富集率、擬合優(yōu)度。只有經(jīng)過嚴(yán)謹(jǐn)科學(xué)的處理，才能確保簡(jiǎn)單的對(duì)接過程得到準(zhǔn)確的計(jì)算結(jié)果。

　　分子對(duì)接的基本流程為：

1. 對(duì)接前結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備，包括：受體結(jié)構(gòu)與小分子化合物（庫）；
2. 分子對(duì)接計(jì)算，包括：構(gòu)象搜索和打分評(píng)價(jià)；
3. 結(jié)果分析，包括：對(duì)接構(gòu)象或苗頭化合物挑選、結(jié)合模式分析、打分情況和作用力分析；等等。

殷賦科技在分子對(duì)接研究方面有相當(dāng)豐富的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)和核心技術(shù)，為廣大科研工作者提供高效高質(zhì)量的技術(shù)服務(wù)，歡迎垂詢！