微衛(wèi)星標(biāo)記(Microsatellite)也稱為短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)或簡單重復(fù)序列(SSR),是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復(fù)序列。
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微衛(wèi)星位點(diǎn)通常通過PCR擴(kuò)增和電泳檢測,并根據(jù)片段大小分離等位基因進(jìn)行分析;擴(kuò)增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測,1)傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳銀染的方法適用于前期批量引物篩選;2)利用ABI遺傳分析儀對熒光標(biāo)記的DNA片段進(jìn)行檢測,結(jié)合分子量內(nèi)標(biāo)進(jìn)行DNA片段長度計(jì)算,使STR分型變得高效快捷,適合大量樣本的檢測。
1.提供服務(wù)內(nèi)容
1 按照客戶要求設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)方案,包括是否需要引物篩選,熒光標(biāo)記的選擇,引物的設(shè)計(jì)、合成和標(biāo)記;引物組合的確定;
2-1 按照設(shè)計(jì)的試驗(yàn)方案完成引物篩選;(如果已經(jīng)選好跳過這一步)
2-2 完成熒光PCR,并在3730xl測序儀上完成數(shù)據(jù)采集;(前期會進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn))
3 對沒有擴(kuò)增出來的進(jìn)行二次PCR,再次檢測;
4 對收集的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,提取結(jié)果圖譜
5 可以去除影子帶進(jìn)行片段統(tǒng)計(jì)
6 標(biāo)準(zhǔn)分析: 根據(jù)毛細(xì)管電泳圖譜,將檢測峰判讀為對應(yīng)的等位基因;
高級分析: 聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點(diǎn)數(shù)(AP)、多態(tài)位點(diǎn)百分率( P)、平均等位
基因數(shù)(Na)、有效等位基因數(shù)(Ne)、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H)、Shanno′s
信息指數(shù)(I)、遺傳分化度(Gst)等。
2.目前已經(jīng)進(jìn)行的樣本類型:樹木,草,花卉,昆蟲,魚類,蝦類,真菌等;
3.客戶提供:
★ 基因組DNA:
●至少15μL樣品,濃度為50-100ng/μL;
●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶,沒有降解;
●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運(yùn)輸;
★ 動物材料: 新鮮組織,無水乙醇封存低溫運(yùn)輸;