PCR ARRAY介紹
PCR ARRAY又稱PCR芯片，運(yùn)用高通量熒光定量PCR方法，在一張96孔或384孔板上同時(shí)對某個(gè)信號通路或疾病相關(guān)基因的表達(dá)量變化進(jìn)行檢測，芯片上的基因包括了與研究對象有確定關(guān)系的基因或者待考證的基因；目前啟因生物針對不同的信號通路和疾病相關(guān)基因設(shè)計(jì)了150多款功能分類PCR芯片，涵蓋生命科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域。
人細(xì)胞自噬PCR芯片介紹
   啟因生物的人細(xì)胞自噬ARRAY含有84個(gè)與人細(xì)胞自噬相關(guān)的基因，包括形成自噬組件和自噬調(diào)節(jié)因子兩大部分，其中形成自噬組件的有：參與自噬性空泡形成的基因，負(fù)責(zé)蛋白質(zhì)靶向膜/真空的基因，負(fù)責(zé)蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)的基因，將自噬體與溶酶體連接的基因，參與蛋白質(zhì)泛素化的基因和具有蛋白酶活性的基因；參與自噬調(diào)節(jié)的基因有：自噬和細(xì)胞凋亡的共調(diào)節(jié)因子，自噬和細(xì)胞周期的共調(diào)節(jié)因子，細(xì)胞內(nèi)病原體自噬誘導(dǎo)，響應(yīng)于其他細(xì)胞內(nèi)信號的自噬和伴侶介導(dǎo)的自噬。
產(chǎn)品說明

產(chǎn)品名稱	人細(xì)胞自噬PCR芯片
英文名稱	Human Autophagy PCR Array
貨    號	sp-TWCPAHM-0002
基因數(shù)目	84個(gè)
基因名稱	見基因列表
檢測費(fèi)用	1260元/樣
樣本類型	細(xì)胞，組織等
項(xiàng)目周期	2周（不含節(jié)假日）
實(shí)驗(yàn)結(jié)果	原始數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)分析
技術(shù)原理	*相對定量，SYBR Green法

*相對定量：用于測定一個(gè)測試樣本中目標(biāo)基因與校正樣本中同一基因表達(dá)的相對變化。校正樣本可以是一個(gè)未經(jīng)處理的對照或者是在一個(gè)實(shí)驗(yàn)研究中處于零時(shí)的樣本。
服務(wù)特點(diǎn)

• 只需提供樣品
• 數(shù)據(jù)分析多樣性選擇
• 中低通量，一次性檢測多個(gè)相關(guān)基因的表達(dá)水平
• 周期短
• 結(jié)果不需要qPCR驗(yàn)證

服務(wù)流程

• 確定實(shí)驗(yàn)方案，簽合同
• 樣品寄出（-80℃順豐寄出）
• 收樣后進(jìn)行質(zhì)控
• 質(zhì)控過關(guān)，上機(jī)檢測
• 數(shù)據(jù)分析

樣品預(yù)處理方法
為了避免樣品中RNA降解，需對樣品進(jìn)行預(yù)處理。

樣品類型	處理方法	送樣量
貼壁細(xì)胞	①倒出培養(yǎng)液，用 1×PBS 清洗一次。 ② 每 10 cm2生長的培養(yǎng)細(xì)胞中加入 1-2 ml 的trizol，輕微晃動，確保使裂解液均勻分布于細(xì)胞表面。③ 將內(nèi)含細(xì)胞的裂解液轉(zhuǎn)移至離心管中，-80℃保存	至少1×106個(gè)細(xì)胞
懸浮細(xì)胞	①將懸浮培養(yǎng)細(xì)胞連同培養(yǎng)液一起倒入離心管中，8,000 g 4℃離心2 分鐘，棄上清。 ② 向細(xì)胞中加入 1 ml 的 trizol，-80℃保存	至少1×106個(gè)細(xì)胞
組織（動物器官類）	離心管中加1 ml 的 trizol，確保浸沒組織，-80℃保存	至少20mg,約小黃豆大小

 
檢測流程：

• 樣品總RNA提取
• RNA質(zhì)量檢測，檢測RNA純度及完整度，提供RNA質(zhì)量報(bào)告；
• cDNA合成，使用逆轉(zhuǎn)錄酶，將樣品RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA；
• 實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)；
• 數(shù)據(jù)分析，計(jì)算PCR芯片中的各個(gè)Ct值，采用ΔΔCt方法比較基因的表達(dá)變化，并利用公司自主開發(fā)的數(shù)據(jù)分析軟件進(jìn)行比較。

  
基因列表 
Autophagy Machinery Components:
Genes Involved in Autophagic Vacuole Formation: AMBRA1 (NYW1), ATG12, ATG16L1, ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D, ATG5, ATG9A, ATG9B, BECN1, GABARAP, GABARAPL1, GABARAPL2, IRGM, MAP1LC3A, MAP1LC3B, RGS19, ULK1, WIPI1.
Genes Responsible for Protein Targeting to Membrane / Vacuole: ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D, GABARAP.
Genes Responsible for Protein Transport: ATG10, ATG16L1, ATG16L2, ATG3, ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D, ATG7, ATG9A, GABARAP, GABARAPL2, RAB24.
Genes Linking Autophagosome to Lysosome: DRAM1, GABARAP, LAMP1, NPC1.
Genes Involved in Protein Ubiquitination: ATG3, ATG7, HDAC6.
Genes with Protease Activity: ATG4A, ATG4B, ATG4C, ATG4D.
Regulation of Autophagy:
Co-Regulators of Autophagy and Apoptosis: AKT1, APP, ATG12, ATG5, BAD, BAK1, BAX, BCL2, BCL2L1 (BCL-X), BECN1, BID, BNIP3, CASP3, CASP8 (FLICE), CDKN1B (p27KIP1), CDKN2A (p16INK4), CLN3, CTSB, CXCR4, DAPK1, DRAM1, EIF2AK3, FADD, FAS (TNFRSF6), HDAC1, HTT, IFNG, IGF1, INS, MAPK8 (JNK1), MTOR, NFKB1, PIK3CG, PRKAA1, PTEN, SNCA, SQSTM1, TGFB1, TGM2, TNF, TNFSF10 (TRAIL), TP53.
Co-Regulators of Autophagy and the Cell Cycle: BAX, CDKN1B (p27KIP1), CDKN2A (p16INK4), IFNG, PTEN, RB1, TGFB1, TP53.
Autophagy Induction by Intracellular Pathogens: EIF2AK3, IFNG, LAMP1.
Autophagy in Response to Other Intracellular Signals: CTSD, CTSS, DRAM2 (TMEM77), EIF4G1, ESR1 (ERa), GAA, HGS, MAPK14, PIK3C3 (VPS34), PIK3R4, RPS6KB1, TMEM74, ULK2, UVRAG.
Chaperone-Mediated Autophagy: HSP90AA1, HSPA8.
 
參考文獻(xiàn)
Zhu J J, Liu Y F, Zhang Y P, et al. VAMP3 and SNAP23 mediate the disturbed flow-induced endothelial microRNA secretion and smooth muscle hyperplasia[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017, 114(31): 8271-8276. (IF9.661)
Zheng H S, Guo W Q, Wu Q L, et al. Electro-peroxone pretreatment for enhanced simulated hospital wastewater treatment and antibiotic resistance genes reduction[J]. Environment international, 2018, 115: 70-78. (IF7.088)
Pu C, Liu H, Ding G, et al. Impact of direct application of biogas slurry and residue in fields: In situ analysis of antibiotic resistance genes from pig manure to fields[J]. Journal of Hazardous Materials, 2018, 344: 441-449.（IF6.065）
 

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