DNA羥甲基化芯片技術(shù)服務(wù)
 

    DNA 羥甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾，對(duì)基因的表達(dá)起調(diào)控作用，在神經(jīng)分化和癌癥中發(fā)揮重要的作用。這種新的DNA甲基化修飾形式—5羥甲基胞嘧啶修飾在哺乳動(dòng)物細(xì)胞組織廣泛存在。這種羥甲基化修飾被認(rèn)為是雙加氧酶家族TET通過(guò)氧化5甲基化胞嘧啶形成的。為深入了解5hmC的作用，我們就必須清楚5hmC在基因組的分布情況。然而，傳統(tǒng)的基于重亞硫酸鹽的方法無(wú)法區(qū)分5-hmC和5-mc。5-hmC單克隆抗體捕獲法是研究DNA羥基化修飾的利器，結(jié)合芯片技術(shù)以及生物信息分析，可以獲得全基因組羥甲基化分布圖，從而能幫助我們從一個(gè)新的角度來(lái)解析胚胎發(fā)育，神經(jīng)細(xì)胞分化以及癌癥發(fā)生的分子機(jī)制。

    國(guó)際知名芯片公司Arraystar和羅氏-NimbleGen設(shè)計(jì)的羥甲基化DNA免疫共沉淀芯片hMeDIP-chip則為我們檢測(cè)5hmC的水平提供了有效的研究工具。

 Arraystar 4x180K啟動(dòng)子芯片

    Arraystar 啟動(dòng)子芯片是為研究非編碼RNA啟動(dòng)子區(qū)域的表觀遺傳修飾和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合情況而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品。Arraystar分別針對(duì)mRNA，LncRNA，miRNA的啟動(dòng)子區(qū)域設(shè)計(jì)了不同的180K芯片產(chǎn)品，可以滿足不同客戶的需求。180 K的人、小鼠甲基化芯片，基因啟動(dòng)子的覆蓋范圍近2kb，是一款高品質(zhì)高性價(jià)比的啟動(dòng)子芯片產(chǎn)品。

Arraystar RefSeq 啟動(dòng)子芯片產(chǎn)品列表

 
Arraystar  ncRNA 啟動(dòng)子芯片產(chǎn)品列表

Arraystar 癌癥相關(guān)甲基化芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片
    Arraystar 4 x 180K Block芯片是專門為研究癌癥相關(guān)的block區(qū)域而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品，覆蓋位于7088個(gè)block區(qū)域中的2554個(gè)蛋白編碼基因、8481個(gè)長(zhǎng)鏈非編碼RNA、463個(gè)miRNA genes。通過(guò)這款芯片可以檢測(cè)block區(qū)域中的基因和LncRNA的甲基化變化，組蛋白修飾以及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合情況。此外，結(jié)合Arraystar Block表達(dá)譜芯片，還可以了解甲基化變化與基因表達(dá)水平間的聯(lián)系。

 Arraystar 4 x 180K DMR芯片

    Arraystar 4 x 180K DMR芯片是專門為研究癌癥相關(guān)的差異甲基化區(qū)域而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品，覆蓋12113個(gè)與癌癥、組織及細(xì)胞分化相關(guān)的small DMRs, 以及11380個(gè)與這些small DMRs相鄰的CpG島及CpG島岸。通過(guò)這款芯片不但可以檢測(cè)癌癥相關(guān)的甲基化變化，還可以了解引起這種甲基化變化的CpG島邊界漂移模式，從而更加全面直觀的解析癌癥甲基化組。

  
Roche-NimbleGen CpG promoter芯片
    單芯片設(shè)計(jì)覆蓋所有UCSC注釋的CpG島和所有RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)基因的啟動(dòng)子區(qū)，720K的人甲基化芯片，基因啟動(dòng)子的覆蓋范圍達(dá)3-4kb，覆蓋幾乎所有的CpG島，在500bp長(zhǎng)度的區(qū)域內(nèi)可以達(dá)到2個(gè)CpG位點(diǎn)的靈敏度，是一款覆蓋區(qū)域非常全面的芯片產(chǎn)品。
    至今，已有很多國(guó)內(nèi)外生物學(xué)家利用NimbleGen CpG啟動(dòng)子芯片的研究成果發(fā)表于國(guó)際頂級(jí)期刊。

康成生物羥甲基化芯片服務(wù)技術(shù)優(yōu)勢(shì)

*  一站式服務(wù)：客戶只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作（圖1）和數(shù)據(jù)分析流程，并提供完整的實(shí)驗(yàn)報(bào)告。

*  hMeDIP富集效果特異性佳：hMeDIP是獲得準(zhǔn)確測(cè)序數(shù)據(jù)的關(guān)鍵。康成在表觀遺傳領(lǐng)域有著豐富的經(jīng)驗(yàn)，hMeDIP平臺(tái)經(jīng)過(guò)不斷地優(yōu)化，抗體富集效率高和特異性好。

*  嚴(yán)格的質(zhì)控體系：康成生物在hMeDIP-chip每個(gè)關(guān)鍵步驟都加入了質(zhì)控實(shí)驗(yàn)。這些QC數(shù)據(jù)能夠評(píng)估每個(gè)步驟的實(shí)驗(yàn)質(zhì)量。如果達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)，我們會(huì)重復(fù)實(shí)驗(yàn)步驟或者優(yōu)化實(shí)驗(yàn)體系，使得每個(gè)樣品都能夠達(dá)到質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)（圖1，2）。

*  豐富的生物信息學(xué)分析：除了嚴(yán)謹(jǐn)，可靠的實(shí)驗(yàn)體系，康成生物還有強(qiáng)大的生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)，為客戶提供paper級(jí)的圖表和深入的數(shù)據(jù)分析服務(wù)

康成生物DNA羥甲基化芯片技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)流程
1. 超聲打斷基因組
    將基因組DNA超聲打斷成400bp-500bpDNA片段
2. 羥甲基化DNA免疫共沉淀
    a)  加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份
    b)  其中一份單鏈DNA樣品加入抗5’-羥甲基化胞嘧啶核苷抗體
    c)  用免疫磁珠法分離b步樣品中5’羥甲基化DNA片段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉
    d)  純化免疫共沉淀的DNA片段（hMeDIP）
    e）評(píng)估免疫共沉淀的富集效率
3. hMeDIP與 Input DNA片段線性擴(kuò)增
    使用Sigma WGA Kit對(duì)上述兩份DNA片段（hMeDIP 與 Input）進(jìn)行擴(kuò)增。該步驟使檢測(cè)的靈敏度得到大幅度提升，用微量的檢測(cè)樣品就能得到精確的檢測(cè)結(jié)果
4. 熒光標(biāo)記
    對(duì)hMeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進(jìn)行標(biāo)記
5. 芯片雜交
    標(biāo)記后的hMeDIP與Input樣品混合、變性，與甲基化微陣列檢測(cè)芯片雜交
6. 圖像采集和數(shù)據(jù)分析
    用高解析度芯片掃描儀檢測(cè)雜交信號(hào)；用專業(yè)商用分析軟件對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)提取、標(biāo)準(zhǔn)化、峰值分析、報(bào)告
7. 提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告 包括詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)方法和芯片實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和圖表
    ● Scanning Image：Cy3、Cy5熒光掃描圖像
    ● Raw Data：包括每個(gè)探針的熒光信號(hào)強(qiáng)度原始數(shù)據(jù)
    ● Probe Report：經(jīng)過(guò)校正得到每個(gè)探針的log2(hMeDIP/input)值以及p-value值。
    ● log2(hMeDIP/input)值代表每個(gè)探針在hMeDIP DNA和input DNA中的相對(duì)富集強(qiáng)度, P-Value表示探針紅綠信號(hào)差異是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示該探針越有可能代表一個(gè)甲基化事件，P-Value由修正的KS檢驗(yàn)算法計(jì)算
    ● Peaks Report：Peaks代表可能的DNA羥甲基化區(qū)域，由專業(yè)商用軟件計(jì)算，報(bào)告包括可能的Peaks的染色體定位信息以及Peaks周圍的基因和CpG島的相關(guān)信息
    ● Summary Report: 提供多樣本之間Peaks區(qū)域的比較以及匯總以提供參考
8. Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）
    Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重復(fù)組中多樣本log2ratio的平均值分析組間差異甲基化區(qū)域，從而使得用重復(fù)樣本實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行甲基化結(jié)果的比較及差異甲基化區(qū)域的鑒定成為可能，這對(duì)于后續(xù)實(shí)驗(yàn)及分析是非常重要的

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上�？党缮�物工程有限公司自2002年起專注于生物科研技術(shù)服務(wù)，是國(guó)內(nèi)最早一批專業(yè)提供生命科學(xué)前沿研究技術(shù)服務(wù)的高科技企業(yè)。為進(jìn)一步拓展在醫(yī)學(xué)科研服務(wù)領(lǐng)域業(yè)務(wù)的深度和廣度，向多譜領(lǐng)域發(fā)展，重塑品牌 Aksomics（數(shù)譜生物）。Aksomics全面整合公司在非編碼RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表觀遺傳學(xué)、蛋白組學(xué)等檢測(cè)方向的核心技術(shù)，依靠自身優(yōu)秀的研發(fā)、技術(shù)、營(yíng)銷和服務(wù)團(tuán)隊(duì)，憑借國(guó)際領(lǐng)先的技術(shù)平臺(tái)和高標(biāo)準(zhǔn)的質(zhì)控體系，形成了涵蓋表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等各個(gè)研究領(lǐng)域的一站式技術(shù)平臺(tái)。

【表觀基因組學(xué)】 DNA甲基化芯片、DNA羥甲基化芯片、染色質(zhì)免疫共沉淀芯片、DNA甲基化測(cè)序、DNA羥甲基化測(cè)序、染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】LncRNA芯片、LncPath™芯片、環(huán)狀RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因組表達(dá)譜芯片、RNA測(cè)序、RNA m6A甲基化測(cè)序、small RNAs測(cè)序系列（microRNA測(cè)序、tRF&tiRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、piRNA測(cè)序等）、LC-MS tRNA修飾檢測(cè)、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，F(xiàn)unctional LncRNA）、miRStar™癌癥特異性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分類PCR芯片、LncRNA實(shí)時(shí)定量PCR、環(huán)狀RNA實(shí)時(shí)定量PCR、tRF&tiRNA實(shí)時(shí)定量PCR、microRNA實(shí)時(shí)定量PCR、mRNA實(shí)時(shí)定量PCR

【蛋白組學(xué)平臺(tái)】TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)服務(wù)、Lable-free定量蛋白組學(xué)服務(wù)、磷酸化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、泛素化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、N-糖基化修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、乙�；�修飾蛋白組學(xué)服務(wù)、蛋白-蛋白相互作用組學(xué)

【代謝組學(xué)】靶向代謝組學(xué)、非靶向代謝組學(xué)

【外泌體組學(xué)】外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)、外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、外泌體代謝組學(xué)
康成生物為Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等國(guó)際知名品牌提供技術(shù)服務(wù)�？党煽蛻舨捎酶黝惣夹g(shù)服務(wù)發(fā)表的SCI論文已超560篇�？党缮�物將持續(xù)聚焦生命科學(xué)發(fā)展的挑戰(zhàn)，提供有競(jìng)爭(zhēng)力的產(chǎn)品和服務(wù)，持續(xù)為客戶創(chuàng)造最大價(jià)值。

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