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康成生物為您提供DNA甲基化芯片技術(shù)服務(wù)，您只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作。
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| [發(fā)表評(píng)論] [本類(lèi)其他服務(wù)] [本類(lèi)其他服務(wù)商] | ||||||||||||||||||
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DNA甲基化芯片(MeDIP-chip)技術(shù)服務(wù)
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的重要組成部分，在維持正常細(xì)胞功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類(lèi)腫瘤發(fā)生中起著重要作用，是目前新的研究熱點(diǎn)之一。隨著對(duì)甲基化研究的不斷深入，各種各樣甲基化檢測(cè)方法應(yīng)運(yùn)而生。其中，MeDIP-chip(MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation)是目前高通量分析基因組DNA甲基化變化的一種準(zhǔn)確可靠的實(shí)驗(yàn)技術(shù)，運(yùn)用該技術(shù)，可以檢測(cè)全基因組范圍內(nèi)的甲基化位點(diǎn)；研究啟動(dòng)子甲基化對(duì)基因的調(diào)控；比較不同組織、細(xì)胞、腫瘤等的甲基化圖譜以及尋找診斷和預(yù)后的分子標(biāo)志物。
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康成生物為您提供一站式甲基化芯片技術(shù)服務(wù)，您只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作，包括超聲打斷基因組、甲基化DNA免疫共沉淀、MeDIP與 Input DNA片段線性擴(kuò)增、熒光標(biāo)記、芯片雜交、圖像采集和數(shù)據(jù)分析、并提供完整的實(shí)驗(yàn)報(bào)告。 |
Arraystar 4x180K啟動(dòng)子芯片
Arraystar 啟動(dòng)子芯片是為研究非編碼RNA啟動(dòng)子區(qū)域的表觀遺傳修飾和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合情況而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品。Arraystar分別針對(duì)mRNA，LncRNA，miRNA的啟動(dòng)子區(qū)域設(shè)計(jì)了不同的180K芯片產(chǎn)品，可以滿足不同客戶(hù)的需求。180 K的人、小鼠甲基化芯片，基因啟動(dòng)子的覆蓋范圍近2kb，是一款高品質(zhì)高性?xún)r(jià)比的啟動(dòng)子芯片產(chǎn)品。
Arraystar RefSeq 啟動(dòng)子芯片產(chǎn)品列表
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芯片名稱(chēng) |
物種 |
規(guī)格 |
覆蓋范圍 |
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Arraystar Human RefSeq Promoter Array NEW! |
人 |
4*180K |
23,148 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) |
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Arraystar Mouse RefSeq Promoter Array NEW! |
小鼠 |
4*180K |
22,327 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) |
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Arraystar Rat RefSeq Promoter Array NEW! |
大鼠 |
4*180K |
15,987RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) |
Arraystar ncRNA 啟動(dòng)子芯片產(chǎn)品列表
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芯片名稱(chēng) |
物種 |
規(guī)格 |
覆蓋范圍 |
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Arraystar Human ncRNA Promoter Array NEW! |
人 |
4*180K |
27,248 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 622 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA) |
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Arraystar Mouse ncRNA Promoter Array NEW! |
小鼠 |
4*180K |
18,552 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 346 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA) |
Arraystar 癌癥相關(guān)甲基化芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片是專(zhuān)門(mén)為研究癌癥相關(guān)的block區(qū)域而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品，覆蓋位于7088個(gè)block區(qū)域中的2554個(gè)蛋白編碼基因、8481個(gè)長(zhǎng)鏈非編碼RNA、463個(gè)miRNA genes。通過(guò)這款芯片可以檢測(cè)block區(qū)域中的基因和LncRNA的甲基化變化，組蛋白修飾以及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合情況。此外，結(jié)合Arraystar Block表達(dá)譜芯片，還可以了解甲基化變化與基因表達(dá)水平間的聯(lián)系。
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芯片名稱(chēng) |
物種 |
規(guī)格 |
覆蓋范圍 |
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Arraystar Human Block ArrayNEW! |
Human |
4*180K |
27MB。位于7088個(gè)block區(qū)域中的2554個(gè)蛋白編碼基因、8481個(gè)lncRNA、463個(gè)miRNA genes |
Arraystar 4 x 180K DMR芯片
Arraystar 4 x 180K DMR芯片是專(zhuān)門(mén)為研究癌癥相關(guān)的差異甲基化區(qū)域而設(shè)計(jì)的產(chǎn)品，覆蓋12113個(gè)與癌癥、組織及細(xì)胞分化相關(guān)的small DMRs, 以及11380個(gè)與這些small DMRs相鄰的CpG島及CpG島岸。通過(guò)這款芯片不但可以檢測(cè)癌癥相關(guān)的甲基化變化，還可以了解引起這種甲基化變化的CpG島邊界漂移模式，從而更加全面直觀的解析癌癥甲基化組。
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芯片名稱(chēng) |
物種 |
規(guī)格 |
覆蓋范圍 |
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Arraystar Human DMR Array NEW! |
Human |
4*180K |
51MB 。12113個(gè)與癌癥、組織及細(xì)胞分化相關(guān)的small DMRs, 以及11380個(gè)與這些small DMRs相鄰的CpG島及CpG島岸 |
Roche-NimbleGen CpG promoter芯片
單芯片設(shè)計(jì)覆蓋所有UCSC注釋的CpG島和所有RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)基因的啟動(dòng)子區(qū)，720K的人甲基化芯片，基因啟動(dòng)子的覆蓋范圍達(dá)3-4kb，覆蓋幾乎所有的CpG島，在500bp長(zhǎng)度的區(qū)域內(nèi)可以達(dá)到2個(gè)CpG位點(diǎn)的靈敏度，是一款覆蓋區(qū)域非常全面的芯片產(chǎn)品。
至今，已有很多國(guó)內(nèi)外生物學(xué)家利用NimbleGen CpG啟動(dòng)子芯片的研究成果發(fā)表于國(guó)際頂級(jí)期刊。
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芯片名稱(chēng) |
物種 |
規(guī)格 |
覆蓋范圍 |
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Multiplex HG18 CpG Promoter |
Human |
3*720K |
覆蓋22,532個(gè)啟動(dòng)子，上游2.44kb至下游0.61kb，以及27,728 CpG islands，共30,848條轉(zhuǎn)錄本 |
康成生物DNA甲基化芯片服務(wù)技術(shù)優(yōu)勢(shì)
※ 一站式服務(wù)：客戶(hù)只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作（圖1）和數(shù)據(jù)分析流程，并提供完整的實(shí)驗(yàn)報(bào)告。
※ MeDIP富集效果特異性佳：MeDIP是獲得準(zhǔn)確測(cè)序數(shù)據(jù)的關(guān)鍵�？党蒑eDIP平臺(tái)經(jīng)過(guò)不斷地優(yōu)化，抗體富集效率高和特異性好。
※ 嚴(yán)格的質(zhì)控體系：康成生物在MeDIP-chip每個(gè)關(guān)鍵步驟都加入了質(zhì)控實(shí)驗(yàn)。這些QC數(shù)據(jù)能夠評(píng)估每個(gè)步驟的實(shí)驗(yàn)質(zhì)量。如果達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)，我們會(huì)重復(fù)實(shí)驗(yàn)步驟或者優(yōu)化實(shí)驗(yàn)體系，使得每個(gè)樣品都能夠達(dá)到質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)（圖1，2）。
*圖釋?zhuān)?/strong>康成生物MeDIP-ChIP實(shí)驗(yàn)流程和質(zhì)控體系。
*圖釋?zhuān)?/strong>MeDIP-qPCR 質(zhì)控。MeDIP特異地富集甲基化的DNA區(qū)域（H19啟動(dòng)子區(qū)），而非甲基化區(qū)域（GAPDH啟動(dòng)子區(qū)）幾乎無(wú)富集。
※ 豐富的生物信息學(xué)分析：除了嚴(yán)謹(jǐn)，可靠的實(shí)驗(yàn)體系，康成生物還有強(qiáng)大的生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)，為客戶(hù)提供paper級(jí)的圖表和深入的數(shù)據(jù)分析服務(wù)
康成生物DNA甲基化芯片技術(shù)服務(wù)主要實(shí)驗(yàn)流程
1. 超聲打斷基因組：
將基因組DNA超聲打斷成400bp-500bp DNA片段
2. 甲基化DNA免疫共沉淀：
a) 加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份
b) 其中一份單鏈DNA樣品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗體
c) 用免疫磁珠法分離b步樣品中甲基化DNA片段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉
d) 純化免疫共沉淀的DNA片段（MeDIP）
3. MeDIP與 Input DNA片段線性擴(kuò)增：
使用Sigma WGA Kit對(duì)上述兩份DNA片段（MeDIP 與 Input）進(jìn)行擴(kuò)增。該步驟使檢測(cè)的靈 敏度得到大幅度提升，用微量的檢測(cè)樣品就能得到精確的檢測(cè)結(jié)果
4. 熒光標(biāo)記：
對(duì)MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進(jìn)行標(biāo)記
5. 芯片雜交：
標(biāo)記后的MeDIP與Input樣品混合、變性，與甲基化微陣列檢測(cè)芯片雜交
6. 圖像采集和數(shù)據(jù)分析：
用高解析度芯片掃描儀檢測(cè)雜交信號(hào)；用專(zhuān)業(yè)商用分析軟件對(duì)雜交結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)提取、標(biāo)準(zhǔn)化、峰值分析、報(bào)告
7. 提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告 包括詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)方法和芯片實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和圖表：
● Scanning Image：Cy3、Cy5熒光掃描圖像
● Raw Data：包括每個(gè)探針的熒光信號(hào)強(qiáng)度原始數(shù)據(jù)
● Probe Report：經(jīng)過(guò)校正得到每個(gè)探針的log2(MeDIP/input)值以及p-value值
● log2 (MeDIP/input)值代表每個(gè)探針在MeDIP DNA和input DNA中的相對(duì)富集強(qiáng)度, P-Value表示探針紅綠信號(hào)差異是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示該探針越有可能代表一個(gè)甲基化事件，P-Value由修正的KS檢驗(yàn)算法計(jì)算
● Peaks Report：Peaks代表可能的DNA甲基化區(qū)域，由專(zhuān)業(yè)商用軟件計(jì)算，報(bào)告包括可能的 Peaks的染色體定位信息以及Peaks周?chē)幕蚝虲pG島的相關(guān)信息
● Summary Report: 提供多樣本之間Peaks區(qū)域的比較以及匯總以提供參考
8. Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）：
Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重復(fù)組中多樣本log2ratio的平均值分析組間差異甲基化區(qū)域，從而使得用重復(fù)樣本實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行甲基化結(jié)果的比較及差異甲基化區(qū)域的鑒定成為可能，這對(duì)于后續(xù)實(shí)驗(yàn)及分析是非常重要的
詳細(xì)DNA甲基化芯片技術(shù)服務(wù)介紹請(qǐng)?jiān)L問(wèn)：http://www.kangchen.com.cn/service/Servicemain.asp?id=77
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