DNA甲基化,表觀遺傳學(xué),甲基化芯片
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芯片質(zhì)量控制 (Quality control) 通過對數(shù)據(jù)的各項(xiàng)指標(biāo)的分析作圖,可以評估芯片實(shí)驗(yàn)質(zhì)量,了解數(shù)據(jù)的分布規(guī)律,并為下一步分析方法提供參考。
生數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化 (Raw data normalization) 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,通過特定的統(tǒng)計(jì)分析,達(dá)到消除背景噪音,過濾臟數(shù)據(jù),去除同一實(shí)驗(yàn)不同block之間、不同芯片之間的實(shí)驗(yàn)誤差,使不同芯片的數(shù)據(jù)具有可比性。下圖為數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化前(左圖)后(右圖)數(shù)據(jù)的盒圖,表示各芯片數(shù)據(jù)的數(shù)值分布。
差異甲基化區(qū)域鑒定(Differential methylation region identification) 差異甲基化區(qū)域鑒定是為了發(fā)掘樣本中顯著高甲基化或者低甲基化的位點(diǎn)。
甲基化差異區(qū)域基因富集分析 (Gene enrichment analysis in differential methylation region)