上;菡\生物提供的RAA和RT-RAA擴增試劑是基于重組酶介導(dǎo)鏈置換核酸擴增(Recombinase-aid Amplification,RAA)技術(shù)開發(fā)的恒溫核酸擴增檢測試劑,在39~42℃恒溫條件下特異識別并擴增目標(biāo)樣本的核酸片段,可配合電泳法、實時熒光或通用型核酸檢測試紙條進行檢測判斷。
可試用產(chǎn)品:2023年6月1日到9月30日
HP80201 基礎(chǔ)型RAA核酸擴增試劑(凍干顆粒)
HP80203 基礎(chǔ)型RT-RAA核酸擴增試劑(凍干顆粒)
HP80206 試紙條型RT-RAA核酸擴增試劑(凍干顆粒)
儲存及有效期
本產(chǎn)品存儲于2~28℃、干燥、避光條件下,有效期為12 個月。
產(chǎn)品用途
RAA核酸擴增試劑(凍干顆粒)可應(yīng)用于核酸DNA 的快速擴增。
RT-RAA核酸擴增試劑(凍干顆粒)可應(yīng)用于核酸RNA的快速擴增。
技術(shù)原理
重組酶介導(dǎo)鏈置換核酸擴增(Recombinase-aid Amplification,RAA),是一種恒溫核酸快速擴增技術(shù)。RT-RAA先利用逆轉(zhuǎn)錄酶將 RNA 逆轉(zhuǎn)錄成 cDNA,從細(xì)菌或真菌中獲得的重組酶在常溫下可與引物DNA緊密結(jié)合,形成重組酶/引物復(fù)合體,侵入RNA-cDNA雙鏈核酸模板,在侵入位點重組酶將雙鏈打開,同時單鏈結(jié)合蛋白結(jié)合到被重組酶打開的單鏈上,維持雙鏈模板處于開鏈狀態(tài)。重組酶/引物復(fù)合體開始對雙鏈進行掃描,當(dāng)引物在模板上搜索到與之完全匹配的互補序列時,重組酶/引物復(fù)合體解體,DNA聚合酶結(jié)合到引物的3'端,開始合成新鏈。合成的新鏈又可以作為模板,最終擴增產(chǎn)物以指數(shù)級增長,完成靶標(biāo)基因的擴增。經(jīng)過熒光標(biāo)記的探針與擴增產(chǎn)物結(jié)合,當(dāng)探針被核酸內(nèi)切酶酶切后,與生物素標(biāo)記的引物共同擴增形成兩端有熒光標(biāo)記及生物素標(biāo)記的片段,可用電泳法、熒光法或通用型核酸檢測試紙條進行判讀。如下圖所示:
本試劑盒具有快速、靈敏度高以及特異性強等優(yōu)點,反應(yīng)組分已混合并冷凍干燥成核酸擴增試劑,操作簡便,易于保存。
引物設(shè)計
RAA核酸擴增技術(shù)對引物設(shè)計的要求與常規(guī)PCR引物設(shè)計有一定的區(qū)別。由兩條寡核苷酸組成一對引物,分別特異性識別一個核酸目標(biāo)物的上下游核苷酸序列;引物長度在28-35 nt之間,序列中無回文序列、連續(xù)單堿基重復(fù)序列和內(nèi)部二級結(jié)構(gòu)區(qū);引物Tm值不作為設(shè)計時主要考慮因素。建議在開展RAA(基礎(chǔ)型)擴增反應(yīng)之前,先進行引物的篩選試驗,以便得到較高的檢測靈敏度。
探針設(shè)計建議方法:探針長度在46-52 nt之間,序列避免回文序列、內(nèi)部二級結(jié)構(gòu)和連續(xù)的重復(fù)堿基;探針的5'端用一種抗原標(biāo)記物標(biāo)記,通常為FAM基團或羧基熒光素;內(nèi)部含有堿基核苷酸類似物替換核苷酸(例如四氫呋喃殘基THF-有時稱為'dSpacer');3'末端有聚合酶延伸阻斷基團(例如C3-spacer,磷酸基或雙脫氧核苷酸)。如下圖所示:
注意:在開始實驗前檢查探針5'端標(biāo)記的基團與下游引物5'端標(biāo)記的基團是否與所用的試紙條相匹配;建議在開展 RAA試紙條型擴增反應(yīng)之前,先進行引物的篩選試驗,以便得到較高的檢測靈敏度。
產(chǎn)品說明
1. 本產(chǎn)品是“Ready to Use”即用型 RAA/RT-RAA 凍干顆粒;含有除引物和探針外所有的反應(yīng)要素,如重組酶、DNA 聚合酶、逆轉(zhuǎn)錄酶、dNTP、ATP和PEG 35000等。
2. 試劑盒最低檢測下限為 10-100copies/測試(依據(jù)引物篩選優(yōu)化程度和檢測手段)。
3. RAA試劑,僅擴增DNA,RT-RAA能同時擴增DNA和RAA。
4. 基礎(chǔ)型試劑,適用于電泳法分析條帶。
5. 熒光型試劑:含有外切酶(EXO)可使用探針法,進行實時熒光監(jiān)測。
6. 試紙條型試劑:含有外切酶適用于熒光法和試紙條法分析擴增產(chǎn)物。
適用儀器
恒溫金屬浴、恒溫水浴鍋、熒光PCR儀。
檢測步驟
1. 核酸樣本提。赫垍⒖紓鹘y(tǒng)RNA/DNA 提取方法或其他同效商品化試劑盒提取DNA/RNA樣本。
2. 樣本檢測
2.1 反應(yīng)體系: 單管反應(yīng)體系(25μL):
2.2 操作步驟
2.2.1 根據(jù)反應(yīng)數(shù)量,按照反應(yīng)體系配制含有水、上游引物(10 μM)、下游引物(10 μM)的 Mix,混合均勻后加入裝有核酸擴增試劑的檢測單元管中;
2.2.2 向檢測單元管中加入經(jīng)步驟1處理得到的待測RNA樣本;
2.2.3 再向檢測單元管蓋上加入1.5~2.5 μL 的Mg2+,蓋上管蓋,上下顛倒 輕甩充分混勻5-6次,低速離心10 sec; (注:本步驟“是否充分混勻”將決定實驗結(jié)果的重復(fù)性)
2.2.4 將檢測單元管放入37~40℃ 恒溫金屬浴(或恒溫水浴鍋)中,孵育30min。熒光法則每隔30秒,采集一次熒光信號。
2.2.5 試紙條檢測:反應(yīng)結(jié)束后,將25μL反應(yīng)體系液用無菌水或者PBS稀釋(25μL反應(yīng)體系液:150μL稀釋劑),利用通用型核酸檢測試紙條進行檢測。
結(jié)果分析與判定
可以根據(jù)瓊脂糖電泳、試紙條或熒光法判定實驗結(jié)果。