如何應(yīng)對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)中的噪聲干擾一直以來(lái)都是單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析關(guān)注的重點(diǎn)。針對(duì)dropout，batch effect，technique noise等噪聲，大量的新算法被開發(fā)出來(lái)。然而目前還沒(méi)有工作能針對(duì)一個(gè)明顯干擾源，即細(xì)胞間隨機(jī)異質(zhì)性。不同細(xì)胞間具有天然的異質(zhì)性，當(dāng)我們需要研究細(xì)胞間的生物學(xué)波動(dòng)時(shí)，隨機(jī)異質(zhì)性就成為一個(gè)強(qiáng)大的干擾源。在傳統(tǒng)組學(xué)實(shí)驗(yàn)中，樣本間隨機(jī)異質(zhì)性問(wèn)題可以使用配對(duì)樣本解決。但是單細(xì)胞由于技術(shù)限制無(wú)法對(duì)同一個(gè)細(xì)胞進(jìn)行多次測(cè)量。

針對(duì)此問(wèn)題，復(fù)旦大學(xué)鄒欣/郝潔團(tuán)隊(duì)創(chuàng)新的提出了scSTAR算法，通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)模型構(gòu)建真實(shí)-虛擬細(xì)胞對(duì)解決細(xì)胞樣本配對(duì)問(wèn)題。團(tuán)隊(duì)首次提出了單個(gè)細(xì)胞動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)錄組的概念，并通過(guò)多個(gè)生物學(xué)和臨床場(chǎng)景系統(tǒng)性顯示了動(dòng)態(tài)特征的價(jià)值。研究團(tuán)隊(duì)已經(jīng)使用scSTAR對(duì)一種新的腫瘤疫苗療法ATHENA可能機(jī)制進(jìn)行研究（Liu，et al. Frontiers in oncology, 2022）。

4月10日（周一），SBC芯云講壇：新算法，新突破--scSTAR算法在單細(xì)胞隱藏?cái)?shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用，特邀復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院PI研究員，英國(guó)帝國(guó)理工大學(xué)榮譽(yù)研究員，上海市浦江人才郝潔博士，為大家介紹這項(xiàng)新算法所帶來(lái)的突破性研究進(jìn)展。
 

會(huì)議信息
 

會(huì)議主題：新算法，新突破--scSTAR算法在單細(xì)胞隱藏?cái)?shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用

會(huì)議時(shí)間：4月10日（周一），14:00-16:30

會(huì)議形式：網(wǎng)絡(luò)直播

會(huì)議議程
 

① 14:00-15:00  scSTAR算法在單細(xì)胞隱藏?cái)?shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用
 

郝潔  博士、研究員
 

生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士，復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院PI研究員，英國(guó)帝國(guó)理工大學(xué)榮譽(yù)研究員，上海市浦江人才。

研究方向：機(jī)器學(xué)習(xí)，代謝組學(xué)，蛋白組學(xué)，單細(xì)胞組學(xué)等多組學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)新算法研究。

2004年以英國(guó)伯明翰大學(xué)電子電機(jī)工程系建系以來(lái)最高分獲得電子電機(jī)工程本碩連讀工程碩士一等榮譽(yù)學(xué)位，畢業(yè)論文獲得當(dāng)年唯一最佳設(shè)計(jì)獎(jiǎng)。2005年獲得由英國(guó)教育部長(zhǎng)親自簽發(fā)的海外優(yōu)秀學(xué)生的全額博士獎(jiǎng)學(xué)金，在英國(guó)伯明翰大學(xué)攻讀生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士。2010年加入英國(guó)帝國(guó)理工大學(xué)，代謝組學(xué)創(chuàng)史人Jeremy Nicholson教授的研究組，從事機(jī)器學(xué)習(xí)，生物信息學(xué)，化學(xué)計(jì)量學(xué)，多變量統(tǒng)計(jì)分析等在代謝組學(xué)等多組學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用，以及算法和軟件的研發(fā)。以第一作者和通訊作者在Nature Protocols, Bioinformatics, Analytical Chemistry，Briefings in Bioinformatics, Frontiers of medicine，NMR in Biomedicine等國(guó)際知名期刊上發(fā)表多篇高水平學(xué)術(shù)論文，google scholar他引近2800次。一篇文章歸入Clinical Medicine學(xué)術(shù)領(lǐng)域同一出版年最優(yōu)秀前1%，并被web of science標(biāo)示為熱點(diǎn)論文和高被引論文。已授權(quán)發(fā)明專利3項(xiàng)（第一發(fā)明人）。2016年入選上海市浦江人才計(jì)劃。

③ 15:20-16:20  新一代“單細(xì)胞”多組學(xué)技術(shù)進(jìn)展
 

馮學(xué)超  資深技術(shù)支持
 

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國(guó)家工程研究中心）服務(wù)平臺(tái)部資深技術(shù)支持

畢業(yè)于上海交通大學(xué)，畢業(yè)至今一直從事高通量組學(xué)技術(shù)的運(yùn)用與推廣工作。目前擔(dān)任芯片公司服務(wù)平臺(tái)部技術(shù)支持，主要負(fù)責(zé)基因組，轉(zhuǎn)錄組，蛋白組，單細(xì)胞及空間測(cè)序等產(chǎn)品的多組學(xué)運(yùn)用和技術(shù)推廣工作。
 

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