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CosMx™ Human 6K Discovery Panel
單細(xì)胞+空間原位+6K基因

在單細(xì)胞空間原位對(duì)6000個(gè)基因的檢測(cè)分析，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞研究的空間組學(xué)躍遷，以深入的洞察力開(kāi)啟前所未有的空間生物學(xué)之旅。

技術(shù)特點(diǎn)

您是否正在致力于開(kāi)發(fā)繪制單細(xì)胞圖譜？您是否著眼于鑒定細(xì)胞狀態(tài)并探索其功能？您是否關(guān)注于細(xì)胞配體-受體相互作用以研究細(xì)胞通訊？您是否致力于解析組織微環(huán)境表型或進(jìn)行生物標(biāo)記物發(fā)現(xiàn)？如果是這樣，CosMx™ Human 6K Discovery Panel能讓您在單細(xì)胞水平上對(duì)幾乎整個(gè)生物學(xué)通路進(jìn)行空間分析，所涵蓋的基因靶標(biāo)經(jīng)過(guò)了充分驗(yàn)證，并具有簡(jiǎn)單的樣本制備流程、直觀易用的儀器操作和可靠穩(wěn)定的系統(tǒng)運(yùn)行等特點(diǎn)優(yōu)勢(shì)，全方位加速您的單細(xì)胞空間生物學(xué)研究。超多靶標(biāo)的單細(xì)胞空間原位表達(dá)信息不僅可以實(shí)現(xiàn)精細(xì)的細(xì)胞分型，繪制單細(xì)胞空間圖譜，對(duì)于細(xì)胞配受體檢測(cè)、細(xì)胞通訊、細(xì)胞狀態(tài)、細(xì)胞微環(huán)境表型分析和生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)也提供了強(qiáng)大的挖掘潛能。

全面的通路覆蓋和穩(wěn)定可靠的數(shù)據(jù)質(zhì)量

● 超多檢測(cè)靶標(biāo)：在單張載玻片上分析超過(guò)6000種RNA靶標(biāo)，包含超過(guò)400對(duì)配體-受體，全面剖析幾乎所有生物學(xué)通路；

● 超高分辨率：真正意義的單細(xì)胞分辨率，甚至亞細(xì)胞分辨率；

● 行業(yè)領(lǐng)先的細(xì)胞分割算法：實(shí)現(xiàn)精確的單細(xì)胞邊界識(shí)別和界定，保證后續(xù)單細(xì)胞原位轉(zhuǎn)錄組分析的可信度；

● 支持靈活定制方案：可定制添加多達(dá)200個(gè)額外的RNA靶標(biāo)；

● 高度可信的數(shù)據(jù)質(zhì)量：設(shè)置多重陰性對(duì)照，增強(qiáng)您對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量的信心；

利用易用的交互式AtoMx™空間信息平臺(tái) (SIP)開(kāi)展數(shù)據(jù)分析和結(jié)果可視化。

應(yīng)用領(lǐng)域

01 繪制單細(xì)胞空間圖譜

使用Allen Human M1 Atlas數(shù)據(jù)進(jìn)行半監(jiān)督細(xì)胞分型

02 揭示配體與受體的相互作用

發(fā)現(xiàn)不同類型細(xì)胞配體-受體的空間共定位、共表達(dá)

在肝癌FFPE樣本中發(fā)現(xiàn)不同類型細(xì)胞中配受體的空間共表達(dá)模式

03 發(fā)現(xiàn)稀有細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)更精細(xì)的細(xì)胞分型

配體共定位識(shí)別人腦中的罕見(jiàn)細(xì)胞類型：Sst Chodl神經(jīng)元

根據(jù)配體相關(guān)性矩陣構(gòu)建的圖譜網(wǎng)絡(luò)，識(shí)別出具有長(zhǎng)程投射的罕見(jiàn)皮層中間神經(jīng)元。

對(duì)配體鄰域表達(dá)譜的相關(guān)矩陣進(jìn)行無(wú)監(jiān)督聚類，以識(shí)別共定位配體群。其中一個(gè)配體集群由SST、NPY和CORT這3種配體組成，它們的鄰域表達(dá)譜顯示出很強(qiáng)的相關(guān)性。這3種配體的共同表達(dá)確定了一種罕見(jiàn)的細(xì)胞類型：Sst Chodl神經(jīng)元。

04 發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)志物 — Plex Matters!

使用CosMx™ 6K Discovery Panel 可以對(duì)差異表達(dá)進(jìn)行更全面的分析，并極大程度提高發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記物的潛力

如兩幅火山圖所示，與CosMx™ Human Universal Cell Characterization RNA Panel相比，CosMx™ Human 6K Discovery Panel能識(shí)別出更多具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義和生物學(xué)意義的腎癌相關(guān)基因。

單細(xì)胞空間原位6K公共數(shù)據(jù)集
CosMx Human Frontal Cortex FFPE Dataset

整個(gè)組織切片的空間細(xì)胞圖譜和細(xì)胞類型UMAP聚類

CosMx 6K數(shù)據(jù)集概覽

基于CosMx™ SMI單細(xì)胞空間原位分子成像系統(tǒng)，CosMx Human Frontal Cortex FFPE Dataset數(shù)據(jù)集對(duì)人類額葉皮層FFPE樣本中的6078個(gè)基因進(jìn)行了單細(xì)胞分辨率的空間定位和原位表達(dá)分析*。該套數(shù)據(jù)集展示了CosMx™ SMI在單細(xì)胞空間領(lǐng)域領(lǐng)先的數(shù)據(jù)表現(xiàn)和性能。超過(guò)6000個(gè)基因檢測(cè)方案，能支持研究人員在單細(xì)胞分辨率的空間生物學(xué)研究中實(shí)現(xiàn)最全面的基因組覆蓋度，獲取全面深入的信息。

CosMx™ SMI 單細(xì)胞空間原位成像系統(tǒng)

CosMx™ SMI是一個(gè)突破性的單細(xì)胞空間原位成像平臺(tái)，結(jié)合了超高分辨率成像技術(shù)和多靶標(biāo)檢測(cè)能力，能夠?qū)�組織切片中6000種RNA和64種蛋白質(zhì)分子進(jìn)行單細(xì)胞和亞細(xì)胞分辨率的原位成像，支持研究人員實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)透徹的生物學(xué)解析。

眾所周知，F(xiàn)FPE樣本中的RNA和蛋白質(zhì)通常質(zhì)量較低，尤其是RNA往往降解嚴(yán)重，使得對(duì)于FFPE樣本的分子檢測(cè)分析極具挑戰(zhàn)性。CosMx™ SMI系統(tǒng)具有簡(jiǎn)單的樣本制備流程和穩(wěn)定的原位雜交化學(xué)原理，并能夠兼容多種組織類型（如新鮮冷凍（FF）、福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）、組織芯片（TMA）、類器官等），在單細(xì)胞分辨率上實(shí)現(xiàn)RNA和蛋白質(zhì)在組織細(xì)胞原位精細(xì)的可視化展示和精準(zhǔn)的定量分析。

超多靶標(biāo)的單細(xì)胞空間原位表達(dá)信息不僅可以實(shí)現(xiàn)精細(xì)的細(xì)胞分型，繪制單細(xì)胞空間圖譜，詳細(xì)展示細(xì)胞鄰域和組織微環(huán)境，同時(shí)還支持細(xì)胞配受體檢測(cè)，在真實(shí)的組織空間背景下推進(jìn)您對(duì)細(xì)胞間相互作用、細(xì)胞通訊和細(xì)胞狀態(tài)的深刻洞察。

CosMx™ SMI應(yīng)用包括：

● 單細(xì)胞空間圖譜：發(fā)現(xiàn)不同細(xì)胞類型，繪制其組織空間定位；

● 差異表達(dá)分析：基于空間背景的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析；

● 解析細(xì)胞狀態(tài)和細(xì)胞功能；

● 細(xì)胞鄰域分析：組織微環(huán)境的空間表型；

● 細(xì)胞通訊：配體-受體相互作用；

● 轉(zhuǎn)錄本和蛋白的亞細(xì)胞定位；

● 生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證。

SBC先后搭建GeoMx® DSP和CosMx™ SMI兩大空間組學(xué)研究平臺(tái)，并與NanoString攜手共建DSP空間組學(xué)“卓越中心”，搭配10x Visium Cytassist以及LCM+timsTOF Pro 4D非靶向深度空間蛋白組平臺(tái)，打造空間生物學(xué)全鏈條創(chuàng)新多組學(xué)平臺(tái)及解決方案，助力科學(xué)發(fā)現(xiàn)。