近幾十年來,隨著計算機科學技術(shù)的發(fā)展,計算機輔助藥物設(shè)計(CADD)已成為新藥研究的重要手段之一,通過計算機輔助手段,可以有效地加速先導化合物的發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化,縮短藥物研究與開發(fā)的周期,有效地降低開發(fā)成本?店攀⑹菍樯茖W領(lǐng)域以及研發(fā)機構(gòu)提供信息學產(chǎn)品及支持,在計算機輔助藥物設(shè)計領(lǐng)域有出色的產(chǎn)品以及解決方案的公司。在疫情特殊時期,為了讓廣大對CADD感興趣的藥物研發(fā)科研工作者能便捷地了解、學習CADD技術(shù)在小分子藥物研發(fā)中的應(yīng)用,康昱盛將在2020年4月-5月舉辦四期免費的在線系列講座。
主辦單位:
上?店攀⑿畔⒖萍加邢薰
主講人:
林偉昱,產(chǎn)品經(jīng)理
盛亞運,高級應(yīng)用工程師
肖新哲,應(yīng)用工程師
時間:
2020年4月2日(周四)15:00-16:00;
2020年4月16日(周四)15:00-16:00;
2020年4月30日(周四)15:00-16:00;
2020年5月14日(周四)15:00-16:00
授課方式:
免費網(wǎng)絡(luò)授課
課程安排:
第一講:In Silico Fragment-Based Drug Design: Approaches and Applications
2020年4月2日(周四)15:00-16:00
基于片段的藥物設(shè)計是一種發(fā)現(xiàn)高質(zhì)量候選藥物的關(guān)鍵方法。作為對生物物理學的FBDD方法的補充,計算機模擬的FBDD采用基于結(jié)構(gòu)的方法快速設(shè)計和篩選大的虛擬化合物庫,考慮了更大化學空間的探索。
本次講座將主要介紹基本的計算機模擬FBDD方法,涵蓋了從組合片段庫設(shè)計,到受體活性口袋的骨架躍遷、片段連接和生長。同時我們還將展示在MOE中如何通過基于反應(yīng)的組合庫設(shè)計和藥化轉(zhuǎn)化規(guī)則生成一系列相關(guān)聯(lián)的衍生物,以及討論如何利用藥效團模型和2D/3D描述符來指導計算機模擬的FBDD過程。
第二講:StarDrop BIOSTER:Automatic Compound Generation with Improved Properties
2020年4月16日(周四)15:00-16:00
小分子藥物設(shè)計、優(yōu)化和數(shù)據(jù)分析平臺StarDrop可以為用戶帶來極佳的交互式分子設(shè)計體驗,利用StarDrop的分子設(shè)計模塊Nova和化學經(jīng)驗知識庫BIOSTER,用戶可以基于多種方法全自動生成性質(zhì)更佳的候選分子,并兼顧候選分子的可合成性。
本次講座將主要介紹利用StarDrop來進行藥物分子de novo設(shè)計的方法,涵蓋化合物創(chuàng)意轉(zhuǎn)化功能、匹配系列分析以及虛擬庫枚舉,并利用StarDrop特有的多參數(shù)評價方法和強大的交互式設(shè)計功能,來指導如何通過StarDrop全自動生成性質(zhì)更均衡、更具化學創(chuàng)意的候選化合物。
第三講:StarDrop P450 Foreseeing Molecules: Additional P450 Prediction Guiding in silico Drug Design
2020年4月30日(周四)15:00-16:00
作為藥物代謝預測軟件,StarDrop的代謝預測模塊P450廣受全球用戶的青睞。現(xiàn)今,P450模塊即將在原來針對七種主要細胞色素P450酶亞型基礎(chǔ)上增加更多預測模型,包含黃素單加氧酶(FMO)和尿苷二磷酸葡萄糖醛酸糖基轉(zhuǎn)移酶(UGT)預測模型。
本次講座將為您展示利用StarDrop的P450模塊進行藥物代謝預測及候選分子改造的功能,并展示全新的FMO和UGT預測模型。聯(lián)合頂尖的毒性預測模塊Derek Nexus,幫助您在模擬階段既可評估藥物分子及代謝產(chǎn)物的各項ADME性質(zhì)及毒性,幫助您獲得性質(zhì)更優(yōu)、毒性更小的候選分子。
第四講:Small Molecule Virtual Screening
2020年5月14日(周四)15:00-16:00
虛擬篩選 (Virtual Screening, VS) 是基于小分子數(shù)據(jù)庫開展的活性化合物篩選。利用小分子化合物與藥物靶標間的分子對接運算,虛擬篩選可快速從幾十至上百萬分子中,遴選出具有成藥性的活性化合物,大大降低實驗篩選化合物數(shù)量,縮短研究周期,降低藥物研發(fā)的成本。據(jù)報道虛擬篩選的陽性率為5%-30%,利用虛擬篩選成功輔助藥物設(shè)計的案例逐年增多,虛擬篩選已成為目前最有潛力的藥物開發(fā)工具。
本次講座將系統(tǒng)介紹虛擬篩選的基本原理和一般流程,并以2019新冠病毒3CL水解酶晶體結(jié)構(gòu)(PDB code:6LU7)為例,通過MOE的多個模塊演示帶大家快速地深入了解和熟悉虛篩的具體操作。
如何報名:
如果您計劃參加,可以通過以下
四種方式報名,為保證講課質(zhì)量,報名人數(shù)有限,建議您提前報名!
1. 進入康昱盛官方網(wǎng)站 http://www.cloudscientific.com/plus/view.php?aid=380,進入活動頁面,點擊左下角“我要報名sign up"。
2. 將 “
CADD+姓名+單位+郵箱+電話+研究方向”發(fā)送到marketing@cloudscientific.com,即可。
3. 關(guān)注“康昱盛”公眾號,發(fā)送
“CADD+姓名+單位+郵箱+電話+研究方向”到公眾號報名。
4. 直接通過電話報名,電話: 021- 54975000
備注:您提交報名信息后,我們會在一個工作日內(nèi)通過電話或者微信聯(lián)系您,并在網(wǎng)絡(luò)講座開始當日為您提供網(wǎng)絡(luò)授課地址,您可以與您的同學或同事共享學習!
關(guān)于MOE (Molecular Operating Environment)
MOE是由加拿大CCG公司開發(fā)的功能全面、強大的分子模擬及藥物設(shè)計綜合軟件,它是目前市場上被廣泛應(yīng)用的一個軟件包,世界排名前50的生物醫(yī)藥研發(fā)公司都在用這套軟件系統(tǒng);在科研領(lǐng)域每年引用這個軟件發(fā)表的高水平文章多達近千篇。MOE集可視化、模擬和應(yīng)用開發(fā)于一體,可以輕松、靈活地用于基于結(jié)構(gòu)和基于片段的藥物設(shè)計,藥效團的發(fā)現(xiàn)和篩選,藥物化學的應(yīng)用,生物藥的應(yīng)用,蛋白和抗體的建模,分子建模和模擬,化學信息學和定量構(gòu)效關(guān)系,以及定制化開發(fā)等等。
關(guān)于StarDrop
StarDrop是一個用于在藥物發(fā)現(xiàn)中輔助決策、幫助項目組快速確定高質(zhì)量化合物的軟件。
StarDrop用于評估復雜的數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)通常由于實驗或預測產(chǎn)生的誤差而具有一定的不確定性。在對數(shù)據(jù)進行評分時,StarDrop給您帶來可靠與直觀簡潔的方法,以幫助做出決策:哪些化合物是您需要優(yōu)先考慮開發(fā)的。StarDrop良好的交互式工具可以幫助您有效地開拓改進化合物的途徑。通過其高度可視化、易于使用的界面,StarDrop將指導您完成每個階段的化合物選擇和設(shè)計過程。StarDrop獨特的Card View為您提供了自由的環(huán)境去探索、管理您的項目數(shù)據(jù),根據(jù)您自己的想法獲取化合物之間的關(guān)系;不再受限于表格和列表,從而能快速地找到高質(zhì)量的化合物和新的優(yōu)化策略。