單細胞測序分析及單細胞轉(zhuǎn)錄組上機實訓培訓班通知

瀏覽次數(shù)：16634　發(fā)布日期：2019-9-19　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

關于舉辦“單細胞測序分析及單細胞轉(zhuǎn)錄組上機實訓”培訓班通知

各有關單位:

隨著新一代單細胞測序技術的快速發(fā)展，在準確度大大提高的前提下, 進一步降低測序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關系復雜的特點，以至于不利用計算機根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。隨著生物信息學作為新興學科迅速蓬勃發(fā)展，正在改變?nèi)藗冄芯可镝t(yī)學的傳統(tǒng)方式，單細胞技術以及數(shù)據(jù)分析技術已成為探索生物學底層機制和研究人類復雜疾病診斷、治療及預后的重要工具，廣泛應用于生命科學各個領域，是21世紀生命科學與生物技術的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。為進一步推動我國生物信息學特別是單細胞測序的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術水平，由中科成創(chuàng)（北京）生物技術有限公司舉辦“單細胞測序分析及單細胞轉(zhuǎn)錄組上機實訓”培訓班具體事宜通知如下：

一、培訓目標及特點：

本培訓以單細胞測序技術的應用與數(shù)據(jù)分析、單細胞轉(zhuǎn)錄組為主題，精心設計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機課程。培訓邀請的主講人均是有理論和實際研究經(jīng)驗的人員。學員通過與專家直接交流，能夠分享到這些頂尖學術機構的研究經(jīng)驗和實驗設計思路。學員通過集中專題學習后能夠擴展思路，在研究技術方面領悟更多。

二、培訓對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學、醫(yī)學、化學、農(nóng)學、計算機科學、數(shù)學類專業(yè)的課程負責人、一線教師、教研室骨干人員、教學管理人員；科研單位從事生物、生命科學、微生物研究的相關人員；生物、醫(yī)藥、化學及相關企業(yè)的領導與技術骨干。

三、時間地點：2019年11月15日——11月18日 湖北武漢

（時間安排：第1天報到，授課3天）

四、授課專家：

主講專家來自中科院科研機構的高級專家，擁有豐富的科研工作經(jīng)驗，長期從事生物信息學方面的項目研究，發(fā)表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等雜志40多篇。具有資深的技術底蘊和專業(yè)背景，目前承擔國家科技部、國家自然基金委和市科技新星項目等多項課題。

五丶培訓內(nèi)容：

單細胞測序技術與應用	1. 單細胞組學技術發(fā)展歷程和原理介紹。 2. 單細胞測序技術在科研領域的應用。 3. 近年單細胞方向高分文章思路解析。 4. 單細胞組學和多組學整合分析思路和案例介紹。
Linux及R語言入門與實操	1. 常規(guī)基礎Linux命令入門講解及實操訓練。 2. R語言簡介及安裝，RStudio的安裝及使用說明。 3. R語言語法介紹及常用命令。 4. 數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計應用。 5. R語言畫圖實操。
單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析思路及流程	1. 單細胞實驗處理、建庫及測序。 2. 單細胞轉(zhuǎn)錄組比對、定量、分群及擬時間分析等分析思路。 3. 單細胞轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄因子及功能通路解析。 4. 單細胞組學技術在癌癥、發(fā)育、免疫及在植物、微生物等領域的研究內(nèi)容及思路。
單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實操	1. 常規(guī)單細胞組學數(shù)據(jù)比對。 2. 10X官方單細胞軟件Cellranger講解及實操。 3. 從基因表達矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。 4. 通過Seurat軟件進行PCA及tSNE降維。 5. 單細胞轉(zhuǎn)錄組細胞鑒定及聚類分析。 6. 通過Seurat及GSVA等進行單細胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。
多組學整合分析和結果解讀	1. 轉(zhuǎn)錄組，基因組，表觀分析介紹。 2. RNA和 ATAC-seq等多組學整合分析。 3. 常規(guī)10X單細胞ATAC數(shù)據(jù)測序原理簡介、分析流程介紹。 4. 單細胞免疫組庫測序技術及應用。 5. 組學分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。
單細胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實操	1. 通過Monocle軟件進行單細胞轉(zhuǎn)錄組擬時間分析。 2. 通過DAVID及metascape網(wǎng)站進行通路富集分析。 3. 通過SCENIC軟件進行轉(zhuǎn)錄因子預測分析。 4. tSNE，小提琴圖，熱圖，網(wǎng)絡圖，GO、KEGG富集圖，GSEA等圖形繪制。