羅氏NimbelGen免費(fèi)軟件DEVA1.1提供全線產(chǎn)品分析

瀏覽次數(shù)：4179　發(fā)布日期：2012-3-22　來(lái)源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

NimbelGen免費(fèi)軟件DEVA1.1提供全線產(chǎn)品分析

羅氏NimbelGen提供各種DNA芯片產(chǎn)品包括序列捕獲芯片、比較基因組、甲基化芯片、表達(dá)調(diào)控芯片及表達(dá)譜芯片，以及實(shí)驗(yàn)所需儀器、試劑以及配套軟件。是目前NimbleGen芯片數(shù)據(jù)分析配套軟件，可以用于所有NimbleGen芯片的分析。

此次推出的新版DEVA1.1是在原來(lái)的DEVA 1.02版本上的升級(jí)，包含原來(lái)版本所有功能的同時(shí)，增加了可用于分析NimbleGen最新推出的ISCA Plus細(xì)胞遺傳學(xué)芯片的模塊，進(jìn)行樣本的拷貝數(shù)改變(CNV)以及雜合性缺失(LOH)的分析。NimbleGen ISCA Plus細(xì)胞遺傳學(xué)芯片配套有多個(gè)設(shè)計(jì)文件（如ISCA 44K，ISCA 60K，ISCA 105K，ISCA 180K，ISCA 180K plus exon focused content以及ISCA Plus- full design with ISCA, Decipher, OMIM and exon focused content），用不同設(shè)計(jì)文件可以在DEVA中以不同的分辨率來(lái)對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行分析，以此產(chǎn)生的分析報(bào)告可以方便地與其他CNV/LOH檢測(cè)報(bào)告的進(jìn)行比較。在LOH數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，用戶可以自行調(diào)整一些參數(shù)（如Smallest region length以及smallest region significance)，來(lái)獲取所關(guān)注的信息。推薦搭配2GHz的處理器以及8Gb內(nèi)存以上的電腦，來(lái)處理2.1M及4.2M高密度芯片的數(shù)據(jù)，或者2μm的掃描圖像。

此外，DEVA1.1在CGH數(shù)據(jù)處理中，增加了Waviness Correction以及Background Correction步驟。其中waviness correction利用GC含量的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)可更好的發(fā)現(xiàn)CNV，background correction則可以提高CGH的shift value。新版本可以分析6x630K格式的芯片，并在使用界面、項(xiàng)目文件管理等方面進(jìn)行了改進(jìn)。

關(guān)于更多DEVA1.1的信息可以瀏覽www.nimblegen.com/deva網(wǎng)頁(yè)，同時(shí)可以免費(fèi)下載該軟件、及其使用手冊(cè)和教程。NimbleGen將不斷完善DEVA軟件，以期為NimbleGen芯片用戶提供更加優(yōu)質(zhì)的芯片實(shí)驗(yàn)體驗(yàn)以及實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

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