深度空間蛋白組與 GeoMx DSP在空間組學(xué)研究中的應(yīng)用

瀏覽次數(shù)：652　發(fā)布日期：2023-9-4　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負(fù)

空間多組學(xué)出現(xiàn)在世界經(jīng)濟(jì)論壇發(fā)布的年度最有潛力、對世界產(chǎn)生積極影響的十大技術(shù)中，絕非偶然。當(dāng)我們在廣泛地對單細(xì)胞進(jìn)行了系統(tǒng)分群后，更迫切需要知道細(xì)胞在組織、器官中的作用，這時空間水平的分析至關(guān)重要。這些研究會幫助人類發(fā)現(xiàn)新的藥物開發(fā)和疾病診療相關(guān)的靶點(diǎn)，新一代的分子病理產(chǎn)品等等。那么深度空間蛋白組+ GeoMx DSP這對CP能帶來哪些驚喜？

讓我們一起了解下【精準(zhǔn)聚焦目標(biāo)空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組一站式解決方案】吧！

空間組學(xué)研究日新月異，由于單一組學(xué)能獲得的信息具有片面性，不能滿足科研工作者們想要獲得組織中全面分子生物學(xué)信息的需求，空間多組學(xué)聯(lián)合研究開始發(fā)展起來。在這里，SBC提供了空間轉(zhuǎn)錄組+空間蛋白質(zhì)組一站式解決方案。

首先，利用GeoMx DSP空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)和深度空間蛋白組獲得空間轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的表達(dá)譜，這兩種技術(shù)聯(lián)合使用有以下2個優(yōu)點(diǎn)：

1.兩種技術(shù)都需要在組織切片上選擇感興趣區(qū)域（ROI）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，因此可以從連續(xù)切片中選擇垂直方向上相同的ROI檢測轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組，保證了檢測區(qū)域的一致性；

2.GeoMx DSP設(shè)計的轉(zhuǎn)錄組檢測panel幾乎包含了所有的蛋白編碼基因，與深度空間蛋白組的非靶向蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，能夠無偏向性地獲得編碼基因轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組表達(dá)信息。

其次，在兩種組學(xué)數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析過程中，得益于兩種組學(xué)數(shù)據(jù)的無偏向性，我們可以分析：

1.分析基因在mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)相關(guān)性，并篩選相關(guān)性較高的基因作為關(guān)鍵靶點(diǎn)；

2.整合轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的功能富集分析結(jié)果，確認(rèn)表型形成過程中的關(guān)鍵信號通路；

3.兩種組學(xué)聯(lián)合可更全面地篩選診斷、分型、預(yù)后基因標(biāo)志物；

4.分析轉(zhuǎn)錄因子——靶基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，鑒定重要調(diào)控因子。

最后，利用靶向驗(yàn)證技術(shù)，如IHC、IF、mIF技術(shù)，在組織切片中對鑒定到的關(guān)鍵基因表達(dá)水平進(jìn)行原位靶向驗(yàn)證，使多組學(xué)研究結(jié)果更加完整。

詳細(xì)了解下SBC深度空間蛋白組吧

蛋白質(zhì)作為功能分子，在生命活動中起到非常關(guān)鍵的作用。解析蛋白質(zhì)在組織中的空間表達(dá)分布信息，更精準(zhǔn)地比較不同組織微結(jié)構(gòu)中的蛋白表達(dá)差異和功能差異，為我們空間組學(xué)研究添磚加瓦。激光捕獲顯微切割（Laser capture microdissection，LCM）+高靈敏度4D質(zhì)譜技術(shù)（timsTOF Pro），是空間非靶向蛋白質(zhì)組分析的技術(shù)。該技術(shù)首先使用LCM技術(shù)將組織切片（冷凍切片、FFPE）中ROI進(jìn)行切割捕獲，然后提取ROI中的蛋白質(zhì)，用4D液質(zhì)技術(shù)進(jìn)行非靶向蛋白質(zhì)組分析，是空間非靶向蛋白質(zhì)組研究的不二利器，且無需抗體。

1、深度空間蛋白組技術(shù)介紹

▶ LCM技術(shù)

LCM是在不破壞組織結(jié)構(gòu)，保存要捕獲的細(xì)胞和其周圍組織形態(tài)完整的情況下，利用精確聚焦的UV激光，直接在冰凍或FFPE組織切片上進(jìn)行切割，從而獲得目的區(qū)域組織樣品，用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)及分析的技術(shù)。該技術(shù)提供了溫和，無污染且高效的樣品收集方法，包括在分離期間和分離后的任何步驟進(jìn)行全面的目視檢查。切割時可根據(jù)研究目的選擇任意的大小和靈活的形狀，是空間蛋白質(zhì)組研究精準(zhǔn)捕獲感興趣組織區(qū)域的優(yōu)秀工具。

工作原理（J Genet Genomics. 2023 Aug 4;S1673-8527(23)00163-7）

▶ timsTOF Pro技術(shù)

雖然LCM技術(shù)可以幫助我們精準(zhǔn)獲取目標(biāo)組織區(qū)域樣品，但這種樣品中蛋白質(zhì)含量普遍較低，因此需要使用高靈敏度和分辨率的質(zhì)譜儀器進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)檢測。

引入雙TIMS/PASEF® (Parallel Accumulation - Serial Fragmentation平行累積串行碎裂)分離技術(shù)的timsTOF Pro平臺使得蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)入了4D蛋白質(zhì)組學(xué)新時代。離子淌度（mobility）大幅度提高了掃描速度和檢測靈敏度，以及蛋白鑒定的數(shù)量和覆蓋率。