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希爾博士教程系列:如何做好文獻(xiàn)中的NTA粒徑濃度圖詳解

瀏覽次數(shù):1024 發(fā)布日期:2023-5-29  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
前言
Dr.Cell實(shí)驗(yàn)室在檢測外泌體NTA,提供NTA鑒定報(bào)告時(shí),經(jīng)常會(huì)被問到:你們可以提供文獻(xiàn)中的粒徑濃度分布圖么?文獻(xiàn)中的粒徑濃度分布圖怎么做的?……
今天就和小希一起來Get新技能,學(xué)習(xí)怎么用Origin軟件繪制出文獻(xiàn)中NTA粒徑濃度分布圖!

獲得數(shù)據(jù)
Dr.Cell實(shí)驗(yàn)室檢測外泌體NTA會(huì)提供完整的數(shù)據(jù),每個(gè)樣本每檢測一次,將得到以下5個(gè)文件(每個(gè)送檢外泌體樣本Dr.Cell實(shí)驗(yàn)室將至少重復(fù)檢測3次,因此一個(gè)檢測樣本會(huì)有3組NTA如下數(shù)據(jù))。

 
① 視頻文檔:記錄顆粒的布朗運(yùn)動(dòng)狀態(tài)
② 檢測報(bào)告:PDF文檔(詳情請查閱:NTA報(bào)告解讀說明)
③ 原始數(shù)據(jù):記錄檢測過程中儀器的溫度、電導(dǎo)率等參數(shù),以及顆粒粒徑與數(shù)量原始數(shù)據(jù)
④ 檢測說明:記錄檢測樣本池11個(gè)位點(diǎn)的檢測情況
⑤ 原始文件:FCS文件,可通過ZetaView軟件、流式Flowjo軟件打開

制圖
我們將用文檔③中原始數(shù)據(jù)進(jìn)行作圖。
*注意.
文檔③中原始數(shù)據(jù)包含線性檢測數(shù)據(jù)與對數(shù)檢測數(shù)據(jù)!
兩組數(shù)據(jù)之間是 “-1.000000、-1.000000、-1.000000、 -1.000000”隔開!
常規(guī)取線性數(shù)據(jù)作圖,即選擇
“Size Distribution”至 “-1.000000、-1.000000、-1.000000、 -1.000000” 之間的數(shù)據(jù)!
也可直接宣傳粒徑至1000nm的數(shù)據(jù)作圖。

 
▲ 粒徑、濃度數(shù)據(jù)
 
▲ 線性數(shù)據(jù)-對數(shù)數(shù)據(jù)
 
直接將數(shù)據(jù)復(fù)制至Origin軟件工作表中
(例:選取至粒徑1000nm的顆粒數(shù)據(jù))
Origin 軟件打開如下圖:
▲ Origin
將“Size / nm Number Particles / mL E+6 Volume / nm^3” 復(fù)制至Origin 軟件“Long Name”行, C列中“E+6”無意義,直接去掉。
將粒徑濃度數(shù)據(jù)(例:選取粒徑2.5nm至粒徑1002nm的顆粒數(shù)據(jù))復(fù)制至A1單元格開始。
 
▲ C列中“E+6”無意義,直接去掉。
 
選中A列(粒徑)與C列(顆粒濃度),點(diǎn)擊工具欄中“Plot→Line→Line”,得到粒徑濃度圖。
▲ 選取原始數(shù)據(jù)中1,3列數(shù)據(jù)
▲ 粒徑濃度分布圖


調(diào)整坐標(biāo)
調(diào)整縱坐標(biāo),雙擊縱坐標(biāo),彈出“Y Axis”框,“Display”選擇“Scientific:1E3”
▲ 縱坐標(biāo)調(diào)整

點(diǎn)擊“Scale”,“From”選項(xiàng)可以調(diào)從“0”開始,也可以不調(diào)整,此例調(diào)整為“0”。
“To” 選項(xiàng)調(diào)整Y軸最大值,使得峰值位于圖中的上1/3處。
“Increment”調(diào)整縱坐標(biāo)單位刻度,單位刻度為“100000”。
▲ 縱坐標(biāo)調(diào)整
 
調(diào)整后如下圖:
依次調(diào)整橫坐標(biāo),雙擊橫坐標(biāo)刻度數(shù)值后,點(diǎn)擊“Scale”,“From”選項(xiàng)可以調(diào)從“0”開始,也可以不調(diào)整。

“To”選項(xiàng)可以調(diào)成“600-1000”,“Increment”調(diào)整縱坐標(biāo)單位刻度,此例中調(diào)整為“100”。
▲ 橫坐標(biāo)調(diào)整
 
調(diào)整后如下圖:
▲ 坐標(biāo)調(diào)整圖


平滑處理
接下來,平滑處理,點(diǎn)擊“Analysis”→“Signal Processing” →“Smooth” →“Open Dialog” 即彈出對話框。
下一次平滑處理時(shí)可直接點(diǎn)擊“Analysis”→“1 Smooth” 即彈出對話框。
▲ 平滑處理
 
▲ 平滑處理
 
彈出框“Output”選項(xiàng)選擇“XY = input XY”, 即在原圖上直接調(diào)整。調(diào)整后如下圖:
其中“Points of Window”是調(diào)整平滑度的,一般可以不用調(diào)整,數(shù)字越大越失真。
▲ 平滑處理圖
 
雙擊峰圖跳出“Plot Details”可調(diào)整峰圖顏色、線條、寬度等。
▲ 峰圖調(diào)整
 
完成,調(diào)整后如下圖。
▲ 最終粒徑濃度分布圖


原液粒徑濃度分布圖
如需要得到原液的粒徑濃度分布圖,將“Particle/mL ”數(shù)據(jù)乘以稀釋倍數(shù),即得到原液濃度結(jié)果。
稀釋倍數(shù)見文檔中“Dilution”,或者PDF報(bào)告右上角“Dilution Factor:”
▲ PDF報(bào)告-稀釋倍數(shù)
同樣可以對比分析多個(gè)樣本的粒徑濃度分布結(jié)果,得到組合圖。
▲ 文獻(xiàn)中的粒徑濃度分布圖 (ref.1)

完整的操作視頻:
此次采用的是Origin軟件:OriginLab OriginPro 8.5。
軟件下載地址:關(guān)注逍鵬生物,回復(fù):Origin
版權(quán)屬軟件注冊者所有,僅限科研試用!

Reference
Navarro Sanchez, M.E., Soulet, D., Bonnet, E.et al. Rabies Vaccine Characterization by Nanoparticle Tracking Analysis. Sci Rep 10, 8149 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-64572-6
 
-END-

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