單細胞技術(shù)對科學(xué)家研究人類健康和疾病的方式產(chǎn)生了巨大的影響對CAR T細胞治療血液腫瘤的效果(1)認知功能障礙的機制(2)糖尿病腎病的治療(3)在過去十年中，單細胞RNA測序是非常常用的分析技術(shù)(4)而我們?nèi)悦媾R著一些挑戰(zhàn)

我們前方的道路將是什么樣的？

總的來說，單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)的使用伴隨著樣本存儲運輸方面的障礙，最明顯的是樣本采集和處理。處理新鮮細胞是頗具挑戰(zhàn)性的，需要及時進行樣本制備。此外，某些樣本類型的獲取會面臨更多的困難，比如質(zhì)量不佳的樣本會產(chǎn)生受損的RNA，整塊組織的處理需要樣本采集和制備方面的專業(yè)知識，而生物樣本庫中的組織則缺乏有效的方法來提取完整的細胞或核酸進行分析。如果這些障礙始終存在，那么我們會面臨丟失關(guān)鍵數(shù)據(jù)和新見解的風(fēng)險。

PART.01

獲得更多的樣本類型

正如單細胞基因表達分析開啟了生物學(xué)研究的根本性轉(zhuǎn)變一樣，隨著技術(shù)的進步scRNA-seq可以走得更遠，如今這項技術(shù)本身也發(fā)生了轉(zhuǎn)變。Chromium單細胞基因表達Flex是一種基于探針的強大分析方案，它采用簡單且普適的固定條件來實現(xiàn)樣本存儲和運輸，而不會折損數(shù)據(jù)質(zhì)量或破壞樣本完整性。

在組織解離成單細胞之前對組織進行固定，這種能力填補了樣本獲取的空白，讓您能夠在采集點保留脆弱的生物學(xué)狀態(tài)，批量開展分析和按照您的日程表開展分析，并對新鮮或固定樣本（甚至是FFPE樣本）進行全轉(zhuǎn)錄組分析。此外，基于探針的化學(xué)分析方法最大限度地提高了靈敏度，因為每個基因有三對探針，而且與降解的RNA高度兼容，因為只需要50 bp的RNA。注：您可能對基因表達Flex并不陌生——它最初的名稱是Chromium單細胞固定RNA分析（FRP）。我們以前討論過這種分析，并詳細介紹了其獨特方案的優(yōu)勢（點擊此處）。所有優(yōu)點仍適用，我們只是更新了它的名稱，以便更好地反映在樣本兼容性、實驗設(shè)置和物流流程方面的難以置信的靈活性。

PART.02

基因表達Flex vs. 久經(jīng)考驗的標準

如果您在設(shè)計單細胞實驗時遇到了傳統(tǒng)的障礙，或在使用其他方法時遭遇失敗，您將會理解這種研究帶來的挫敗感。那么，讓我們通過一個真實的例子來看看基因表達Flex如何解決這些樣本獲取和性能的問題。

我們一直以高標準來要求我們的Chromium單細胞試劑盒，并開發(fā)出可靠的實驗方案，產(chǎn)生高度靈敏且可重復(fù)的結(jié)果。Fred Hutchinson癌癥研究中心創(chuàng)新實驗室的研究人員最近對我們的Chromium單細胞3’ 基因表達試劑盒和基因表達Flex進行了平行對比。該團隊在兩種分析中都使用了人類外周血單核細胞（PBMC）。按照各自的實驗方案，他們分析了新鮮的3’ 樣本，并對Flex樣本進行了固定。此外，他們在使用Flex試劑盒時采用了可選的冷凍方案，也就是將固定的樣本冷凍過夜，然后在開始分析前解凍。

他們發(fā)現(xiàn)基因表達Flex的細胞回收率高于3’試劑盒，并注意到（在探針雜交之前或之后）重新冷凍剩余細胞為未來的實驗帶來了更多好處。對所有文庫進行測序并開展數(shù)據(jù)分析后，研究人員觀察到Flex的靈敏度大約是3’分析的兩倍，且各個重復(fù)之間具有很高的可重復(fù)性。

PART.03

為單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)設(shè)立新標準

Chromium單細胞基因表達Flex為您帶來了出色的靈敏度，并擴展了樣本范圍，讓您有更多的機會去揭示生物學(xué)見解。它在檢測低表達基因時表現(xiàn)如何？轉(zhuǎn)錄因子呢？哪些罕見的細胞類型在早期的研究中沒有得到體現(xiàn)？Fred Hutch創(chuàng)新中心團隊分享的數(shù)據(jù)與我們自己的結(jié)果相呼應(yīng)，證明了基因表達Flex在上述實驗中是表現(xiàn)最出色的scRNA-seq分析。我們在廣泛的樣本類型以及不同的存儲條件下觀察到相同的靈敏度水平。在固定后長達六個月的時間內(nèi)，可用讀數(shù)和基因復(fù)雜性仍具有可比性，而更長期的研究還在進行中。對于存檔的組織，我們的研發(fā)團隊一直在努力提升對FFPE組織的兼容性�，F(xiàn)在，這些珍貴樣本有了一個可靠的單細胞方案，能夠?qū)崿F(xiàn)FFPE組織的解離并用于單細胞基因表達Flex。您可以點擊閱讀原文下載示范方案，其中包含試劑清單以及在各種組織類型上驗證的最新信息。基因表達Flex所擁有的優(yōu)勢和多功能性讓單細胞研究能夠以全新的方式開展，讓您的研究向前邁進一大步。

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