InnoScan 生物芯片掃描儀的糖生物學(xué)應(yīng)用
概述
聚糖陣列正在成為糖生物學(xué)的常規(guī)工具。本文對 InnoScan 掃描儀聚糖和凝集素陣列的主要應(yīng)用進(jìn)行回顧。使用微陣列技術(shù),InnoScan 掃描儀用戶可以獲得糖組學(xué)分析所需的自動化 和高通量。與標(biāo)準(zhǔn)微孔板相比,微陣列技術(shù)具有巨大優(yōu)勢,因為它們提供微型實驗體系和多指標(biāo)檢測能力,從而節(jié)省寶貴的材料和試劑。本文對細(xì)胞生物學(xué)、免疫學(xué)和病毒學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用進(jìn)行了描述。
聚糖陣列基礎(chǔ)知識
聚糖多種細(xì)胞功能的生物學(xué)重要性眾所周知。聚糖和其他生物分子(尤其 是聚糖結(jié)合蛋白,GBP)之間的相互作用已被證明可以調(diào)節(jié)細(xì)胞與基質(zhì)相互作用,器官結(jié)構(gòu)支持和病原體與宿主相互作用等生物學(xué)進(jìn)程。 糖生物學(xué)是指研究聚糖及其糖蛋白、糖脂的結(jié)構(gòu)和功能。糖生物學(xué)的一個分支是研究聚糖與其他分子(蛋白質(zhì)、脂 質(zhì)等)之間的相互作用。目前研究聚糖 分子相互作用的方法包括基于孔板的實驗,例如 ELISA 實驗,其中測試一種聚糖與不同濃度聚糖結(jié)合分子的相互作用。盡管基于孔板的實驗具有高特異性和靈敏度,但這些技術(shù)一次只能檢測一種聚糖。然而,由于聚糖和糖復(fù)合物結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性,有必要測試幾種聚糖,這使得基于孔板的測定使用成本很高。因此需要單次實驗測試多種聚糖的高通量方法。目前微陣列點印方法能實現(xiàn)多指標(biāo)檢測實驗,也就是在一張芯片上同時檢測多個樣本和多個指標(biāo)。聚糖陣列正成為篩選聚糖與其他分子相互作用的常規(guī)技術(shù),尤其是聚糖結(jié)合蛋白 (GBP)。通過聚糖陣列,格里菲斯大學(xué)糖組學(xué)研究所的糖組學(xué)芯片平臺使用點印的微陣列進(jìn)行糖結(jié)合蛋白的高通量篩選和解析。使用InnoScan 1100 AL 掃描儀,芯片掃描過程完全自動化,可檢測聚糖與聚糖結(jié)合蛋白之間的相互作用
1。
圖 1. 聚糖陣列工作流程
典型的聚糖陣列分析如圖 1 所示 : A) 使用微陣列點樣儀將聚糖或凝集素固定在功能化玻璃載玻片上。固定通過共價結(jié)合或吸附,具體取決于基片表面性質(zhì)。 B) 聚糖結(jié)合分子(GBP、病毒、細(xì)胞或其他分子)與微陣列芯片孵育。 聚糖結(jié)合蛋白和聚糖之間的相互作用通過熒光染料檢測, 聚糖結(jié)合蛋白在孵育步驟之前與熒光基團(tuán)偶聯(lián),或者一旦孵育步驟完成后,加入針對聚糖結(jié)合分子的熒光標(biāo)記抗體進(jìn)行檢測( C)。D)微陣列掃描儀用于檢測熒光信號。 InnoScan掃描儀是自動化熒光檢測的理想工具,能夠同時檢測兩種或三種熒光染料。 E) 然后使用 Mapix 軟件對圖像進(jìn)行分析以量化熒光信號,該軟件與掃描儀配合使用確保熒光量化分析的自動化。
應(yīng)用案例
聚糖陣列正在成為篩選聚糖結(jié)合分子的標(biāo)準(zhǔn)工具,其應(yīng)用范圍非常廣泛,從病毒診斷到癌癥研究和疫苗開發(fā)(圖 2)。
圖 2:InnoScan 用戶聚糖陣列的主要應(yīng)用
病毒親和力測定
聚糖陣列可用于表征和監(jiān)測流感病毒。Scripps研究所的 McBride 等人開發(fā)了一種
48 陣列載玻片芯片,可同時檢測 6 種不同聚糖 與 6種 聚糖結(jié)合蛋白在8 種稀釋度下的相互作用,以監(jiān)測甲型流感病毒血凝素親合力特異性
2。該測定旨在監(jiān)測禽病毒是否適應(yīng)人類受體。由此產(chǎn)生的測定結(jié)果與微孔板測定相當(dāng),但化合物和生物制品的消耗分別顯著減少 1,500 倍和 360 倍。
Scripps研究所使用 InnoScan 1100AL 進(jìn)行聚糖陣列分析。該研究團(tuán)隊采用三熒光通道同時掃描模式,來同時檢測芯片上的三種不同類型樣品點;在芯片制造過程中使用 Atto488-NHS 染料作為網(wǎng)格標(biāo)記;采用鏈霉親和素-555 染料以標(biāo)記具有已知特異性的生物素化凝集素作為對照;最后,使用 Alexa 647 標(biāo)記的抗體來檢測甲型流感病毒血凝素的受體結(jié)合特異性。
免疫學(xué)研究
聚糖已被證明是調(diào)節(jié)病原體免疫反應(yīng)幾種機(jī)制的關(guān)鍵因素。免疫細(xì)胞的聚糖分析表明不同物種之間的聚糖結(jié)構(gòu)存在差異。Scripps研究所的 Paulson 教授團(tuán)隊使用凝集素陣列來研究小鼠和人類兩種抗體的特異性,研究表明每個物種中 CD22 相關(guān) B 細(xì)胞的成熟存在差異
3。即使該兩物種淋巴組織濾泡發(fā)生中心形成CD22 的最終結(jié)果相同,但小鼠和人類 B 細(xì)胞成熟的內(nèi)在機(jī)制有差異,這與每個物種CD22 聚糖結(jié)構(gòu)特異性有關(guān)。借助聚糖陣列,Paulson 教授團(tuán)隊首次表明人類 CD22 偏好硫酸化聚糖,而鼠類 CD22 偏好唾液酸 Neu5Gc。
細(xì)胞生物學(xué)研究
細(xì)胞糖基化分析對于更好地了解糖對細(xì)胞功能和命運的作用是必要的。斯洛伐克科學(xué)院糖生物學(xué)系的 Katrlik 博士團(tuán)隊使用基于凝集素的細(xì)胞微陣列,來研究馬天然未培養(yǎng)壁顆粒細(xì)胞和體外培養(yǎng)壁顆粒細(xì)胞的糖萼。他們的創(chuàng)新方法包括在固定有不同凝集素的水凝膠載玻片上創(chuàng)建凝集素陣列,然后在載玻片上培養(yǎng)細(xì)胞以跟蹤細(xì)胞糖萼和凝集素之間的相互作用
4。使用 InnoScan 710 掃描儀,該小組能夠研究細(xì)胞糖萼與不同濃度凝集素的親和力,從而確定細(xì)胞的糖基化概況。這種創(chuàng)新方法的優(yōu)勢在于能夠在其檢測中使用活細(xì)胞,從而降低聚糖提取過程中糖綴合物修飾的風(fēng)險。結(jié)果通過經(jīng)典免疫組織化學(xué)測定法進(jìn)行驗證。
結(jié)論
糖是許多細(xì)胞功能的關(guān)鍵分子,它們在復(fù)雜的多細(xì)胞器官和生物體的組裝中起著至關(guān)重要的作用,組裝過程需要細(xì)胞與周圍基質(zhì)之間的相互作用。聚糖和糖綴合物是多種過程的調(diào)節(jié)分子,例如細(xì)胞分化和免疫。由于其結(jié)構(gòu)復(fù)雜,糖組的研究需要高通量技術(shù),以便在單個實驗中可測試多種聚糖形式。應(yīng)用于糖組分析的微陣列技術(shù)正在成為一種常規(guī)方法,因為它可在一張載玻片上同時檢測數(shù)百種聚糖形式。由于其微型化能力,聚糖陣列可以最大限度地減少珍貴材料和試劑的消耗,從而降低實驗成本。InnoScan 掃描儀是聚糖陣列熒光檢測的最佳工具,可同時檢測兩種或三種染料。它們配備 24張載玻片自動進(jìn)樣器,可提供糖組學(xué)分析所需的自動化和高通量功能。
參考文獻(xiàn)
1) Glycomics Array Facility, Institute for Glycomics, Griffith University Website: https://www.griffith.edu.au/science- aviation/institute-glycomics/facilities/glycan-array
2) McBride R., et al. A Miniaturized Glycan Microarray Assay for Assessing Avidity and Specificity of Influenza A Virus Hemagglutinins. J. Vis. Exp. (111), e53847, doi:10.3791/53847 (2016)
3) Macauley M.S., et al. Unmasking of CD22Co-receptor on Germinal Center B-cells Occurs by Alternative Mechanisms in Mouse and Man. J. Biol. Chem. 290(50):30066-30077, doi: 10.1074/jbc.M115.691337 (2015)
4) Accogli G., et al. A lectin-based cell microarray approach to analyze the mammalian granulosa cell surface glycosylation profile. Glycoconj J. 33(5):717- 24. doi: 10.1007/s10719-016-9666-2 (2016)