Comparativeproteomic analysis of the shoot apical meristem in maize between aZmCCT-associated near-isogenic line and its recurrent parent.

文獻來源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27468931

研究背景：ZmCCT，是影響植物光周期反應(yīng)非常重要的一個基因。對于玉米而言，長期光照會延遲其開花的時間。本篇文章是在蛋白質(zhì)組學(xué)層面探討一下玉米種光照周期性的分子機制。

樣本來源：頂端分生組織（SAM），來源于ZmCCT-positive株系NIL-cml  vs.  ZmCCT-negative株系H4

技術(shù)路線：iTRAQ，三個生物學(xué)重復(fù)

研究結(jié)果:

1. 共鑒定出5259個蛋白質(zhì)，386個差異蛋白質(zhì)。這些差異蛋白與能源產(chǎn)生、光合作用、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、抗壓和防御、糖代謝、蛋白質(zhì)代謝功能有關(guān)，也包含一些未知功能的蛋白。

鑒定蛋白質(zhì)的GO功能分析

差異蛋白質(zhì)的Venn圖

2. 在長日照條件下，與H4株系正常的營養(yǎng)生長和生殖生長相比， NIL-cml株系推遲了營養(yǎng)生長和生殖生長。

營養(yǎng)生長狀態(tài)到生殖狀態(tài)蛋白表達分析

3. 挑選出52個差異蛋白（由ZmCCT直接或間接誘導(dǎo)，與碳水化合物代謝、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、防御反應(yīng)等功能相關(guān)）進行蛋白互作分析。

4. 蛋白層面進行驗證。挑選出3個蛋白，進行WB驗證。

5. 從轉(zhuǎn)錄層面進行研究。挑選出6個代表性基因：histone H2B，ribonucleoprotein A，glycine-rich RNA-binding protein，calmodulin-bindingprotein，malate synthase，14-3-3protein進行qPCR分析。

qPCR檢測結(jié)果顯示，H4株系中（V3-V6階段）ZmCCT基因表達水平較NIL-cml株系低。同時發(fā)現(xiàn)蛋白層面和mRNA層面的表達模式并不完全一致，說明這些蛋白可能存在轉(zhuǎn)錄后修飾。

小編心得：本篇是一類很典型的利用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)（iTRAQ）發(fā)表在Scientific Report上的文獻，研究不同脅迫條件下植物組織在蛋白質(zhì)層面的表達，通過目前常見的一系列生信分析（GO、聚類、互作）以及驗證手段（WB，qPCR）獲取可信度較高的特異性（或目標(biāo)性）蛋白質(zhì)，為進一步的研究打下基礎(chǔ)。

文章結(jié)構(gòu)清晰，框架明顯，簡潔易懂，值得學(xué)習(xí)！
 

蛋白|修飾|代謝|脂質(zhì)|結(jié)構(gòu)確證

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