微衛(wèi)星標(biāo)記（microsatellite），又稱為短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats，STR)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列（simple sequence repeats，SSR），是均勻分布于真核生物基因組中的簡(jiǎn)單重復(fù)序列，由2~6個(gè)核苷酸的串聯(lián)重復(fù)片段構(gòu)成。由于重復(fù)單位的重復(fù)次數(shù)在個(gè)體間呈高度變異性并且數(shù)量豐富，因此微衛(wèi)星標(biāo)記的應(yīng)用非常廣泛。微衛(wèi)星位點(diǎn)通常通過PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物通過電泳分析，并根據(jù)大小分離等位基因進(jìn)行檢測(cè)。

由于單個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)重復(fù)單元在數(shù)量上的變異，個(gè)體的擴(kuò)增產(chǎn)物在長(zhǎng)度上的變化就產(chǎn)生長(zhǎng)度的多態(tài)性，這一多態(tài)性稱為簡(jiǎn)單序列重復(fù)長(zhǎng)度多態(tài)性(SSLP)，每一擴(kuò)增位點(diǎn)就代表了這一位點(diǎn)的一對(duì)等位基因。由于SSR重復(fù)數(shù)目變化很大，所以SSR標(biāo)記能揭示比RFLP（限制性內(nèi)切酶片段長(zhǎng)度多態(tài)性）高得多的多態(tài)性，這就是SSR標(biāo)記的原理。

技術(shù)特點(diǎn)

（1）數(shù)量豐富，覆蓋整個(gè)基因組，揭示的多態(tài)性高；

（2）具有多等位基因的特性，提供的信息量高；

（3）以孟德爾方式遺傳，呈共顯性（如果雙親的性狀同時(shí)在F1個(gè)體上表現(xiàn)出來，即一對(duì)等位基因的兩個(gè)成員在雜合體中都表達(dá)的遺傳現(xiàn)象稱為共顯性），可鑒定出純合子和雜合子；

（4）實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好，結(jié)果可靠。每個(gè)位點(diǎn)由設(shè)計(jì)的引物順序決定，便于不同的實(shí)驗(yàn)室相互交流合作開發(fā)引物。

應(yīng)用范圍

1. 遺傳雜交育種
2. 繪制染色體遺傳圖譜
3. DNA指紋和品種鑒定
4. 種質(zhì)資源保存和利用
5. 基因組關(guān)聯(lián)分析

經(jīng)典案例

案例一

題目：SSR linkage map construction and QTL identification for plant height and ear height in Maize（玉米SSR連鎖圖譜構(gòu)建與株高及穗位高QTL定位）

主要技術(shù)：SSR分型

技術(shù)流程：

文章摘要：用玉米自交系組合R15×掖478的F2群體構(gòu)建連鎖圖譜，并通過1年2點(diǎn)隨機(jī)區(qū)組試驗(yàn)設(shè)計(jì)，考察玉米229個(gè)F2：4家系成株期的株高和穗位高。所建連鎖圖譜上共擬合146個(gè)SSR標(biāo)記位點(diǎn)，覆蓋基因組1666cM，標(biāo)記間平均距離為11．4cM。用復(fù)合區(qū)間作圖法進(jìn)行QTL分析，共檢測(cè)到8個(gè)控制株高的QTL，分別位于第2、3、4．5和8染色體；3個(gè)控制穗位高的QTL位點(diǎn)，位于第4染色體。單個(gè)株高QTL的貢獻(xiàn)率變幅為6．67％-11．59％，單個(gè)穗位高QTL貢獻(xiàn)率變幅為10．46％-12．15％。

案例二

題目：利用SSR技術(shù)對(duì)黃瓜新品種津優(yōu)35號(hào)進(jìn)行種子純度鑒定

主要技術(shù)：SSR分型

技術(shù)流程：

文章摘要：利用天津科潤(rùn)公司建立并優(yōu)化了的黃瓜種子純度鑒定技術(shù)體系，篩選黃瓜新品種津優(yōu)35號(hào)特異分子標(biāo)記。試驗(yàn)選用80多對(duì)SSR引物中，有2對(duì)引物（85號(hào)和212號(hào)）在雜交種和親本間表現(xiàn)多態(tài)性，雜交種條帶為父母本的互補(bǔ)型，且特異性強(qiáng)，適合做雜交種純度鑒定。用這2對(duì)引物對(duì)津優(yōu)35號(hào)50粒種子進(jìn)行了SSR鑒定。結(jié)果表明：這2對(duì)引物鑒定結(jié)果相同，且與田間鑒定結(jié)果吻合率高達(dá)96％以上，表明所篩選到的2個(gè)SSR標(biāo)記可以作為津優(yōu)35的特異分子標(biāo)記用于其種子純度的鑒定。