醫(yī)生是一個又要看病,做手術又要熬夜看文獻寫標書的苦逼職業(yè)。Dr.S深感同情,為了幫助將有限的精力主要放在臨床上的廣大醫(yī)生同志們能更好的做科研,Dr.S將會陸續(xù)的為大家分享一系列近年發(fā)表的高分SCI文章,解析其中的思路和套路,看一下優(yōu)秀的臨床科研是怎么做的,今天先從國內發(fā)病量第一的肺癌說起。
今天分享的這篇文章是2017年剛發(fā)表的一篇Journal of the National Cancer Institute文章,題目是Association of Uba6-Specific-E2 (USE1) With Lung Tumorigenesis好簡單粗暴,真可謂藝高人膽大,因為沒有完整的故事和大量的數(shù)據(jù)是會被審稿人抓小辮子的喲。所以建議各位看官在自己文章寫作的時候還是盡量按照“A基因通過B信號通路在C疾病中發(fā)揮D功能”的模式來,比較具體,不會被審稿人說題目太寬泛。
首先作者不知道從哪里找了一個基因USE1(Dr.S小貼士:一般這類新功能基因都是是樣本出發(fā)高通量篩選出來的或者通過數(shù)據(jù)庫挖掘出來的),發(fā)現(xiàn)這個基因的蛋白表達水平在肺癌組織中相對于正常組織顯著升高。而且它還有幾種突變型蛋白,也是癌組織里顯著升高的。但是mRNA水平卻變化不大,說明可能有轉錄后調控參與。
既然這個基因在肺癌里有臨床相關性,那這個基因有沒有功能呢?
把它干擾后細胞的體外增殖和轉移能力下降,且體內成瘤能力也下降了。
再把它給過表達后發(fā)現(xiàn)結果完全逆轉了,充分說明這個基因在體內外水平都是一個原癌基因。(Dr.S小貼士:其實干擾和過表達都能得到陽性結果還是比較困難的,可能需要多次重復實驗不斷摸索最佳條件,不過為了發(fā)表高分文章還是建議雙向驗證基因功能)
如果沒有追求的話做到這一步咱也能發(fā)文章了,但再咬牙努把力就能發(fā)10分的文章了,是不是心動了,那我們下面咋做呢?找互作蛋白!
通過質譜我們發(fā)現(xiàn)了什么——CDC20和CDH1啊,明星基因有木有,而且CDC20和CDH1還能夠形成APC/C復合物來降解帶有D-box的蛋白,巧了,USE1就有D-box結構域。
一個有趣的故事就這么出現(xiàn)了。如果細胞中USE1發(fā)生突變,D-box區(qū)域結構改變,那么其不容易被APC/C降解,積累的USE1能夠引起細胞異常增殖和侵襲轉移,促使肺癌發(fā)生。
美中不足的是作者沒有解釋野生型USE1高表達引起肺癌細胞異常增殖和侵襲轉移的機制,可能要發(fā)另一篇文章吧。
Dr.S解讀:
1. 本文的最大創(chuàng)新點在于作者研究了一個從來沒在肺癌里研究過功能的編碼基因USE1,首次報道了其在肺癌中的臨床相關性和功能。
2. 有一個新功能基因在手發(fā)幾分的文章由你說了算,想發(fā)高分文章,臨床樣本數(shù)和下游機制探討少不了。
3. 做機制其實也有竅門,用高通量方法(芯片或者蛋白質譜)篩選下游通路或者互作蛋白往往事半功倍。
4. 編碼基因研究的好處在于相對于非編碼基因,其功能往往更強,做功能實驗更容易出陽性結果,一般人我不告訴他。
根據(jù)吉凱基因的經(jīng)驗,從樣本出發(fā)芯片,測序,質譜方法高通量篩選新功能基因的概率大約在10%左右,想要篩選驗證得到一個新功能基因的難度非常大。吉凱基因歷經(jīng)3年,斥資上億,已完成近6000個腫瘤相關基因的功能學篩選,從中找到明確的腫瘤功能標志基因若干,等待您來尋寶~~~
長按加關注