優(yōu)點(diǎn)

缺點(diǎn)

直接測(cè)序法

SNP分析的金標(biāo)準(zhǔn)，能發(fā)現(xiàn)已知和未知SNP位點(diǎn)

每個(gè)位點(diǎn)均需要經(jīng)PCR擴(kuò)增，然后測(cè)序，成本較高，工作量大，周期特別長(zhǎng)，價(jià)格昂貴，不適合大樣本做疾病關(guān)聯(lián)分析，且容易交叉污染。

Taqman探針法（定量PCR）

適合已知SNP位點(diǎn)、位點(diǎn)數(shù)量少、通量高的檢測(cè)

價(jià)格昂貴（探針合成費(fèi)用高），不能同時(shí)發(fā)現(xiàn)未知SNP位點(diǎn)

非探針的普通PCR方法

技術(shù)簡(jiǎn)便，價(jià)格便宜，僅適用已知SNP判斷，不能確定何種SNP，適宜少量樣本的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)

費(fèi)時(shí)費(fèi)力，速度較慢，靈敏度差；RFLP僅能檢測(cè)有酶切位點(diǎn)的 SNP，無酶切位點(diǎn)不能檢測(cè)；上述方法都需要凝膠電泳，DNA鏈二級(jí)結(jié)構(gòu)容易造成人工假相，使結(jié)果出現(xiàn)偏差。SSCP、DGGE花費(fèi)時(shí)間長(zhǎng)、穩(wěn)定性差、靈敏度有限，難以大規(guī)模開展工作。

芯片技術(shù)

與傳統(tǒng)的儀器檢測(cè)方法相比具有高通量、微型化、自動(dòng)化、防污染等特點(diǎn)

僅適用于全基因組SNP掃描，不適宜單個(gè)基因的SNP位點(diǎn)檢測(cè)，精度低，價(jià)格昂貴。

Illumina 技術(shù)

這種方案可以幫助研究人員在得益于起始樣品量要求很低優(yōu)點(diǎn)的同時(shí)，還能夠檢測(cè)多個(gè)感興趣的區(qū)域，從而檢出罕見的基因突變。

高通量SNP檢測(cè)，用于SNP在全基因組上的掃描分析，價(jià)格昂貴。

MALDI-TOF MS質(zhì)譜技術(shù)

檢測(cè)速度快，理論上能分開單個(gè)堿基變化

這種純物理檢測(cè)易受到樣本因素的多種干擾，精確度難以保證。這種方法適宜于已經(jīng)優(yōu)化的特定SNP檢測(cè)，不適宜該服務(wù)商未做過或很少做過的新SNP檢測(cè)。檢測(cè)過程需要多點(diǎn)質(zhì)控，否則精確度很低。另外，很重要的一點(diǎn)是這個(gè)檢測(cè)PCR過程和質(zhì)譜過程是分開的，PCR需要自己做，并不便宜。

基于羅氏LightCyclerTM 480的HRM技術(shù)

高通量、簡(jiǎn)單、快速、省錢、高靈敏度；閉管檢測(cè)，避免污染造成的假陽性；擴(kuò)增區(qū)內(nèi)已知和未知SNP都能檢測(cè)；靈敏度和精確度達(dá)到近100%；HRM分析和PCR是在同時(shí)進(jìn)行，無需另外儀器，相比MS等減少了額外儀器，無疑成本更低，非特異性和精確度更好。

須用羅氏LightCyclerTM 480 PCR儀，或LightScannerTM等儀器