DSP+組織芯片助力剖析肌層浸潤性膀胱癌微環(huán)境
近日，曼徹斯特大學(xué)研究團隊在《Communications Biology》上發(fā)表了題目為“Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer”的文章，研究人員利用DSP技術(shù)生成了第一個膀胱癌（MIBC）的全轉(zhuǎn)錄組空間數(shù)據(jù)集，其中包含對腫瘤、基質(zhì)和免疫浸潤區(qū)域的檢測，為了解膀胱癌疾病的分子亞型提供了見解�；贒SP原位信息，研究人員開發(fā)了一種新的配體-受體信號傳導(dǎo)的分析方法，這為在分子水平上理解MIBC的多樣性提供了新的見解。
01 主要結(jié)論
1. 基于DSP數(shù)據(jù)集分析MIBC中腫瘤、基質(zhì)和免疫浸潤區(qū)域的基因表達(dá)及細(xì)胞類型
利用GeoMx數(shù)字空間剖析（DSP）方法對膀胱癌組織芯片（TMA）進行轉(zhuǎn)錄組空間分析。分割出腫瘤（Pan-CK陽性）、基質(zhì)（Pan-CK陰性）和免疫浸潤（Pan-CK陽性和CD45陽性）ROIs。使用UMAP降維技術(shù)、火山圖、IPA分析、以及空間去卷積分析對腫瘤、基質(zhì)、免疫浸潤區(qū)域進行轉(zhuǎn)錄組特征分析，以及各區(qū)域的細(xì)胞類型和信號通路特征研究，得到了以下主要結(jié)果：
1) 腫瘤ROIs富含參與翻譯和 EIF2 信號傳導(dǎo)相關(guān)的基因；免疫浸潤ROIs富含與免疫和炎癥相關(guān)的通路，并且與IL4、TNF和STAT3等炎癥相關(guān)調(diào)節(jié)因子的激活一致。
2) 腫瘤ROIs富含惡性和尿路上皮細(xì)胞，基質(zhì)ROIs主要由肌纖維相關(guān)的癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞組成，其中B細(xì)胞是基質(zhì)內(nèi)最豐富的免疫群體，T細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的比例在基質(zhì)ROIs之間有所不同。
3) 基底亞型富含KRT5和中性粒細(xì)胞脫顆粒、干擾素和HIF1a信號通路，混合亞型富含GATA3和PPARα調(diào)控的脂質(zhì)代謝相關(guān)基因。
2. 利用DSP開發(fā)配體-受體信號分析方法揭示MIBC中的信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)
配體-受體信號分析方法：在腫瘤中，配體從一個區(qū)域分泌出來，激活鄰近區(qū)域中的受體，這些受體隨后激活信號通路和轉(zhuǎn)錄因子，最終導(dǎo)致目標(biāo)基因的表達(dá)。使用NicheNet（一種為單細(xì)胞數(shù)據(jù)開發(fā)的配體-受體分析方法），生成DSP數(shù)據(jù)集中所有配體-受體對的數(shù)據(jù)庫。計算所有配體及其目標(biāo)基因在發(fā)送區(qū)和接收區(qū)之間的Pearson相關(guān)系數(shù)，以平均Pearson相關(guān)系數(shù)（r ≥ 0.2）作為活躍配體信號的度量。
通過該方法首次原位鑒定了膀胱癌中的活性配體信號網(wǎng)絡(luò)，識別出15種從基質(zhì)發(fā)出的配體，以及19種源自腫瘤區(qū)域的配體，它們分別激活了基質(zhì)或腫瘤中的目標(biāo)基因。配體靶標(biāo)的基因集富集表明：1）基質(zhì)靶標(biāo)富含參與ECM組織和分解的基因，包括基質(zhì)金屬蛋白酶 MMP2。2）腫瘤靶標(biāo)富含參與細(xì)胞增殖、G1/S轉(zhuǎn)換和抑制細(xì)胞凋亡的基因。這些數(shù)據(jù)表明，腫瘤靶向配體促進細(xì)胞生長和存活，而基質(zhì)靶向配體促進ECM的重組和分解。通過配體表達(dá)與細(xì)胞比例相關(guān)聯(lián)，發(fā)現(xiàn)B細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞和MyoCAFs 比例與一系列活性配體相關(guān)，表明它們可能是MIBC中配體信號傳導(dǎo)的主要來源。
配體-受體信號傳導(dǎo)確定了九種活性配體，它們從免疫浸潤ROI向相鄰的腫瘤ROI發(fā)出信號�；钚运捷^高的配體是GPNMB和SERPINE1，可以激活VEGFA的表達(dá)，免疫熒光染色也證實了這一點�；蚣患_定了參與免疫反應(yīng)和應(yīng)激反應(yīng)的基因，以及血管生成和缺氧相關(guān)基因。通過NicheNet包推斷SERPINE1最可能的信號通路是通過LRP1受體實現(xiàn)，通過SRC和SHC1發(fā)出信號，而GPNMB最可能通過EGFR、STAT3和HIF1A發(fā)出信號。GPNMB是一種糖蛋白，已被證明可以促進多種癌癥類型的侵襲性，配體-受體分析以及基因富集分析表明GPNMB可能在刺激基底腫瘤的血管生成中發(fā)揮作用。
02 總結(jié)
該研究利用DSP空間檢測技術(shù)生成了第一個膀胱癌的全轉(zhuǎn)錄組空間數(shù)據(jù)集，其中包含對腫瘤、基質(zhì)和免疫浸潤區(qū)域的分析，這為了解疾病的分子亞型提供了見解。而新開發(fā)的配體信號傳導(dǎo)分析方法有助于進一步了解膀胱癌的進展及治療。
