結(jié)果顯示，奧盛試劑盒在DNA提取率以及產(chǎn)物片段分布與其他品牌試劑盒表現(xiàn)一致，在一些樣品上的表現(xiàn)甚至更優(yōu)于同類產(chǎn)品。
此外，我們對比了AllSheng®FFPE組織樣本DNA提取試劑盒手動法提取與在Leap-Pure S24上全自動提取上進(jìn)行自動化提取的差異。
結(jié)果顯示上述兩種方法得到的核酸產(chǎn)量及片段完整性均無顯著差異。
  FFPE（Formalin fixation and paraffin embedding）樣本，即福爾馬林固定、石蠟包埋的組織樣本，被視為病理科的“瑰寶”，因為它們保存了大量疾病相關(guān)信息，為醫(yī)學(xué)研究提供了寶貴的數(shù)據(jù)來源，是目前長期保存病理樣本的主要方法，過去的幾十年中，按照該方法，全世界已經(jīng)存檔了大量生物樣品。
 
然而，由于技術(shù)的限制，F(xiàn)FPE樣本在過去的幾十年中并未得到充分的利用。隨著科技的進(jìn)步和研究的發(fā)展，現(xiàn)在對FFPE樣本的應(yīng)用已經(jīng)越來越廣泛。從最初的免疫組化用于疾病診斷和病理分型，到現(xiàn)在已經(jīng)應(yīng)用到各種組學(xué)研究中，F(xiàn)FPE樣本的價值得到了更全面的發(fā)掘。
 
每一個FFPE樣本都是珍貴且獨一無二的。在樣本量有限的情況下，我們應(yīng)當(dāng)在盡可能減少損耗的同時釋放其所蘊含的生物信息�，F(xiàn)階段在FFPE樣本中提取核酸仍存在一定的挑戰(zhàn)性。如石蠟樣本在制作過程中導(dǎo)致的核酸降解，難以兼容下游qPCR、測序等應(yīng)用，以及提取操作過程繁瑣用時較長，試劑中二甲苯會危害實驗員健康，其次二甲苯會影響組織切片質(zhì)量，若使用不當(dāng)，容易使組織產(chǎn)生收縮、硬化變脆等變化。
 
因此我們需要在有限的樣本中盡可能提取出高質(zhì)量的核酸，同時實現(xiàn)提取操作自動化，在這里我們展示的是奧盛試劑盒從大鼠石蠟包埋組織樣本和人體組織樣本中提取基因組DNA的方法，與市面上同類型試劑盒提取效果進(jìn)行對比，結(jié)果顯示，DNA提取濃度、完整性等方面與國內(nèi)外同類型產(chǎn)品表現(xiàn)一致。 配制三個不同批次的試劑，根據(jù)FFPE切片/卷片組織面積的大小，刮取5-10張表面積為25-30mm2的卷片，分別進(jìn)行手工法提取，等體積（50 μL）洗脫所有樣本提取流程如圖1所示，將所得純化的DNA通過Fluo-200熒光計dsDNA高靈敏定量分析試劑盒精準(zhǔn)定量提取濃度（dsDNA），并通過瓊脂糖凝膠電泳驗證DNA完整性，使用GAPDH基因（擴增片段長度分別為322bp和99bp）對DNA產(chǎn)物進(jìn)行qPCR分析，所有樣本的起始體積/量一致。
     
奧盛試劑盒和其他國內(nèi)外三種對標(biāo)試劑盒分別提取不同人組織FFPE樣本，等體積（50 μL）洗脫所有樣本，將所得純化的DNA通過Fluo-200熒光計和dsDNA高靈敏定量分析試劑盒精準(zhǔn)定量提取濃度（dsDNA），瓊脂糖凝膠電泳驗證DNA完整性，以及通過Allsheng® NGS Universal DNA Library Prep Kit for Illumina試劑盒進(jìn)行不同品牌提取產(chǎn)物的建庫產(chǎn)量及峰型圖分析對比。與同類產(chǎn)品提取人體石蠟包埋組織樣本比較。
  為確定全自動和手動抽提方法是否可以獲得相同的核酸產(chǎn)量和質(zhì)量，我們使用奧盛試劑盒進(jìn)行手動抽提以及在Leap-Pure S24上全自動提取連續(xù)的FFPE樣本。每個樣本上樣量一致，洗脫體積均為50μL，進(jìn)行對比測試。
    對三批提取產(chǎn)物濃度測定分析發(fā)現(xiàn)，AllSheng®與A品牌試劑盒對不同F(xiàn)FPE組織樣本的提取效率接近或超出對標(biāo)試劑（圖2-1），片段分布和片段完整性（用不同大小引物對產(chǎn)物進(jìn)行擴增后，將擴增產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳，均顯示出完整的4條片段）與對標(biāo)產(chǎn)品一致（圖2-2、圖2-3），對DNA產(chǎn)物進(jìn)行GAPDH基因（擴增片段長度分別為322bp和99bp）qPCR分析，發(fā)現(xiàn)不同長度擴增片段濃度均無明顯差異（圖2-4）。    
通過對不同人組織FFPE樣本提取發(fā)現(xiàn)，四種試劑盒對不同樣本的提取情況一致，奧盛試劑盒和其他國內(nèi)外三種對標(biāo)試劑盒對不同的樣本提取效率有差異。在C樣本提取中，奧盛試劑盒提取效率顯著高于三種對標(biāo)試劑盒(圖3-1），三個樣本的片段分布和片段完整性與對標(biāo)產(chǎn)品一致（圖3-2），將四種試劑盒提取產(chǎn)物投入相同量進(jìn)行建庫，奧盛試劑盒建庫后的文庫產(chǎn)量與另外三種試劑盒的文庫產(chǎn)量無明顯差異。  

實驗組	Qubit 濃度	文庫產(chǎn)量
T品牌	17.8ng/µl	445ng
Q品牌	13ng/µl	325ng
A品牌	17.1ng/µl	427.5ng
奧盛	17.5ng/µl	437.5ng

  在Leap-Pure S24上全自動提取連續(xù)的FFPE樣本與手工法提取對比。結(jié)果顯示Leap-Pure S24提取產(chǎn)物濃度均可達(dá)到手工的90%以上（圖4-2），瓊脂糖凝膠電泳效果表明兩種方式的提取產(chǎn)物片段分布一致（圖4-3），用于下游應(yīng)用（如使用Agilent Bioanalyzer系統(tǒng)進(jìn)行DNA分析，以及qPCR和RT-PCR分析）的核酸質(zhì)量基本一致（圖4-4、4-5）。且在操作方式上Leap-Pure S24全自動核酸提取儀均需將樣本放入試劑條中即可，手工操作時間較手工提取縮短90%以上。   FFPE組織樣本是目前國內(nèi)外運用最為廣泛的組織保存形式。目前，分子靶向治療逐步成為腫瘤治療的主流。在臨床用藥前對患者基因突變狀態(tài)進(jìn)行檢測，可正確指導(dǎo)臨床個體化用藥。減輕患者經(jīng)濟負(fù)擔(dān)．提高分子靶向藥物治療效果。因此，從FFPE樣本中提取高質(zhì)量的DNA進(jìn)行分子靶標(biāo)檢測也逐漸受到關(guān)注。從FFPE組織樣本中提取到能夠有效擴增的DNA不僅適用于回顧性研究，也對疾病的診斷與鑒別、評估疾病預(yù)后和探索疾病分子機制具有重要意義。
 
AllSheng® FFPE組織樣本DNA提取試劑盒采用高效組織裂解緩沖液和無毒除蠟劑進(jìn)行一步法脫蠟裂解，利用硅羥基磁珠與核酸分離純化方法的原理，從石蠟包埋組織切片、石蠟塊或福爾馬林等固定液組織中快速高效的提取樣品中的DNA，在濃度、片段分布與質(zhì)量（下游實驗）方面與對標(biāo)試劑一致。試劑不含二甲苯等有害物質(zhì)，并且操作簡單，無需多次離心。該試劑盒適用于多種FFPE組織類型，可以進(jìn)行手工抽提，也可以配套儀器進(jìn)行全自動化操作。搭配我司Leap-Pure S24全自動核酸提取儀，可實現(xiàn)提取過程全自動化，極大減少了人工操作步驟。
 
關(guān)于奧盛
奧盛定位生命科學(xué)工具提供商，專注生命科學(xué)檢測設(shè)備及自動化解決方案。公司圍繞生物樣品核酸蛋白純化、自動化工作站，生物吸收光、熒光及發(fā)光檢測三大技術(shù)平臺，在生命科學(xué)領(lǐng)域進(jìn)行了深度布局。
目前，公司擁有省級高新技術(shù)企業(yè)研究院，是2022年第一批浙江省”專精特新”中小企業(yè)。