類器官 (Organoid)是在體外,經(jīng)過3D培養(yǎng),能夠在體外模擬正常(或疾。顟B(tài)下體內(nèi)器官(或組織)的三維結(jié)構(gòu)和生理功能。通俗點(diǎn)講,類器官是三維細(xì)胞培養(yǎng)物,將干細(xì)胞培養(yǎng)于基質(zhì)膠中,在化學(xué)小分子抑制劑/激活劑、細(xì)胞因子、培養(yǎng)基添加劑等物質(zhì)作用下經(jīng)過培養(yǎng)得到的相應(yīng)器官類似的組織結(jié)構(gòu)。
類器官擁有自我更新能力,能維持來源組織的生理結(jié)構(gòu)和功能,享有“培養(yǎng)皿中的微器官”之稱。利用干細(xì)胞的自我更新、分化能力以及自我組織能力,類器官可冷凍保存用作生物庫,也能無限擴(kuò)增。類器官高度復(fù)雜,相對于2D細(xì)胞,更接近于體內(nèi)狀態(tài)。
最近的研究表明,類器官可以用來模擬器官發(fā)育和疾病,在基礎(chǔ)研究、藥物發(fā)現(xiàn)和再生醫(yī)學(xué)中有著廣泛的應(yīng)用。研究人員現(xiàn)在開始從其他領(lǐng)域(如生物工程)獲得靈感,以產(chǎn)生與生理更相關(guān)、更適合于現(xiàn)實(shí)應(yīng)用的類器官。在這里我們主要描述類器官在基礎(chǔ)生物學(xué)、疾病模型和再生醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的現(xiàn)有和新興應(yīng)用。
圖1 類器官的主要應(yīng)用
1.類器官作為發(fā)育、平衡和再生的模型
類器官在體外重現(xiàn)了器官生物學(xué)的一些原理,并提供了簡化且易于獲得的“最小系統(tǒng)”,用于識別不同組織成分對復(fù)雜形態(tài)發(fā)生過程的相對貢獻(xiàn)(圖1a)。
2. 建立疾病損傷模型
類器官誘導(dǎo)的特定組織或器官,可用于特定疾病模型的研究。與傳統(tǒng)的單一細(xì)胞類型的細(xì)胞培養(yǎng)物相比,類器官培養(yǎng)物用于疾病建模的一個明顯優(yōu)勢是它們能夠在器官水平上模擬病變(圖1b)。
此外,來自人類ASCs或誘導(dǎo)PSCs(iPSCs)的類器官可以作為人類疾病的模型,再現(xiàn)與轉(zhuǎn)化研究有關(guān)的特定人類特征。目前已經(jīng)開發(fā)了多種基于類器官的疾病模型,再現(xiàn)了遺傳性疾病[1-4]、宿主-病原體相互作用[5-8]或癌癥[9-11],并提供了類器官可以再現(xiàn)某些著名病理特征的原理證明(圖1b)。
3. 藥物篩選
來源于干細(xì)胞的類器官能夠用于藥物反應(yīng)的離體測試,為藥篩提供理論支持。類器官可以模擬人類病理過程為藥物測試和篩選應(yīng)用的可行性研究提供了新途徑(圖1c)。
4. 藥物毒性和功效測試
利用類器官來驗證新藥在特定器官或組織的藥代毒性,為新藥研發(fā)提供數(shù)據(jù)支持。在個性化醫(yī)療中,患者特異性類器官可以幫助為每個患者確定最佳藥物。
5. 再生醫(yī)學(xué)
干細(xì)胞來源的類器官,能夠修復(fù)或替代受損或病變的組織以恢復(fù)正常的組織功能,在細(xì)胞療法上具有廣泛的應(yīng)用價值,包括用于其他神經(jīng)退行性疾病、糖尿病、心血管疾病、視網(wǎng)膜病變和脊柱損傷等。類器官正在成為可移植組織和功能細(xì)胞類型的潛在來源,用于再生醫(yī)學(xué)細(xì)胞治療(圖1e)。
另外,類器官用于再生醫(yī)學(xué)可以與體外基因矯正策略相結(jié)合,從而能夠自體替換受遺傳疾病影響的組織。在一項原理驗證研究中,CRISPR-Cas9介導(dǎo)的基因編輯用于糾正患者來源的ISCs中導(dǎo)致CF的最常見的CFTR突變,即508位苯丙氨酸的缺失,然后用于產(chǎn)生功能性類器官[12](圖1e)。
類器官的類型非常豐富,主要包括腸道(小腸/結(jié)腸)、胃、肝臟、心臟、肺、前列腺、胰腺、腎臟、乳腺、腦類、視網(wǎng)膜以及內(nèi)耳等。根據(jù)類器官類型的不同,其對于生長環(huán)境比如氣體環(huán)境O2、CO2 濃度的要求會有所不同。以下是使用BioSpherix Xvivo System 培養(yǎng)類器官的具體實(shí)例。
產(chǎn)前缺氧性損傷(Hypoxic Injury HI)是導(dǎo)致神經(jīng)系統(tǒng)殘疾的主要原因。在人類大腦早期發(fā)育過程中,缺氧對祖細(xì)胞穩(wěn)態(tài)和發(fā)育進(jìn)程的即時和長期影響尚不清楚。在這篇研究中使用人大腦類器官復(fù)制了一個瞬態(tài)HI模型。
D0表示人胚胎干細(xì)胞(human embryonic stem cells, hESCs)分化的開始日,D14表示類器官轉(zhuǎn)移到軌道振蕩器上培養(yǎng)的時間。在D28,類器官在缺氧室(BioSpherix, Xvivo System)中接受3%O2處理24小時,然后切換回常氧條件(21%O2,5%CO2),直到分析。
圖2 具有hESC衍生的腦類器官的短暫性缺氧損傷(HI)模型的示意圖。
圖3 人類大腦類器官的短暫缺氧模型
研究結(jié)果證明,短暫缺氧可誘導(dǎo)大腦類器官的DNA立即損傷和細(xì)胞凋亡延長,橈骨外神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞(outer radial glia, oRG)是靈長類動物中更為突出的祖細(xì)胞群體,分化的神經(jīng)母細(xì)胞/未成熟神經(jīng)元損失更大。相反,心室區(qū)的神經(jīng)干細(xì)胞對HI表現(xiàn)出相對的彈性,并表現(xiàn)出有利于對稱分裂的切割平面角的偏移,從而提供了補(bǔ)充干細(xì)胞庫的機(jī)制。此外,我們定義了對HI特別敏感的脆弱窗口和神經(jīng)分化階段。了解產(chǎn)前HI對人類神經(jīng)祖細(xì)胞亞型在早期皮質(zhì)發(fā)生過程中的存活和有絲分裂行為的細(xì)胞類型特異性和階段依賴性影響,有助于闡明神經(jīng)發(fā)育障礙的病因,并提供一個治療起點(diǎn),在關(guān)鍵時間段保護(hù)脆弱人群。
遺傳性視網(wǎng)膜變性是發(fā)達(dá)國家無法治愈的視力損失的主要原因。雖然自體多能干細(xì)胞(pluripotent stem cells,iPSC)介導(dǎo)的光感受器細(xì)胞替代在理論上是可能的,但由于缺乏高通量平行生產(chǎn)病人特定療法的商業(yè)化技術(shù)阻礙了臨床轉(zhuǎn)化。
在這項研究中使用Cell X精密機(jī)器人細(xì)胞培養(yǎng)平臺來實(shí)現(xiàn)臨床級病人特定iPSCs的平行生產(chǎn)。Cell X被安置在符合ISO 5級cGMP標(biāo)準(zhǔn)的封閉式無菌活細(xì)胞工作站(BioSpherix, Xvivo System)內(nèi)(O2濃度在20% -10% -20%變化),在這里進(jìn)行從成纖維細(xì)胞培養(yǎng)到iPSC生成、克隆擴(kuò)增和視網(wǎng)膜分化的所有程序。
圖4 用于從原代真皮成纖維細(xì)胞自動生成iPSC的Cell X機(jī)器人平臺。
圖5 在Cell X平臺上產(chǎn)生的iPSCs的視網(wǎng)膜分化。
研究結(jié)果表明,使用Cell X平臺生成的患者iPSCs通過評分卡分析被確定為多能性,并通過核型確定為基因穩(wěn)定。通過免疫染色和共聚焦顯微鏡確定,使用Cell X平臺產(chǎn)生的iPSCs產(chǎn)生了視網(wǎng)膜器官,與人工產(chǎn)生的iPSCs產(chǎn)生的器官沒有區(qū)別。此外,在分化后120天,單細(xì)胞RNA測序分析顯示,使用Cell X平臺產(chǎn)生的細(xì)胞與在單獨(dú)實(shí)驗室手工條件下產(chǎn)生的細(xì)胞相當(dāng)。總之,該團(tuán)隊成功開發(fā)了一個機(jī)器人iPSC生成平臺和標(biāo)準(zhǔn)操作程序,用于生產(chǎn)高質(zhì)量的光感受器前體細(xì)胞,與目前的良好生產(chǎn)規(guī)范相兼容。這個系統(tǒng)將使臨床級的iPSCs生產(chǎn)能夠用于自體視網(wǎng)膜細(xì)胞替代。
產(chǎn)品
圖6 兩篇文章中低氧實(shí)驗使用Biospherix Xvivo活細(xì)胞工作站
產(chǎn)品特點(diǎn)
[1] Lancaster, M. A. et al. Cerebral organoids model human brain development and microcephaly. Nature 501, 373–379 (2013).
This pioneering work reports the derivation of human cerebral organoids featuring coexisting, discrete brain regions. This work is also among the first to use an organoid to model a pathological condition.
[2] Dekkers, J. F . et al. A functional CFTR assay using primary cystic fibrosis intestinal organoids. Nat. Med.19, 939–945 (2013).
This article provides one of the first examples of the development of an organoid-based functional assay for drug discovery and/or screening.
[3] Huch, M. et al. Long-term culture of genome-stable bipotent stem cells from adult human liver. Cell 160, 299–312 (2015).
[4] Xia, Y . et al. Directed differentiation of human pluripotent cells to ureteric bud kidney progenitor-like cells. Nat. Cell Biol. 15, 1507–1515 (2013).
[5] McCracken, K. W. et al. Modelling human development and disease in pluripotent stem-cell-derived gastric organoids. Nature 516, 400–404 (2014).
[6] Bartfeld, S. et al. In vitro expansion of human gastric epithelial stem cells and their responses to bacterial infection. Gastroenterology 148, 126–136.e6 (2015).
[7] Xia, Y . et al. Directed differentiation of human pluripotent cells to ureteric bud kidney progenitor-like cells. Nat. Cell Biol. 15, 1507–1515 (2013).
[8] Zomer-van Ommen, D. D. et al. Functional characterization of cholera toxin inhibitors using human intestinal organoids. J. Med. Chem. 59, 6968–6972 (2016).
[9] Drost, J. et al. Organoid culture systems for prostate epithelial and cancer tissue. Nat. Protoc. 11, 347–358 (2016).
[10] Boj, S. F . et al. Organoid models of human and mouse ductal pancreatic cancer. Cell 160, 324–338 (2015).
[11] Y eung, T . M., Gandhi, S. C., Wilding, J. L., Muschel, R.& Bodmer, W. F . Cancer stem cells from colorectal cancer-derived cell lines. Proc. Natl Acad. Sci. USA 107, 3722–3727 (2010).
[12] Schwank, G. et al. Functional repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in intestinal stem cell organoids of cystic fibrosis patients. Cell Stem Cell 13, 653–658 (2013).
[13] Daviaud N, Chevalier C, Friedel RH, Zou H. Distinct Vulnerability and Resilience of Human Neuroprogenitor Subtypes in Cerebral Organoid Model of Prenatal Hypoxic Injury. Front Cell Neurosci. 2019 Jul 30;13:336. doi: 10.3389/fncel.2019.00336. PMID: 31417360; PMCID: PMC6682705.
[14] Bohrer LR, Stone NE, Mullin NK, Voigt AP, Anfinson KR, Fick JL, Luangphakdy V, Hittle B, Powell K, Muschler GF, Mullins RF, Stone EM, Tucker BA. Automating iPSC generation to enable autologous photoreceptor cell replacement therapy. J Transl Med. 2023 Feb 28;21(1):161. doi: 10.1186/s12967-023-03966-2. PMID: 36855199; PMCID: PMC9976478.